SAXSdb — 1a4p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S100A10

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–96 链 B； UniProt 1–96	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；15 MG/ML PROTEIN WERE CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST 20% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 100MM HEPES, PH=7.5, vapor diffusion	分辨率 2.25 Å R-free 0.303
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–96 链 B； UniProt 1–96	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；15 MG/ML PROTEIN WERE CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST 20% PEG 4000, 10% 2-PROPANOL, 100MM HEPES, PH=7.5, vapor diffusion	分辨率 2.25 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A4P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BT6 P11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II IN COMPLEX WITH ANNEXIN II N-TERMINUS 提交 1998-09-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.307
1BT6 P11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II IN COMPLEX WITH ANNEXIN II N-TERMINUS 提交 1998-09-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–96（96 aa）链 B 1–96（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.307
4DRW Crystal Structure of the Ternary Complex between S100A10, an Annexin A2 N-terminal Peptide and an AHNAK Peptide 提交 2012-02-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–93（93 aa）片段：UNP P60903 residues 1-93 and UNP P07355 residues 2-16 链 B 1–93（93 aa）片段：UNP P60903 residues 1-93 and UNP P07355 residues 2-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100mM sodium chloride, 200mM magnesium chloride, 50mM sodium cacodylate, 20% PEG 1000, 0.15mM CYMAL-7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.327
4DRW Crystal Structure of the Ternary Complex between S100A10, an Annexin A2 N-terminal Peptide and an AHNAK Peptide 提交 2012-02-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–93（93 aa）片段：UNP P60903 residues 1-93 and UNP P07355 residues 2-16 链 D 1–93（93 aa）片段：UNP P60903 residues 1-93 and UNP P07355 residues 2-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；100mM sodium chloride, 200mM magnesium chloride, 50mM sodium cacodylate, 20% PEG 1000, 0.15mM CYMAL-7, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.50 Å R-free 0.327
4FTG The crystal structure of an AHNAK peptide in complex with the S100A10/AnxA2 heterotetramer 提交 2012-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 2–97（96 aa）链 B 2–97（96 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290 K；20% PEG 8000 (w/v), 0.1 M Tris pH 8.5, 10% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.51 Å R-free 0.251
4HRE Crystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 2–97（96 aa）链 F 2–97（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.7；293 K；0.1 M citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.79 Å R-free 0.296
4HRE Crystal Structure of p11/Annexin A2 Heterotetramer in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 2–97（96 aa）链 J 2–97（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.7；293 K；0.1 M citric acid, 25% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.79 Å R-free 0.296
4HRG Crystal Structure of p11-Annexin A2(N-terminal) Fusion Protein in Complex with AHNAK1 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–94（94 aa）链 B 1–94（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.1 M Tris, 30 % PEG 6000, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.217
4HRH Crystal Structure of p11-Annexin A2(N-terminal) Fusion Protein in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–93（93 aa）链 B 1–93（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MES, 1.6 M (NH4)2SO4, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
4HRH Crystal Structure of p11-Annexin A2(N-terminal) Fusion Protein in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–93（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MES, 1.6 M (NH4)2SO4, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
4HRH Crystal Structure of p11-Annexin A2(N-terminal) Fusion Protein in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–93（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MES, 1.6 M (NH4)2SO4, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
4HRH Crystal Structure of p11-Annexin A2(N-terminal) Fusion Protein in Complex with SMARCA3 Peptide 提交 2012-10-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–93（93 aa）链 B 1–93（93 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MES, 1.6 M (NH4)2SO4, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S10AA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96 作者链 B； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a4p
沉积日期 deposition_date	1998-01-30
结构标题 title	P11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II
关键词 keywords	;S100 FAMILY, EF-HAND PROTEIN, LIGAND OF ANNEXIN II, CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN, CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN complex ;; CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.22 Å
零角强度 I(0) i0	7792910.00
分子量 molecular_weight	21093.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26509 Å³
包络体积 envelope_volume	36502 Å³
水化壳体积 shell_volume	14392 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.5 Å
壳层 Rg shell_rg	27.70 Å
包络 Rg envelope_rg	21.94 Å
形状 Rg shape_rg	22.23 Å
总 Rg total_rg	23.03 Å
总原子数 total_atoms	1475
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7930e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7793000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.749
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	616100.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.987

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1a4pa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

结构域编号 domain_id	d1a4pb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.2 — S100 proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a4pA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1a4pB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.750 Å
晶胞边长 b length_b	80.750 Å
晶胞边长 c length_c	95.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.3030

描述 description	S100A10
分子量 formula_weight	11088.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1559

P11 (S100A10), LIGAND OF ANNEXIN II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S100A10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	63

fit	/app/data/saxs_computation/a4/1a4p/1a4p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a4/1a4p/1a4p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a4/1a4p/1a4p.dat