SAXSdb — 1a6u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B1-8 FV (LIGHT CHAIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 21–128	片段：FV FRAGMENT	B1-8 FV (HEAVY CHAIN) × 1 （P01751）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULFATE AS PRECIPITANT.	分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A6U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 20–128（109 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 20–128（109 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 20–128（109 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6W B1-8 FV FRAGMENT COMPLEXED WITH A (4-HYDROXY-5-IODO-3-NITROPHENYL) ACETATE COMPOUND 提交 1998-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 21–128（108 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NIP 4-HYDROXY-5-IODO-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 dialysis；THE PURIFIED PROTEIN HAS BEEN DIALYSED INTO A 10 MM TRIS-HCL PH 7.5 BUFFER ALSO CONTAINING 20 MM NACL. PEG 1550 WAS USED AS PRECIPITANT., dialysis	分辨率 2.00 Å
1Q0Y Anti-Morphine Antibody 9B1 Complexed with Morphine 提交 2003-07-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 21–129（109 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MOI (7R,7AS,12BS)-3-METHYL-2,3,4,4A,7,7A-HEXAHYDRO-1H-4,12-METHANO[1]BENZOFURO[3,2-E]ISOQUINOLINE-7,9-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；22% PEG MME 2000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.239

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV1B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–108； UniProt 21–128

B1-8 FV (HEAVY CHAIN)

物种未注明

UniProt P01751

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 20–139	片段：FV FRAGMENT	B1-8 FV (LIGHT CHAIN) × 1 （P01724）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULFATE AS PRECIPITANT.	分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1A6U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–139（120 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 20–139（120 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6V B1-8 FV fragment complexed with a (4-hydroxy-3-nitrophenyl) acetate compound 提交 1998-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 20–139（120 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NPC 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS WERE GROWN USING AMMONIUM SULPHATE AS PRECIPITANT	分辨率 1.80 Å
1A6W B1-8 FV FRAGMENT COMPLEXED WITH A (4-HYDROXY-5-IODO-3-NITROPHENYL) ACETATE COMPOUND 提交 1998-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–139（120 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	NIP 4-HYDROXY-5-IODO-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 dialysis；THE PURIFIED PROTEIN HAS BEEN DIALYSED INTO A 10 MM TRIS-HCL PH 7.5 BUFFER ALSO CONTAINING 20 MM NACL. PEG 1550 WAS USED AS PRECIPITANT., dialysis	分辨率 2.00 Å
1NGP N1G9 (IGG1-LAMBDA) FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH (4-HYDROXY-3-NITROPHENYL) ACETATE 提交 1995-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–244（225 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 NPA 2-(4-HYDROXY-3-NITROPHENYL)ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.250
1NGQ N1G9 (IGG1-LAMBDA) FAB FRAGMENT 提交 1995-06-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–244（225 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
1NQB TRIVALENT ANTIBODY FRAGMENT 提交 1997-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 20–139（120 aa）片段：VH DOMAIN RESIDUES 2 - 120, VL DOMAIN RESIDUES 121 - 233 链 C 20–139（120 aa）片段：VH DOMAIN RESIDUES 2 - 120, VL DOMAIN RESIDUES 121 - 233	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% 2-PROPANOL, 0.2M NA CITRATE, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1NQB TRIVALENT ANTIBODY FRAGMENT 提交 1997-04-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–139（120 aa）片段：VH DOMAIN RESIDUES 2 - 120, VL DOMAIN RESIDUES 121 - 233	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% 2-PROPANOL, 0.2M NA CITRATE, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
1NQB TRIVALENT ANTIBODY FRAGMENT 提交 1997-04-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–139（120 aa）片段：VH DOMAIN RESIDUES 2 - 120, VL DOMAIN RESIDUES 121 - 233	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% 2-PROPANOL, 0.2M NA CITRATE, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.230

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HV07_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–120； UniProt 20–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1a6u
沉积日期 deposition_date	1998-03-03
结构标题 title	B1-8 FV FRAGMENT
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.27 Å
零角强度 I(0) i0	11044000.00
分子量 molecular_weight	24503.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30509 Å³
包络体积 envelope_volume	34610 Å³
水化壳体积 shell_volume	16978 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.14 Å
包络 Rg envelope_rg	17.44 Å
形状 Rg shape_rg	17.21 Å
总 Rg total_rg	18.37 Å
总原子数 total_atoms	1730
残基数 n_residues	228
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9013
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.203
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.410
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3482000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	B1-8 FV (LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	11374.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	1892

AVVTQESALTTSPGETVTLTCRSSTGAVTTSNYANWVQEKPDHLFTGLIGGTNNRAPGVPARFSGSLIGNKAALTITGAQTEDEAIYFCALWYSNHWVFGGGTKLTVL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	B1-8 FV (HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	13440.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQPGAELVKPGASVKLSCKASGYTFTSYWMHWVKQRPGRGLEWIGRIDPNSGGTKYNEKFKSKATLTVDKPSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARYDYYGSSYFDYWGQGTTVTVSS

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	156

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1a6uh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1a6ul_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1a6uH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1a6uL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	72.030 Å
晶胞边长 b length_b	85.780 Å
晶胞边长 c length_c	37.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/a6/1a6u/1a6u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a6/1a6u/1a6u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a6/1a6u/1a6u.dat

B1-8 FV FRAGMENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

B1-8 FV (LIGHT CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

B1-8 FV (HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)