1al0

PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SCAFFOLDING PROTEIN GPD

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	CAPSID PROTEIN GPF × 60 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 60 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 60 （P03633）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	CAPSID PROTEIN GPF × 5 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 5 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 5 （P03633）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	CAPSID PROTEIN GPF × 6 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 6 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 6 （P03633）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 280	CAPSID PROTEIN GPF × 40 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 40 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 40 （P03633）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGD_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 2； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 3； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151 作者链 4； PDB构建体 2–152； UniProt 1–151

CAPSID PROTEIN GPF

物种未注明

UniProt P03641

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 240 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 60 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 60 （P03633）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 20 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 5 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 5 （P03633）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 24 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 6 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 6 （P03633）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 280	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 160 （P69486） SPIKE PROTEIN GPG × 40 （P03643） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 40 （P03633）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGF_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

SPIKE PROTEIN GPG

物种未注明

UniProt P03643

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 240 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 60 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 60 （P03633）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 20 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 5 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 5 （P03633）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 24 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 6 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 6 （P03633）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 1 （P03633）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 280	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 160 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 40 （P03641） SCAFFOLDING PROTEIN GPB × 40 （P03633）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGG_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

SCAFFOLDING PROTEIN GPB

物种未注明

UniProt P03633

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 240 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 60 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 60 （P03643）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 20 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 5 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 5 （P03643）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 24 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 6 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 6 （P03643）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 4 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 1 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 1 （P03643）	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 280	SCAFFOLDING PROTEIN GPD × 160 （P69486） CAPSID PROTEIN GPF × 40 （P03641） SPIKE PROTEIN GPG × 40 （P03643）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGB_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1al0
沉积日期 deposition_date	1997-06-06
结构标题 title	PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174
关键词 keywords	COMPLEX (VIRUS CAPSID PROTEINS), BACTERIOPHAGE, PROCAPSID, SCAFFOLDING PROTEIN, CHAPERONE, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1al0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1al0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1al0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	139.80 Å
总 Rg	140.00 Å
原子数	571260
残基数	72240
排除体积	10149000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1al0__assembly_1__model_1`	complete icosahedral assembly （420）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1al0__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1al0__assembly_3__model_1`	35-meric （35）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1al0__assembly_4__model_1`	42-meric （42）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1al0__assembly_5__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1al0__assembly_6__model_1`	280-meric （280）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SCAFFOLDING PROTEIN GPD
分子量 formula_weight	16953.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	9521

MSQVTEQSVRFQTALASIKLIQASAVLDLTEDDFDFLTSNKVWIATDRSRARRCVEACVYGTLDFVGYPRFPAPVEFIAAVIAYYVHPVNIQTACLIMEGAEFTENIINGVERPVKAAELFAFTLRVRAGNTDVLTDAEENVRQKLRAEGVM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CAPSID PROTEIN GPF
分子量 formula_weight	48423.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

SNIQTGAERMPHDLSHLGFLAGQIGRLITISTTPVIAGDSFEMDAVGALRLSPLRRGLAIDSTVDIFTFYVPHRHVYGEQWIKFMKDGVNATPLPTVNTTGYIDHAAFLGTINPDTNKIPKHLFQGYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPNELNQDDARYGFRCCHLKNIWTAPLPPETELSRQMTTSTTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDYFMQRYRDVISSFGGKTSYDADNRPLLVMRSNLWASGYDVDGTDQTSLGQFSGRVQQTYKHSVPRFFVPEHGTMFTLALVRFPPTATKEIQYLNAKGALTYTDIAGDPVLYGNLPPREISMKDVFRSGDSSKKFKIAEGQWYRYAPSYVSPAYHLLEGFPFIQEPPSGDLQERVLIRHHDYDQCFQSVQLLQWNSQVKFNVTVYRNLPTTRDSIMTS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SPIKE PROTEIN GPG
分子量 formula_weight	19061.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFQTFISRHNSNFFSDKLVLTSVTPASSAPVLQTPKATSSTLYFDSLTVNAGNGGFLHCIQMDTSVNAANQVVSVGADIAFDADPKFFACLVRFESSSVPTTLPTAYDVYPLNGRHDGGYYTVKDCVTIDVLPRTPGNNVYVGFMVWSNFTATKCRGLVSLNQVIKEIICLQPLK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	SCAFFOLDING PROTEIN GPB
分子量 formula_weight	13863.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEQLTKNQAVATSQEAVQNQNEPQLRDENAHNDKSVHGVLNPTYQAGLRRDAVQPDIEAERKKRDEIEAGKSYCSRRFGGATCDDKSAQIYARFDKNDWRIQPAEFYRFHDAEVNTFGYF

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1al01_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1al02_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1al03_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1al04_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1al0f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1al0g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1al0100
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1al0200
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1al0300
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1al0400
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1al0B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1260 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	1al0F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	1al0G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

晶胞边长 a length_a	774.000 Å
晶胞边长 b length_b	774.000 Å
晶胞边长 c length_c	774.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.3160
R_work r_work	0.3160
R_free r_free	—

PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SCAFFOLDING PROTEIN GPD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CAPSID PROTEIN GPF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SPIKE PROTEIN GPG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SCAFFOLDING PROTEIN GPB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1al0__assembly_1__model_1

1al0__assembly_1__model_1 | I(q)

1al0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (6)

PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SCAFFOLDING PROTEIN GPD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CAPSID PROTEIN GPF

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SPIKE PROTEIN GPG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SCAFFOLDING PROTEIN GPB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1al0__assembly_1__model_1

1al0__assembly_1__model_1 | I(q)

1al0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (6)