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1amm

1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAMMA B-CRYSTALLIN

物种未注明

UniProt P02526

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–174 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AMM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DSL GAMMA B CRYSTALLIN C-TERMINAL DOMAIN 提交 1996-02-01 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–174（88 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.55 Å
1GAM GAMMA B CRYSTALLIN TRUNCATED C-TERMINAL DOMAIN 提交 1996-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 87–172（86 aa） 片段：TRUNCATED C-TERMINAL DOMAIN
链 B 87–172（86 aa） 片段：TRUNCATED C-TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1GCS STRUCTURE OF THE BOVINE GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K 提交 1994-01-27 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–174（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1I5I THE C18S MUTANT OF BOVINE (GAMMA-B)-CRYSTALLIN 提交 2001-02-27 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–174（174 aa）
突变：C18S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 chill tube containing protein to 265 K, then bring to 295 K；pH 7；295 K；100 mM Phosphate, 20 mM DTT, pH 7.0, chill tube containing protein to 265 K, then bring to 295 K
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
4GCR STRUCTURE OF THE BOVINE EYE LENS PROTEIN GAMMA-B (GAMMA-II)-CRYSTALLIN AT 1.47 ANGSTROMS 提交 1992-04-02 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–174（174 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.47 Å
4W9A Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli based on mRNA variant 2 提交 2014-08-27 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric
链 A 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1% Trypton, 20% PEG 3350, 50mM HEPES
分辨率 1.38 Å R-free 0.184
4W9B Crystal structure of Gamma-B Crystallin expressed in E. coli based on mRNA variant 1 提交 2014-08-27 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric
链 A 1–175（175 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1% Trypton, 20% PEG 3350, 50mM HEPES
分辨率 1.28 Å R-free 0.188
6QDW Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.83 Angstroms with modeled GBC SecM peptide 提交 2019-01-03 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 z 1–38（38 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Tico Buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
6YS3 Cryo-EM structure of the 50S ribosomal subunit at 2.58 Angstroms with modeled GBC SecM peptide 提交 2020-04-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 z 1–38（38 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRGB_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–174； UniProt 1–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1amm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1amm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1amm
沉积日期 deposition_date1996-03-20
结构标题 title1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF GAMMA-B CRYSTALLIN AT 150K
关键词 keywordsEYE LENS PROTEIN, CRYSTALLIN; CRYSTALLIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.57 Å
零角强度 I(0) i08971260.00
分子量 molecular_weight20966.0 kDa
排除体积 excluded_volume25679 ų
包络体积 envelope_volume28672 ų
水化壳体积 shell_volume14873 ų
包络直径 envelope_diameter58.6 Å
壳层 Rg shell_rg22.02 Å
包络 Rg envelope_rg16.75 Å
形状 Rg shape_rg16.56 Å
总 Rg total_rg17.46 Å
总原子数 total_atoms1474
残基数 n_residues174
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.7 Å
Rg (实空间) rg_real17.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real8.9710e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8971000.0000
解质量估计 total_estimate0.7934
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.9 Å
偏度 Skewness skewness0.333
峰度 Kurtosis kurtosis-0.321
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1802000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1amma1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family familyb.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins
结构域编号 domain_idd1amma2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.11 — gamma-Crystallin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.11.1 — gamma-Crystallin-like
家族 Family familyb.11.1.1 — Crystallins/Ca-binding development proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ammA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Crystallins
结构域编号 domain_id1ammA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Gamma-B Crystallin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Crystallins
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)