SAXSdb — 1apy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE

物种未注明

UniProt P20933

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 4 其他聚合物 1	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASPG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 24–185 作者链 C； PDB构建体 1–162； UniProt 24–185 作者链 B； PDB构建体 1–141； UniProt 206–346 作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 206–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1apy
沉积日期 deposition_date	1995-06-14
结构标题 title	HUMAN ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE
关键词 keywords	ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE, GLYCOSYLASPARAGINASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1apy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1apy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1apy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.31 Å
Rg（电子密度）	23.20 Å
总 Rg	24.08 Å
原子数	4601
残基数	604
排除体积	81222 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1apy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE
分子量 formula_weight	17293.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.26
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4838

SSPLPLVVNTWPFKNATEAAWRALASGGSALDAVESGCAMCEREQCDGSVGFGGSPDELGETTLDAMIMDGTTMDVGAVGDLRRIKNAIGVARKVLEHTTHTLLVGESATTFAQSMGFINEDLSTSASQALHSDWLARNCQPNYWRNVIPDPSKYCGPYKPP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE
分子量 formula_weight	15085.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.26
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

TIGMVVIHKTGHIAAGTSTNGIKFKIHGRVGDSPIPGAGAYADDTAGAAAATGNGDILMRFLPSYQAVEYMRRGEDPTIACQKVISRIQKHFPEFFGAVICANVTGSYGAACNKLSTFTQFSFMVYNSEKNQPTEEKVDCI

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	237

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1apy.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase

结构域编号 domain_id	d1apy.2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.153 — Ntn hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.153.1 — N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases)
家族 Family family	d.153.1.5 — (Glycosyl)asparaginase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1apyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

结构域编号 domain_id	1apyD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — (Glycosyl)asparaginase

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晶胞边长 a length_a	98.400 Å
晶胞边长 b length_b	98.400 Å
晶胞边长 c length_c	134.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2240

HUMAN ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1apy__assembly_1__model_1

1apy__assembly_1__model_1 | I(q)

1apy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

HUMAN ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTYLGLUCOSAMINIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1apy__assembly_1__model_1

1apy__assembly_1__model_1 | I(q)

1apy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)