SAXSdb — 1aua

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3–298	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.2；3% PEG 3350, 1% N-OCTYL B-D-GLUCOPYRANOSIDE, 10 MM HEPES, 150MM KCL, PH 7.2	分辨率 2.50 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AUA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6F0E Structure of yeast Sec14p with a picolinamide compound 提交 2017-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	C8K ~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-5-bromanyl-3-fluoranyl-pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；129.5 mM sodium acetate, 64.8 mM TRIS, 10 % (w/v) PEG 4000, 20 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
7ZG9 Structure of yeast Sec14p with himbacine 提交 2022-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–301（299 aa）	未记录	KO0 Himbacine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
7ZG9 Structure of yeast Sec14p with himbacine 提交 2022-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–301（299 aa）	未记录	KO0 Himbacine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol, pH 7.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
7ZGA Structure of yeast Sec14p with ergoline 提交 2022-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–298（296 aa）	未记录	IUF ~{O}9-methyl ~{O}4-[2,2,2-tris(chloranyl)ethyl] (5~{a}~{S},6~{a}~{S},9~{R},10~{a}~{S})-7-methyl-3-nitro-5,5~{a},6,6~{a},8,9,10,10~{a}-octahydroindolo[4,3-fg]quinoline-4,9-dicarboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.228
7ZGB Structure of yeast Sec14p with NPPM112 提交 2022-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–299（296 aa）	未记录	IUJ 4-fluoranyl-~{N}-[(4-pyrrolidin-1-ylphenyl)methyl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.249
7ZGC Structure of yeast Sec14p with NPPM481 提交 2022-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	IUO (4-chloranyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.24 Å R-free 0.211
7ZGD Structure of yeast Sec14p with NPPM244 提交 2022-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	未记录	IUC (4-bromanyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；294 K；129,5 mM sodium acetate, 64,8 mM TRIS, 4,6 % (w/v) PEG 4000, and 11.9 % (v/v) glycerol adjusted to pH 7.0	分辨率 2.08 Å R-free 0.232
9EFP Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine 提交 2024-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–304（304 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris, 30-40% v/v PEG 400, pH 5.5-pH 6.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.208
9EFP Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Sec14p in complex with phosphatidylcholine 提交 2024-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–304（304 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；289.15 K；0.1 M Bis-Tris, 30-40% v/v PEG 400, pH 5.5-pH 6.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.208
9YV3 Crystal Structure of a ternary complex of Saccharomyces cerevisiae Sec14 with a small molecule inhibitor and phosphatidylcholine 提交 2025-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–302（298 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 IUO (4-chloranyl-3-nitro-phenyl)-[4-(2-fluorophenyl)piperazin-1-yl]methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis Tris 30% v/v pentaeritheytolethoxylate (pH 6.5)	分辨率 2.25 Å R-free 0.268

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEC14_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–296； UniProt 3–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1aua
沉积日期 deposition_date	1997-08-20
结构标题 title	PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
关键词 keywords	PHOSPHOLIPID-BINDING PROTEIN, PERIPHERAL GOLGI MEMBRANE PROTEIN, PHOSPHOLIPID EXCHANGE, GOLGI-DERIVED SECRETORY VESICLE BIOGENESIS; PHOSPHOLIPID-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.25 Å
零角强度 I(0) i0	19642100.00
分子量 molecular_weight	34581.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43666 Å³
包络体积 envelope_volume	51323 Å³
水化壳体积 shell_volume	21920 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.00 Å
包络 Rg envelope_rg	19.38 Å
形状 Rg shape_rg	19.24 Å
总 Rg total_rg	20.22 Å
总原子数 total_atoms	2440
残基数 n_residues	296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.434
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4434000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P
分子量 formula_weight	34045.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2493

QQEKEFLESYPQNCPPDALPGTPGNLDSAQEKALAELRKLLEDAGFIERLDDSTLLRFLRARKFDVQLAKEMFENCEKWRKDYGTDTILQDFHYDEKPLIAKFYPQYYHKTDKDGRPVYFEELGAVNLHEMNKVTSEERMLKNLVWEYESVVQYRLPACSRAAGHLVETSCTIMDLKGISISSAYSVMSYVREASYISQNYYPERMGKFYIINAPFGFSTAFRLFKPFLDPVTVSKIFILGSSYQKELLKQIPAENLPVKFGGKSEVDESKGGLYLSDIGPWRDPKYIGPEGEAPE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1auaa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.3 — CRAL/TRIO N-terminal domain
家族 Family family	a.5.3.1 — CRAL/TRIO N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1auaa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.13 — SpoIIaa-like
超家族 Superfamily superfamily	c.13.1 — CRAL/TRIO domain
家族 Family family	c.13.1.1 — CRAL/TRIO domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1auaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	525 — Phosphatidylinositol Transfer Protein Sec14p
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CRAL-TRIO lipid binding domain

结构域编号 domain_id	1auaA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — N-terminal domain of phosphatidylinositol transfer protein sec14p

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.971 Å
晶胞边长 b length_b	88.971 Å
晶胞边长 c length_c	111.339 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2110
R_work r_work	0.2110
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/au/1aua/1aua.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/1aua/1aua.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/1aua/1aua.dat

PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATIDYLINOSITOL TRANSFER PROTEIN SEC14P

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction