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1avu

TRYPSIN INHIBITOR FROM SOYBEAN (STI)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSIN INHIBITOR

物种未注明

UniProt P01070

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–205 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5 分辨率 2.30 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AVU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AVW COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–201（177 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1AVX COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, TETRAGONAL CRYSTAL FORM 提交 1997-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–201（177 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.280
1BA7 SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-04-22 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–205（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
1BA7 SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR 提交 1998-04-22 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 25–205（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6NTT X-ray Crystal Structure of Soybean Trypsin Inhibitor (Kunitz) Complexed with 1,5-Disulfonyl Naphthalene 提交 2019-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–216（216 aa）
未记录 21D naphthalene-1,5-disulfonic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Lyophilized protein dissolved in water to 25 mg/ml. Sitting drop vapor diffusion against reservoirs of 25% PEG 3350 with 0.10 M MES buffer ph 6.5. 3 ul drops composed of equal amounts of protein stock solution and reservoir supplemented with 0.10 M 1,5-Disulfonyl Naphthalene. Crystallization time about 2 weeks.
分辨率 2.40 Å R-free 0.306
6NTT X-ray Crystal Structure of Soybean Trypsin Inhibitor (Kunitz) Complexed with 1,5-Disulfonyl Naphthalene 提交 2019-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–216（216 aa）
未记录 21D naphthalene-1,5-disulfonic acid × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Lyophilized protein dissolved in water to 25 mg/ml. Sitting drop vapor diffusion against reservoirs of 25% PEG 3350 with 0.10 M MES buffer ph 6.5. 3 ul drops composed of equal amounts of protein stock solution and reservoir supplemented with 0.10 M 1,5-Disulfonyl Naphthalene. Crystallization time about 2 weeks.
分辨率 2.40 Å R-free 0.306
6O1F Complex between soybean trypsin inhibitor beta1-tryptase and a humanized fab 提交 2019-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 25–216（192 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；5% PEG 4000 0.1M lithium sulfate 0.1M Tris pH 7.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.233

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITRA_SOYBN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 25–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1avu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1avu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1avu
沉积日期 deposition_date1997-09-20
结构标题 titleTRYPSIN INHIBITOR FROM SOYBEAN (STI)
关键词 keywordsSERINE PROTEASE INHIBITOR, TRYPSIN INHIBITOR, KUNITZ-TYPE, BETA-TREFOIL FOLD; SERINE PROTEASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.15 Å
零角强度 I(0) i06363370.00
分子量 molecular_weight18184.0 kDa
排除体积 excluded_volume22740 ų
包络体积 envelope_volume26017 ų
水化壳体积 shell_volume14408 ų
包络直径 envelope_diameter51.6 Å
壳层 Rg shell_rg21.12 Å
包络 Rg envelope_rg15.46 Å
形状 Rg shape_rg15.13 Å
总 Rg total_rg16.35 Å
总原子数 total_atoms1282
残基数 n_residues172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.8 Å
Rg (实空间) rg_real16.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real6.3630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.5850e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6363000.0000
解质量估计 total_estimate0.8852
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.9 Å
偏度 Skewness skewness0.070
峰度 Kurtosis kurtosis-0.390
角度范围 angular_range— – 0.4800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1153000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1avua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamilyb.42.4 — STI-like
家族 Family familyb.42.4.1 — Kunitz (STI) inhibitors

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1avuA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture80 — Trefoil
拓扑 Topology topology10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 —
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)