SAXSdb — 1b1c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 61–241	片段：FMN-BINDING DOMAIN	CA CALCIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；18-20% (W/V) PEG400, 100 MM HEPES (PH6.8-7.2), 200 MM CACL2 4 DEGREES C, pH 7.0	分辨率 1.93 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B1C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FJO Structure of chimeric YH CPR 提交 2008-12-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 232–677（446 aa）片段：yeast FMN domain, UNP residues 44-211, human FAD domain CPR, UNP residues 232-677	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEGII from Nextal condition G11, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.290
3QE2 Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase 提交 2011-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3QE2 Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase 提交 2011-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK	分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3QFC Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 (V492E mutant) 提交 2011-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	突变：V489E	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK	分辨率 1.80 Å R-free 0.265
3QFC Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 (V492E mutant) 提交 2011-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	突变：V489E	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK	分辨率 1.80 Å R-free 0.265
3QFR Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase (R457H Mutant) 提交 2011-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	突变：R454H	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3QFR Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase (R457H Mutant) 提交 2011-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	突变：R454H	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3QFS Crystal Structure of NADPH-Cytochrome P450 Reductase (FAD/NADPH domain) 提交 2011-01-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 241–677（437 aa）片段：FAD/NADPH domain (UNP residues 241-677)	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；292 K；100 mM magnesium chloride, 15% PEG5000 MME, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.40 Å R-free 0.231
3QFT Crystal Structure of NADPH-Cytochrome P450 Reductase (FAD/NADPH domain and R457H Mutant) 提交 2011-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 241–677（437 aa）片段：FAD/NADPH domain (UNP residues 241-677)	突变：R454H	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；292 K；100 mM magnesium chloride, 15% PEG5000 MME, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.40 Å R-free 0.227
5EMN Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase(A287P mutant) 提交 2015-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–677（614 aa）片段：UNP residues 57-677	突变：P228L, A287P, A503V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100mM MES,pH6.5,50mM CaAc2,0.1M NaCl, 14% PEG4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
5EMN Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase(A287P mutant) 提交 2015-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–677（614 aa）片段：UNP residues 57-677	突变：P228L, A287P, A503V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100mM MES,pH6.5,50mM CaAc2,0.1M NaCl, 14% PEG4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.277
5FA6 wild type human CYPOR 提交 2015-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；MES buffer, PEG 4K, CaAc2 and NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
5FA6 wild type human CYPOR 提交 2015-12-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 64–677（614 aa）片段：UNP residues 64-677	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；MES buffer, PEG 4K, CaAc2 and NaCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.280

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCPR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–181； UniProt 61–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b1c
沉积日期 deposition_date	1998-11-19
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE FMN-BINDING DOMAIN OF HUMAN CYTOCHROME P450 REDUCTASE AT 1.93A RESOLUTION
关键词 keywords	FLAVOPROTEIN, CYTOCHROME P450 REDUCTASE, P450 REDUCTASE, FMN-BINDING DOMAIN, FMN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.01 Å
零角强度 I(0) i0	7441140.00
分子量 molecular_weight	19275.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23733 Å³
包络体积 envelope_volume	26335 Å³
水化壳体积 shell_volume	14603 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.5 Å
壳层 Rg shell_rg	21.20 Å
包络 Rg envelope_rg	15.31 Å
形状 Rg shape_rg	15.00 Å
总 Rg total_rg	16.11 Å
总原子数 total_atoms	1357
残基数 n_residues	166
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4410e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3270e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7441000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9024
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.069
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.452
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1246000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE)
分子量 formula_weight	20380.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.2.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1418

TSSVRESSFVEKMKKTGRNIIVFYGSQTGTAEEFANRLSKDAHRYGMRGMSADPEEYDLADLSSLPEIDNALVVFCMATYGEGDPTDNAQDFYDWLQETDVDLSGVKFAVFGLGNKTYEHFNAMGKYVDKRLEQLGAQRIFELGLGDDDGNLEEDFITWREQFWPAVCEHFGVEATGEESS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1b1ca_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.2 — Cytochrome p450 reductase N-terminal domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1b1cA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	39.310 Å
晶胞边长 b length_b	51.440 Å
晶胞边长 c length_c	47.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	19.450 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1973
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/b1/1b1c/1b1c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b1/1b1c/1b1c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b1/1b1c/1b1c.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE FMN-BINDING DOMAIN OF HUMAN CYTOCHROME P450 REDUCTASE AT 1.93A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction