1b26

GLUTAMATE DEHYDROGENASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 135.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE DEHYDROGENASE

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–416 链 B； UniProt 1–416 链 C； UniProt 1–416 链 D； UniProt 1–416 链 E； UniProt 1–416 链 F； UniProt 1–416	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 3% POLYETHYLENE GLYCOLE, 120 MM AMMONIUM ACETATE 50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B26	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B3B THERMOTOGA MARITIMA GLUTAMATE DEHYDROGENASE MUTANT N97D, G376K 提交 1998-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–416（415 aa）链 B 2–416（415 aa）链 C 2–416（415 aa）链 D 2–416（415 aa）链 E 2–416（415 aa）链 F 2–416（415 aa）	突变：N97D, G376K 突变：N97D, G376K 突变：N97D, G376K 突变：N97D, G376K 突变：N97D, G376K 突变：N97D, G376K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；6% POLYETHYLENE GLYCOLE, 120 MM AMMONIUM ACETATE, 50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.298
2TMG THERMOTOGA MARITIMA GLUTAMATE DEHYDROGENASE MUTANT S128R, T158E, N117R, S160E 提交 1998-12-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 2–416（415 aa）链 B 2–416（415 aa）链 C 2–416（415 aa）链 D 2–416（415 aa）链 E 2–416（415 aa）链 F 2–416（415 aa）	突变：S128R, T158E, N117R, S160E 突变：S128R, T158E, N117R, S160E 突变：S128R, T158E, N117R, S160E 突变：S128R, T158E, N117R, S160E 突变：S128R, T158E, N117R, S160E 突变：S128R, T158E, N117R, S160E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；6% POLYETHYLENE GLYCOLE, 120 MM AMMONIUM ACETATE, 50 MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.274

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHE3_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416 作者链 B； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416 作者链 C； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416 作者链 D； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416 作者链 E； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416 作者链 F； PDB构建体 1–416； UniProt 1–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b26
沉积日期 deposition_date	1998-12-04
结构标题 title	GLUTAMATE DEHYDROGENASE
关键词 keywords	METABOLIC ROLE, GLUTAMATE, DEHYDROGENASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.86 Å
零角强度 I(0) i0	1046780000.00
分子量 molecular_weight	269530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	338880 Å³
包络体积 envelope_volume	438320 Å³
水化壳体积 shell_volume	84155 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.7 Å
壳层 Rg shell_rg	48.86 Å
包络 Rg envelope_rg	41.77 Å
形状 Rg shape_rg	41.83 Å
总 Rg total_rg	42.30 Å
总原子数 total_atoms	18978
残基数 n_residues	2454
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1047000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8785
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	152700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.822

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1b26a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1b26b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1b26c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1b26d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1b26e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

结构域编号 domain_id	d1b26f1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.7 — Aminoacid dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1b26f2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.58 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.58.1 — Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain
家族 Family family	c.58.1.1 — Aminoacid dehydrogenases

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1b26A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b26B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b26C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b26D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b26E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1b26F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10860 — Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1b26F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.130 Å
晶胞边长 b length_b	147.130 Å
晶胞边长 c length_c	273.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2950

描述 description	GLUTAMATE DEHYDROGENASE
分子量 formula_weight	45859.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	18978

GLUTAMATE DEHYDROGENASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUTAMATE DEHYDROGENASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/b2/1b26/1b26.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b2/1b26/1b26.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b2/1b26/1b26.dat