SAXSdb — 1b5p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)

Thermus thermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–385 链 B； UniProt 1–385	突变：K101S,S261R	PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3	分辨率 1.80 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B5P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B5O THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE SINGLE MUTANT 1 提交 1999-01-07	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：K101S 突变：K101S	PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
1BJW ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1998-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–382（382 aa）链 B 1–382（382 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；pH 4.3	分辨率 1.80 Å R-free 0.269
1BKG ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH MALEATE 提交 1998-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	未记录	PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MAE MALEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1BKG ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH MALEATE 提交 1998-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–385（385 aa）链 D 1–385（385 aa）	未记录	PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MAE MALEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–385（385 aa）链 D 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–385（385 aa）链 F 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–385（385 aa）链 H 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC4 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH ASPARTATE 提交 2000-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.277
1GC4 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH ASPARTATE 提交 2000-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–385（385 aa）链 D 1–385（385 aa）	突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R	ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.277
1GCK THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1 COMPLEXED WITH ASPARTATE 提交 2000-08-04	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：K101S, S261R 突变：K101S, S261R	ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.284
5BJ3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1 提交 1999-01-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：S14D,T16P,K101S,S261R 突变：S14D,T16P,K101S,S261R	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 30MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5BJ3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1 提交 1999-01-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–385（385 aa）链 D 1–385（385 aa）	突变：S14D,T16P,K101S,S261R 突变：S14D,T16P,K101S,S261R	PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 30MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5BJ4 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 提交 1999-01-11	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–385（385 aa）链 B 1–385（385 aa）	突变：S14D,T16V,K101S,S261R 突变：S14D,T16V,K101S,S261R	PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3	分辨率 2.00 Å R-free 0.214

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AAT_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385 作者链 B； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b5p
沉积日期 deposition_date	1999-01-07
结构标题 title	THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1
关键词 keywords	AMINOTRANSFERASE, PYRIDOXAL ENZYME, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.15 Å
零角强度 I(0) i0	114247000.00
分子量 molecular_weight	84198.0 kDa
排除体积 excluded_volume	105440 Å³
包络体积 envelope_volume	124150 Å³
水化壳体积 shell_volume	37461 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.35 Å
包络 Rg envelope_rg	27.17 Å
形状 Rg shape_rg	27.14 Å
总 Rg total_rg	27.95 Å
总原子数 total_atoms	5932
残基数 n_residues	764
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	114200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.318
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.299
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.961

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)
分子量 formula_weight	42130.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.6.1.1
突变 mutation	K101S,S261R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6272

MRGLSRRVQAMKPSATVAVNAKALELRRQGVDLVALTAGEPDFDTPEHVKEAARRALAQGKTKYAPPAGIPELREALAEKFRRENGLSVTPEETIVTVGGSQALFNLFQAILDPGDEVIVLSPYWVSYPEMVRFAGGVVVEVETLPEEGFVPDPERVRRAITPRTKALVVNSPNNPTGAVYPKEVLEALARLAVEHDFYLVSDEIYEHLLYEGEHFSPGRVAPEHTLTVNGAAKAFAMTGWRIGYACGPKEVIKAMASVSRQSTTSPDTIAQWATLEALTNQEASRAFVEMAREAYRRRRDLLLEGLTALGLKAVRPSGAFYVLMDTSPIAPDEVRAAERLLEAGVAVVPGTDFAAFGHVRLSYATSEENLRKALERFARVLGRA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	340

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1b5pa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.1 — AAT-like

结构域编号 domain_id	d1b5pb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.1 — AAT-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1b5pA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1b5pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	1b5pB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	1b5pB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.490 Å
晶胞边长 b length_b	113.620 Å
晶胞边长 c length_c	124.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2390

fit	/app/data/saxs_computation/b5/1b5p/1b5p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/1b5p/1b5p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/1b5p/1b5p.dat

THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (ASPARTATE AMINOTRANSFERASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction