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1b80

REC. LIGNIN PEROXIDASE H8 OXIDATIVELY PROCESSED

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (RECOMBINANT LIGNIN PEROXIDASE H8)

Phanerochaete chrysosporium

UniProt P06181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–372 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；17 % PEG 6000 PH 3.5 分辨率 1.73 Å R-free 0.208
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 28–372 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 3.5；17 % PEG 6000 PH 3.5 分辨率 1.73 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1B80 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B82 PRISTINE RECOMB. LIGNIN PEROXIDASE H8 提交 1999-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–373（350 aa） 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE
未记录 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；pH 3.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.194
1B82 PRISTINE RECOMB. LIGNIN PEROXIDASE H8 提交 1999-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–373（350 aa） 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE
未记录 CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；pH 3.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.194
1B85 LIGNIN PEROXIDASE 提交 1999-02-05 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–372（351 aa） 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE
突变：W171F SUBSTITUTION CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0
分辨率 1.85 Å R-free 0.181
1B85 LIGNIN PEROXIDASE 提交 1999-02-05 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 22–372（351 aa） 片段：MATURE PROTEIN PLUS 7-RESIDUE PROSEQUENCE
突变：W171F SUBSTITUTION CA CALCIUM ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4；pH 4.0
分辨率 1.85 Å R-free 0.181
6A6Q Crystal structure of a lignin peroxidase isozyme H8 variant that is stable at very acidic pH 提交 2018-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–372（351 aa）
突变：A55R, N156E, H239E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEB HEME B/C × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 6000
分辨率 1.67 Å R-free 0.171
6ISS Lignin peroxidase H8 triple mutant S49C/A67C/H239 提交 2018-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–372（351 aa）
突变：S49C,A67C,H239E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 6000
分辨率 1.53 Å R-free 0.196
6ISS Lignin peroxidase H8 triple mutant S49C/A67C/H239 提交 2018-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 22–372（351 aa）
突变：S49C,A67C,H239E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 6000
分辨率 1.53 Å R-free 0.196

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIG8_PHACH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–351； UniProt 22–372 作者链 B； PDB构建体 7–351； UniProt 28–372

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1b80

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1b80
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1b80
沉积日期 deposition_date1999-02-03
结构标题 titleREC. LIGNIN PEROXIDASE H8 OXIDATIVELY PROCESSED
关键词 keywords;LIGNIN DEGRADATION, HEME, RADICAL REACTION, ELECTRON TRANSFER, AUTOCATALYTIC SELF-OXIDATION, BETA-HYDROXY TRYPTOPHAN, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.44 Å
零角强度 I(0) i090400400.00
分子量 molecular_weight75531.0 kDa
排除体积 excluded_volume93833 ų
包络体积 envelope_volume116740 ų
水化壳体积 shell_volume29291 ų
包络直径 envelope_diameter125.7 Å
壳层 Rg shell_rg38.89 Å
包络 Rg envelope_rg35.26 Å
形状 Rg shape_rg35.43 Å
总 Rg total_rg35.73 Å
总原子数 total_atoms5315
残基数 n_residues692
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.2 Å
Rg (实空间) rg_real35.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real9.0400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal90380000.0000
解质量估计 total_estimate0.7269
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary27.4 Å
偏度 Skewness skewness0.527
峰度 Kurtosis kurtosis-0.615
角度范围 angular_range— – 0.2250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23430000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.408; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.392; Smooth: 0.828
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1b80a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like
结构域编号 domain_idd1b80b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.1 — CCP-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1b80A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1b80A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2
结构域编号 domain_id1b80B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology520 — Peroxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1b80B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology420 — Peroxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peroxidase, domain 2
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)