SAXSdb — 1bf5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL TRANSDUCER AND ACTIVATOR OF TRANSCRIPTION 1-ALPHA/BETA

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 136–683	片段：RESIDUES 136-710 突变：PHOSPHORYLATED TYR 701 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(APCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPG PC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPT PG)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.90 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BF5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
2KA6 NMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex 提交 2008-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 710–750（41 aa）片段：UNP residues 710 to 750	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] TAZ2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3WWT Crystal Structure of the Y3:STAT1ND complex 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 1-126	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG400, 0.2M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
7NUF Vaccinia virus protein 018 in complex with STAT1 提交 2021-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	突变：Delta183-190, H182A, E393A, E394A	SO4 SULFATE ION × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；300:300 nl drop of protein:condition Protein: 10 mg/ml STAT1:peptide complex in 20 mM Tris pH8.0, 300 mM NaCl, 1 mM EDTA, 5 mM TCEP Condition: 16% PEG 3350 (w/v), 175 mM KCl, 125 mM NH4SO4,	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
8D3F Crystal structure of human STAT1 in complex with the repeat region from Toxoplasma protein TgIST 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–713（582 aa）片段：STAT1-binding region	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.0, 3 M sodium chloride and 50 mM sodium citrate tribasic	分辨率 2.97 Å R-free 0.288
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYU A tetrameric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）链 D 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9IFX Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	未记录	OXE ORTHO-XYLENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation condition: 4% v/v TacsimateTM pH 5.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 Protein:peptide complex: 5 mg /ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 3.64 Å R-free 0.271
9IGA Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–684（553 aa）	突变：132-684,delta183-190,H182A,E393A,E394A	OXE ORTHO-XYLENE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation conditions: 0.1 M Bis-Tris 5.5 0.2 M Ammonium acetate 25 % w/v PEG 3350 Protein:peptide complex: 5 mg ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.313

共 9 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–575； UniProt 136–683

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bf5
沉积日期 deposition_date	1998-05-27
结构标题 title	TYROSINE PHOSPHORYLATED STAT-1/DNA COMPLEX
关键词 keywords	COMPLEX (SH2 DOMAIN-DNA), SH2 DOMAIN, TRANSCRIPTION FACTOR, GENE REGULATION-DNA COMPLEX; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.89 Å
零角强度 I(0) i0	98380000.00
分子量 molecular_weight	73239.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89228 Å³
包络体积 envelope_volume	119690 Å³
水化壳体积 shell_volume	32366 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.60 Å
包络 Rg envelope_rg	34.55 Å
形状 Rg shape_rg	33.89 Å
总 Rg total_rg	34.09 Å
总原子数 total_atoms	5117
残基数 n_residues	580
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.8380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	98360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7505
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.715
峰度 Kurtosis kurtosis	0.294
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9097000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.471; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.388; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPG PC)-3') ;
分子量 formula_weight	5475.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5117

ACAGTTTCCCGTAAATGC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPT PG)-3') ;
分子量 formula_weight	5555.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TGCATTTACGGGAAACTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SIGNAL TRANSDUCER AND ACTIVATOR OF TRANSCRIPTION 1-ALPHA/BETA
分子量 formula_weight	66657.3 kDa
突变 mutation	PHOSPHORYLATED TYR 701
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

LDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQNREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVEWKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNLKVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTRTNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLVAEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIPWTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGTFLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAENIPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1bf5a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.47 — STAT-like
超家族 Superfamily superfamily	a.47.1 — STAT
家族 Family family	a.47.1.1 — STAT

结构域编号 domain_id	d1bf5a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.5 — STAT DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1bf5a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bf5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — STAT transcription factor, all-alpha domain

结构域编号 domain_id	1bf5A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — STAT transcription factor, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1bf5A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1bf5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.600 Å
晶胞边长 b length_b	148.200 Å
晶胞边长 c length_c	181.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2930

fit	/app/data/saxs_computation/bf/1bf5/1bf5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bf/1bf5/1bf5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bf/1bf5/1bf5.dat

TYROSINE PHOSPHORYLATED STAT-1/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL TRANSDUCER AND ACTIVATOR OF TRANSCRIPTION 1-ALPHA/BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)