SAXSdb — 1bg1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 127–722	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(TPGPCPAPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPCPT)-3') ; × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 2.25 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BG1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CWG Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–688（562 aa）片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
3CWG Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment 提交 2008-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 127–688（562 aa）片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
4E68 Unphosphorylated STAT3B core protein binding to dsDNA 提交 2012-03-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–722（596 aa）片段：STAT3 Core Fragment, residues (127-722)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.005M MgSO4, 0.1M ammonium acetate, 10% glycerol, 0.05M MES pH 5.6, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127) 链 B 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127) 链 D 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–596； UniProt 127–722

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bg1
沉积日期 deposition_date	1998-06-03
结构标题 title	TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR, PROTEIN-DNA COMPLEX, CYTOKINE ACTIVATION, COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.68 Å
零角强度 I(0) i0	81813300.00
分子量 molecular_weight	69629.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86230 Å³
包络体积 envelope_volume	116830 Å³
水化壳体积 shell_volume	31213 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.56 Å
包络 Rg envelope_rg	35.79 Å
形状 Rg shape_rg	34.65 Å
总 Rg total_rg	34.93 Å
总原子数 total_atoms	4864
残基数 n_residues	576
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	34.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7527
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.767
峰度 Kurtosis kurtosis	0.344
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.461; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.527; Smooth: 0.870

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPCPAPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5441.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5018

TGCATTTCCCGTAAATCT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)
分子量 formula_weight	68215.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GQANHPTAAVVTEKQQMLEQHLQDVRKRVQDLEQKMKVVENLQDDFDFNYKTLKSQGDMQDLNGNNQSVTRQKMQQLEQMLTALDQMRRSIVSELAGLLSAMEYVQKTLTDEELADWKRRQQIACIGGPPNICLDRLENWITSLAESQLQTRQQIKKLEELQQKVSYKGDPIVQHRPMLEERIVELFRNLMKSAFVVERQPCMPMHPDRPLVIKTGVQFTTKVRLLVKFPELNYQLKIKVCIDKDSGDVAALRGSRKFNILGTNTKVMNMEESNNGSLSAEFKHLTLREQRCGNGGRANCDASLIVTEELHLITFETEVYHQGLKIDLETHSLPVVVISNICQMPNAWASILWYNMLTNNPKNVNFFTKPPIGTWDQVAEVLSWQFSSTTKRGLSIEQLTTLAEKLLGPGVNYSGCQITWAKFCKENMAGKGFSFWVWLDNIIDLVKKYILALWNEGYIMGFISKERERAILSTKPPGTFLLRFSESSKEGGVTFTWVEKDISGSTQIQSVEPYTKQQLNNMSFAEIIMGYKIMDATNILVSPLVYLYPDIPKEEAFGKYCRPESQEHPEADPGSAAPYLKTKFICVTPFIDAVWK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	154

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1bg1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.47 — STAT-like
超家族 Superfamily superfamily	a.47.1 — STAT
家族 Family family	a.47.1.1 — STAT

结构域编号 domain_id	d1bg1a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.5 — STAT DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1bg1a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bg1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — STAT transcription factor, all-alpha domain

结构域编号 domain_id	1bg1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — STAT transcription factor, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1bg1A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1bg1A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	174.000 Å
晶胞边长 b length_b	174.000 Å
晶胞边长 c length_c	79.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.3010

fit	/app/data/saxs_computation/bg/1bg1/1bg1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bg/1bg1/1bg1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bg/1bg1/1bg1.dat

TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)