SAXSdb — 1bm9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICATION TERMINATOR PROTEIN

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.281
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–122	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；pH 6.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BM9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F4K CRYSTAL STRUCTURE OF THE REPLICATION TERMINATOR PROTEIN/B-SITE DNA COMPLEX 提交 2000-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；5% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
1J0R Crystal structure of the replication termination protein mutant C110S 提交 2002-11-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；22% PEG 2000, 150mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.279
2DPD Crystal structure of the Replication Termination Protein in complex with a pseudosymmetric B-site 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25% MPD, 75mM sodium acetate pH 4.6, 20mM calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.17 Å R-free 0.278
2DPU Crystal structure of the replication termination protein in complex with a pseudosymmetric 21mer B-site DNA 提交 2006-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 8–129（122 aa）	突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；1.75M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.306
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2DQR Crystal structure of the replication terminator protein mutant RTP.E39K.R42Q 提交 2006-05-29	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–122（122 aa）链 D 1–122（122 aa）	突变：E39K,R42Q 突变：E39K,R42Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；22% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.225M Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.01 Å R-free 0.276
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–122（122 aa）链 B 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.332
2EFW Crystal structure of the RTP:nRB complex from Bacillus subtilis 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–122（122 aa）链 G 1–122（122 aa）	突变：C110S 突变：C110S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；2% PEG 4000, 125mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.332

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RTP_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bm9
沉积日期 deposition_date	1998-07-29
结构标题 title	REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS
关键词 keywords	DNA-BINDING PROTEIN, CONTRAHELICASE, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.63 Å
零角强度 I(0) i0	11473300.00
分子量 molecular_weight	28532.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36646 Å³
包络体积 envelope_volume	58671 Å³
水化壳体积 shell_volume	14504 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.87 Å
包络 Rg envelope_rg	34.16 Å
形状 Rg shape_rg	35.61 Å
总 Rg total_rg	36.11 Å
总原子数 total_atoms	2490
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6321
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.105
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	950800.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.151; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.145; Smooth: 0.617

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1bm9a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.7 — Replication terminator protein (RTP)

结构域编号 domain_id	d1bm9b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.7 — Replication terminator protein (RTP)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1bm9A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1bm9B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.191 Å
晶胞边长 b length_b	52.686 Å
晶胞边长 c length_c	70.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2810

描述 description	REPLICATION TERMINATOR PROTEIN
分子量 formula_weight	14547.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2663

REPLICATION TERMINATOR PROTEIN FROM BACILLUS SUBTILIS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICATION TERMINATOR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	173

fit	/app/data/saxs_computation/bm/1bm9/1bm9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bm/1bm9/1bm9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bm/1bm9/1bm9.dat