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1bpm

DIFFERENTIATION AND IDENTIFICATION OF THE TWO CATALYTIC METAL BINDING SITES IN BOVINE LENS LEUCINE AMINOPEPTIDASE BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUCINE AMINOPEPTIDASE

Bos taurus

UniProt P00727

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–487 未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BPM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BLL X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC DETERMINATION OF THE STRUCTURE OF BOVINE LENS LEUCINE AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH AMASTATIN: FORMULATION OF A CATALYTIC MECHANISM FEATURING A GEM-DIOLATE TRANSITION STATE 提交 1993-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–487（487 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1BPN DIFFERENTIATION AND IDENTIFICATION OF THE TWO CATALYTIC METAL BINDING SITES IN BOVINE LENS LEUCINE AMINOPEPTIDASE BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY 提交 1993-03-02 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–487（487 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1LAM LEUCINE AMINOPEPTIDASE (UNLIGATED) 提交 1995-08-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–484（484 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 CO3 CARBONATE ION × 6 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.204
1LAN LEUCINE AMINOPEPTIDASE COMPLEX WITH L-LEUCINAL 提交 1995-08-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–484（484 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 LEU LEUCINE × 6 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8
分辨率 1.90 Å R-free 0.212
1LAP MOLECULAR STRUCTURE OF LEUCINE AMINOPEPTIDASE AT 2.7-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-08-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–487（487 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å
1LCP BOVINE LENS LEUCINE AMINOPEPTIDASE COMPLEXED WITH L-LEUCINE PHOSPHONIC ACID 提交 1995-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–484（484 aa）
链 B 1–484（484 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 PLU LEUCINE PHOSPHONIC ACID × 6 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.191
2EWB The crystal structure of Bovine Lens Leucine Aminopeptidase in complex with zofenoprilat 提交 2005-11-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–486（486 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 NA SODIUM ION × 6 CO3 CARBONATE ION × 6 ZED L-PROLINE, 1-[(2S)-3-MERCAPTO-2-METHYL-1-OXOPROPYL]-4-(PHENYLTHIO)-, 4S × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；298 K；TRIS/HCl pH 7.8, MPD, Zinc chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.
分辨率 1.85 Å R-free 0.177
2J9A blLAP in Complex with Microginin FR1 提交 2006-11-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–487（487 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 18 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 12 ZN ZINC ION × 12 AHY (2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXYDECANOIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；HANGING DROP BLLAP 7MG/ML IN 50MM TRIS-HCL PH7.8, 50UM ZNSO4, 200MM NACL EQUILIBRATED AGAINST 50MM TRIS-HCL PH7.8, 50UM ZNSO4, 200MM NACL, 50% MPD, pH 7.80
分辨率 1.73 Å R-free 0.173

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMPL_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–487； UniProt 1–487

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bpm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bpm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bpm
沉积日期 deposition_date1993-03-02
结构标题 titleDIFFERENTIATION AND IDENTIFICATION OF THE TWO CATALYTIC METAL BINDING SITES IN BOVINE LENS LEUCINE AMINOPEPTIDASE BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY
关键词 keywordsHYDROLASE(ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE); HYDROLASE(ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.80 Å
零角强度 I(0) i045312100.00
分子量 molecular_weight52287.0 kDa
排除体积 excluded_volume65452 ų
包络体积 envelope_volume74451 ų
水化壳体积 shell_volume26544 ų
包络直径 envelope_diameter87.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.59 Å
包络 Rg envelope_rg24.19 Å
形状 Rg shape_rg23.81 Å
总 Rg total_rg24.49 Å
总原子数 total_atoms3673
残基数 n_residues481
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.2 Å
Rg (实空间) rg_real24.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45310000.0000
解质量估计 total_estimate0.8555
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.7 Å
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.110
角度范围 angular_range— – 0.3250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11390000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.740; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.982
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bpma1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.3 — Leucine aminopeptidase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd1bpma2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.50.1 — Macro domain-like
家族 Family familyc.50.1.1 — Leucine aminopeptidase (Aminopeptidase A), N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bpmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1
结构域编号 domain_id1bpmA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)