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1bsv

GDP-FUCOSE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEX WITH NADPH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (GDP-FUCOSE SYNTHETASE)

Escherichia coli

UniProt P32055

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–321 未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；4.0 M SODIUM FORMATE, pH 7 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BSV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BWS CRYSTAL STRUCTURE OF GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE EPIMERASE/REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI A KEY ENZYME IN THE BIOSYNTHESIS OF GDP-L-FUCOSE 提交 1998-09-25 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.20 Å
1BWS CRYSTAL STRUCTURE OF GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE EPIMERASE/REDUCTASE FROM ESCHERICHIA COLI A KEY ENZYME IN THE BIOSYNTHESIS OF GDP-L-FUCOSE 提交 1998-09-25 实验环境不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.20 Å
1E6U GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase 提交 2000-08-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 UVW ACETYLPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER 21C
分辨率 1.45 Å R-free 0.170
1E7Q GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase S107A 提交 2000-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
突变：YES NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 UVW ACETYLPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER, 21C
分辨率 1.60 Å R-free 0.182
1E7R GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase Y136E 提交 2000-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
突变：YES NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 UVW ACETYLPHOSPHATE × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER 21C
分辨率 1.60 Å R-free 0.180
1E7S GDP 4-keto-6-deoxy-D-mannose epimerase reductase K140R 提交 2000-09-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
突变：YES NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 UVW ACETYLPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；294 K；1.5 M LITHIUM SULPHATE, PH 6.5 0.1M TRIS BUFFER 21C
分辨率 1.50 Å R-free 0.162
1FXS GDP-FUCOSE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEX WITH NADP 提交 1998-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；4.0 M SODIUM FORMATE, pH 7
分辨率 2.30 Å
1FXS GDP-FUCOSE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEX WITH NADP 提交 1998-09-01 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；4.0 M SODIUM FORMATE, pH 7
分辨率 2.30 Å
1GFS GDP-FUCOSE SYNTHETASE FROM E. COLI 提交 1998-08-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–321（321 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.20 Å R-free 0.214

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCL_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bsv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bsv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bsv
沉积日期 deposition_date1998-08-31
结构标题 titleGDP-FUCOSE SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI COMPLEX WITH NADPH
关键词 keywordsEPIMERASE-REDUCTASE, NADPH, GDP-FUCOSE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.80 Å
零角强度 I(0) i023614800.00
分子量 molecular_weight36192.0 kDa
排除体积 excluded_volume44903 ų
包络体积 envelope_volume52351 ų
水化壳体积 shell_volume22016 ų
包络直径 envelope_diameter68.0 Å
壳层 Rg shell_rg26.50 Å
包络 Rg envelope_rg19.95 Å
形状 Rg shape_rg19.82 Å
总 Rg total_rg20.59 Å
总原子数 total_atoms2546
残基数 n_residues317
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.7 Å
Rg (实空间) rg_real20.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23610000.0000
解质量估计 total_estimate0.8816
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.5 Å
偏度 Skewness skewness0.315
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4954000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.973
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bsva_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bsvA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1bsvA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)