SAXSdb — 1btg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA NERVE GROWTH FACTOR

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 130–239 链 B； UniProt 130–239 链 C； UniProt 130–239	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 130–239	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 130–239 链 C； UniProt 130–239	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 130–239 链 C； UniProt 130–239	突变：BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BTG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BET NEW PROTEIN FOLD REVEALED BY A 2.3 ANGSTROM RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF NERVE GROWTH FACTOR 提交 1993-04-08	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1SGF CRYSTAL STRUCTURE OF 7S NGF: A COMPLEX OF NERVE GROWTH FACTOR WITH FOUR BINDING PROTEINS (SERINE PROTEINASES) 提交 1997-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 122–239（118 aa）链 Y 122–239（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 20MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE (PH6.8) MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF WELL SOLUTION (50MM SODIUM ACETATE PH4.5-5.1, 12-21% PEG 4000, 10 MICROMOLAR ZNSO4) (MCDONALD AND BLUNDELL, 1991, JMB, 219, 595-601)., pH 4.9	分辨率 3.15 Å R-free 0.282
3IJ2 Ligand-receptor structure 提交 2009-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 129–351（223 aa）片段：UNP RESIDUES 129-241 链 B 129–351（223 aa）片段：UNP RESIDUES 129-241	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.75 Å R-free 0.274
4EAX Mouse NGF in complex with Lyso-PS 提交 2012-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	S12 O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M Imidazole, 1.0M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
4EAX Mouse NGF in complex with Lyso-PS 提交 2012-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 122–241（120 aa）链 D 122–241（120 aa）	未记录	S12 O-[(S)-hydroxy{[(2S)-2-hydroxy-3-(octadec-9-enoyloxy)propyl]oxy}phosphoryl]-L-serine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1M Imidazole, 1.0M Sodium Acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
4XPJ Crystal structure of Nerve growth factor in complex with lysophosphatidylinositol 提交 2015-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–241（120 aa）链 B 122–241（120 aa）	未记录	LPY (2R)-2-hydroxy-3-{[(S)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl tridecanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M imidazole, 1.0 M Na acetate	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
5LSD Recombinant mouse Nerve Growth Factor 提交 2016-08-25	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–239（118 aa）链 B 122–239（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nerve Growth Factor, 50 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6FFY Structure of the mouse SorCS2-NGF complex 提交 2018-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 122–238（117 aa）链 C 122–238（117 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；291 K；0.225 M MES/bis-tris pH 6.6 and 6.6 % w/v PEG 6000	分辨率 3.90 Å R-free 0.305

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NGF_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 130–239 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 130–239 作者链 C； PDB构建体 1–110； UniProt 130–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1btg
沉积日期 deposition_date	1995-08-29
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND
关键词 keywords	NERVE, GROWTH FACTOR; GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.87 Å
零角强度 I(0) i0	24146100.00
分子量 molecular_weight	35923.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44233 Å³
包络体积 envelope_volume	59273 Å³
水化壳体积 shell_volume	20494 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.95 Å
包络 Rg envelope_rg	27.16 Å
形状 Rg shape_rg	26.98 Å
总 Rg total_rg	27.01 Å
总原子数 total_atoms	2511
残基数 n_residues	326
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.7 Å
Rg (实空间) rg_real	26.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4150e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2240e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.650
峰度 Kurtosis kurtosis	0.019
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2033000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.503; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA NERVE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	12382.0 kDa
突变 mutation	BIS-DES-OCTA (MISSING RESIDUES 1-8, PROTEOLYTICALLY CLEAVED)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2565

MGEFSVCDSVSVWVGDKTTATDIKGKEVTVLAEVNINNSVFRQYFFETKCRASNPVESGCRGIDSKHWNSYCTTTHTFVKALTTDEKQAAWRFIRIDTACVCVLSRKATR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	54

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1btga_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

结构域编号 domain_id	d1btgb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

结构域编号 domain_id	d1btgc_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.3 — Neurotrophin

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1btgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1btgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	1btgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.800 Å
晶胞边长 b length_b	93.900 Å
晶胞边长 c length_c	58.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	123.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/bt/1btg/1btg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bt/1btg/1btg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bt/1btg/1btg.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF BETA NERVE GROWTH FACTOR AT 2.5 A RESOLUTION IN C2 SPACE GROUP WITH ZN IONS BOUND

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA NERVE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction