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CELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 62.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CELLOBIOHYDROLASE II)

Humicola insolens

UniProt Q9C1S9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 91–450 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN RESIDUES 91-450 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 20 MG/ML IN WATER. CRYSTALLISATION IN 200MM MAGNESIUM ACETATE IN 100MM TRIETHANOLAMINE BUFFER AT PH 7.0. PRECIPITANT WAS 22%. POLYETHYLENE GLYCOL 8000. 分辨率 1.92 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BVW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2BVW CELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS IN COMPLEX WITH GLUCOSE AND CELLOTETRAOSE 提交 1999-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 115–476（362 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
2BVW CELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS IN COMPLEX WITH GLUCOSE AND CELLOTETRAOSE 提交 1999-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 115–476（362 aa） 片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 BGC beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6
分辨率 1.70 Å R-free 0.226
4I5R Crystal structure of a fungal chimeric cellobiohydrolase Cel6A 提交 2012-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 117–161（45 aa）
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.50 Å R-free 0.181
4I5U Crystal structure of a fungal chimeric cellobiohydrolase Cel6A 提交 2012-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 117–161（45 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.22 Å R-free 0.158

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9C1S9_HUMIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–360； UniProt 91–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bvw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bvw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bvw
沉积日期 deposition_date1998-09-19
结构标题 titleCELLOBIOHYDROLASE II (CEL6A) FROM HUMICOLA INSOLENS
关键词 keywordsCELLULOSE DEGRADATION, CELLOBIOHYDROLASE, CELLULASE, GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 6, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.31 Å
零角强度 I(0) i028324500.00
分子量 molecular_weight40340.0 kDa
排除体积 excluded_volume50138 ų
包络体积 envelope_volume55739 ų
水化壳体积 shell_volume23341 ų
包络直径 envelope_diameter64.2 Å
壳层 Rg shell_rg26.52 Å
包络 Rg envelope_rg19.47 Å
形状 Rg shape_rg19.27 Å
总 Rg total_rg20.29 Å
总原子数 total_atoms2850
残基数 n_residues360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.5 Å
Rg (实空间) rg_real20.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28320000.0000
解质量估计 total_estimate0.8962
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7 Å
偏度 Skewness skewness0.050
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6862000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.979
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bvwa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.6 — 7-stranded beta/alpha barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.6.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases
家族 Family familyc.6.1.1 — Glycosyl hydrolases family 6, cellulases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1bvwA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — 1, 4-beta cellobiohydrolase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)