SAXSdb — 1c04

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL2_BACST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–137； UniProt 60–196

RIBOSOMAL PROTEIN L6

物种未注明

UniProt P02391

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL6_BACST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

RIBOSOMAL PROTEIN L11

物种未注明

UniProt P56210

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_BACST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–67； UniProt 63–129

RIBOSOMAL PROTEIN L14

物种未注明

UniProt P04450

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL14_BACST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c04
沉积日期 deposition_date	1999-07-14
结构标题 title	IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI
关键词 keywords	LOW RESOLUTION MODEL, LARGE RIBOSOME UNIT, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1c04__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1c04__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1c04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	58.51 Å
Rg（电子密度）	64.80 Å
总 Rg	64.38 Å
原子数	5570
残基数	572
排除体积	92874 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1c04__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	23S RRNA FRAGMENT
分子量 formula_weight	18725.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	5570

GCCAGGAUGUAGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	23S RRNA FRAGMENT
分子量 formula_weight	9376.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGGUGCUCAGUACGAGAGGAACCGCACCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L2
分子量 formula_weight	14930.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QYRIIDFKRDKDGIPGRVATIEYDPNRSANIALINYADGEKRYIIAPKNLKVGMEIMSGPDADIKIGNALPLENIPVGTLVHNIELKPGRGGQLVRAAGTSAQVLGKEGKYVIVRLASGEVRMILGKCRATVGEVGN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L6
分子量 formula_weight	19202.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRVGKKPIEIPAGVTVTVNGNTVTVKGPKGELTRTFHPDMTITVEGNVITVTRPSDEKHHRALHGTTRSLLANMVEGVSKGYEKALELVGVGYRASKQGKKLVLSVGYSHPVEIEPEEGLEIEVPSQTKIIVKGADKQRVGELAANIRAVRPPEPYKGKGIRYEGELVRLKEGKTGK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L11
分子量 formula_weight	7116.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KTPPAAVLLKKAAGIESGSGEPNRNKVATIKRDKVREIAELKMPDLNAASIEAAMRMIEGTARSMGI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L14
分子量 formula_weight	13369.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MIQQESRLKVADNSGAREVLVIKVLGGSGRRYANIGDVVVATVKDATPGGVVKKGQVVKAVVVRTKRGVRRPDGSYIRFDENACVIIRDDKSPRGTRIFGPVARELRDKDFMKIISLAPEVI

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c04a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

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晶胞边长 a length_a	212.000 Å
晶胞边长 b length_b	301.400 Å
晶胞边长 c length_c	576.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.000 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1c04__assembly_1__model_1

1c04__assembly_1__model_1 | I(q)

1c04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RIBOSOMAL PROTEIN L6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RIBOSOMAL PROTEIN L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RIBOSOMAL PROTEIN L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1c04__assembly_1__model_1

1c04__assembly_1__model_1 | I(q)

1c04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (2)