SAXSdb — 1c04

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 60–196	片段：CENTRAL RNA-BINDING DOMAINS 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RL2 RIBOSOMAL PROTEIN L2 RNA-BINDING DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 60–196（137 aa）	突变：METHIONINES ARE SUBSTITUED BY SELONOMETHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEK20000 IN 0.1M MES PH6, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1RL2 RIBOSOMAL PROTEIN L2 RNA-BINDING DOMAIN FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 60–196（137 aa）	突变：METHIONINES ARE SUBSTITUED BY SELONOMETHIONINE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% PEK20000 IN 0.1M MES PH6, pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 I 61–195（135 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BD 60–196（137 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL2_BACST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–137； UniProt 60–196

RIBOSOMAL PROTEIN L6

物种未注明

UniProt P02391

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–177	未记录	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 J 1–171（171 aa）	突变：B. STEAROTHERMOPHILUS SEQUENCE AND MODEL	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.50 Å
1RL6 RIBOSOMAL PROTEIN L6 提交 1999-01-14	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–177（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.302
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 J 8–171（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BH 1–177（177 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RL6_BACST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

RIBOSOMAL PROTEIN L11

物种未注明

UniProt P56210

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 63–129	片段：C-TERMINAL DOMAIN	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L14 × 1 （P04450）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ACI L11 RIBOSOMAL PROTEIN RNA BINDING DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-02-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–133（75 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, 76 RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K	分辨率未提供
1FOW NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–133（75 aa）片段：CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133	突变：INS(MET1)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K	分辨率未提供
1FOX NMR STRUCTURE OF L11-C76, THE C-TERMINAL DOMAIN OF 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11, 33 STRUCTURES 提交 1996-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–133（75 aa）片段：CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN OF PROTEIN L11, RESIDUES THR 59 TO ASP 133	突变：INS(MET1)	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K	分辨率未提供
1FOY THE RNA BINDING DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE RNA-BOUND FORM OF THE PROTEIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–133（75 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, 75 RESIDUES	突变：F1M	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；320 K	分辨率未提供
1HC8 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 2001-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 58–133（76 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11	未记录	MG MAGNESIUM ION × 10 K POTASSIUM ION × 1 OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1HC8 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 2001-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 58–133（76 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11	未记录	MG MAGNESIUM ION × 11 K POTASSIUM ION × 1 OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1QA6 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 1999-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 63–129（67 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.321
1QA6 CRYSTAL STRUCTURE OF A CONSERVED RIBOSOMAL PROTEIN-RNA COMPLEX 提交 1999-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 63–129（67 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 OS OSMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；310 K；PEG 600, MAGNESIUM ACETATE, COBALT HEXAMINE CHLORIDE, SODIUM CACODYLATE, KCL, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310.00K	分辨率 2.80 Å R-free 0.321
1Y39 Co-evolution of protein and RNA structures within a highly conserved ribosomal domain 提交 2004-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 58–133（76 aa）片段：C-Terminal Domain Of Ribosomal Protein L11	突变：S69N	3CO COBALT (III) ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 10 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；PEG600, Magnesium acetate, glycerol, sodium cacodylate, potasium chlroride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
1Y39 Co-evolution of protein and RNA structures within a highly conserved ribosomal domain 提交 2004-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 58–133（76 aa）片段：C-Terminal Domain Of Ribosomal Protein L11	突变：S69N	3CO COBALT (III) ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；310 K；PEG600, Magnesium acetate, glycerol, sodium cacodylate, potasium chlroride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 310K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
2FOW THE RNA BINDING DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L11: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE RNA-BOUND FORM OF THE PROTEIN, NMR, 26 STRUCTURES 提交 1997-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–133（75 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, 75 RESIDUES	突变：F1M	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；320 K	分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_BACST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–67； UniProt 63–129

RIBOSOMAL PROTEIN L14

物种未注明

UniProt P04450

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 4 RNA 2 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–122	未记录	23S RRNA FRAGMENT × 1 23S RRNA FRAGMENT × 1 RIBOSOMAL PROTEIN L2 × 1 （P04257） RIBOSOMAL PROTEIN L6 × 1 （P02391） RIBOSOMAL PROTEIN L11 × 1 （P56210）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；292 K；PEG 6000, POTASSIUM CHLORIDE, AMMONIUM CHLORIDE, MAGNESIUM CHLORIDE, ACETATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 5.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C04	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WHI RIBOSOMAL PROTEIN L14 提交 1996-01-10	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.255
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 M 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BN 1–122（122 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL14_BACST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c04
沉积日期 deposition_date	1999-07-14
结构标题 title	IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI
关键词 keywords	LOW RESOLUTION MODEL, LARGE RIBOSOME UNIT, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.80 Å
零角强度 I(0) i0	153885000.00
分子量 molecular_weight	81179.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92874 Å³
包络体积 envelope_volume	198120 Å³
水化壳体积 shell_volume	30972 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.3 Å
壳层 Rg shell_rg	52.11 Å
包络 Rg envelope_rg	62.69 Å
形状 Rg shape_rg	64.80 Å
总 Rg total_rg	64.38 Å
总原子数 total_atoms	5570
残基数 n_residues	572
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	119.0 Å
Rg (实空间) rg_real	42.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	153000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5749
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.924
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.2640
最高正则化参数 α highest_alpha	1450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.020; Oscil: 0.972; Stabil: 0.966; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.659; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	23S RRNA FRAGMENT
分子量 formula_weight	18725.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	5570

GCCAGGAUGUAGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	23S RRNA FRAGMENT
分子量 formula_weight	9376.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GGGUGCUCAGUACGAGAGGAACCGCACCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L2
分子量 formula_weight	14930.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

QYRIIDFKRDKDGIPGRVATIEYDPNRSANIALINYADGEKRYIIAPKNLKVGMEIMSGPDADIKIGNALPLENIPVGTLVHNIELKPGRGGQLVRAAGTSAQVLGKEGKYVIVRLASGEVRMILGKCRATVGEVGN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L6
分子量 formula_weight	19202.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRVGKKPIEIPAGVTVTVNGNTVTVKGPKGELTRTFHPDMTITVEGNVITVTRPSDEKHHRALHGTTRSLLANMVEGVSKGYEKALELVGVGYRASKQGKKLVLSVGYSHPVEIEPEEGLEIEVPSQTKIIVKGADKQRVGELAANIRAVRPPEPYKGKGIRYEGELVRLKEGKTGK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L11
分子量 formula_weight	7116.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KTPPAAVLLKKAAGIESGSGEPNRNKVATIKRDKVREIAELKMPDLNAASIEAAMRMIEGTARSMGI

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RIBOSOMAL PROTEIN L14
分子量 formula_weight	13369.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MIQQESRLKVADNSGAREVLVIKVLGGSGRRYANIGDVVVATVKDATPGGVVKKGQVVKAVVVRTKRGVRRPDGSYIRFDENACVIIRDDKSPRGTRIFGPVARELRDKDFMKIISLAPEVI

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1c04a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

结构域编号 domain_id	d1c04d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.2 — Large subunit

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	212.000 Å
晶胞边长 b length_b	301.400 Å
晶胞边长 c length_c	576.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.000 Å
最低分辨率 resolution_low	60.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/c0/1c04/1c04.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c0/1c04/1c04.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c0/1c04/1c04.dat

IDENTIFICATION OF KNOWN PROTEIN AND RNA STRUCTURES IN A 5 A MAP OF THE LARGE RIBOSOMAL SUBUNIT FROM HALOARCULA MARISMORTUI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RIBOSOMAL PROTEIN L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RIBOSOMAL PROTEIN L14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)