SAXSdb — 1c5e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAD DECORATION PROTEIN

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 16–110 链 B； UniProt 16–110 链 C； UniProt 16–110	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；28% PEG 4000, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 10 % GLYCEROL	分辨率 1.10 Å R-free 0.133

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C5E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 B 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 C 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
1TCZ Crystal structure of a truncated version of the phage lamda protein gpD 提交 2004-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 E 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation 链 F 16–110（95 aa）片段：N-terminal truncation	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；Tris-HCl, PEG 4000, Mg acetate, glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
1VD0 Capsid stabilizing protein GPD, NMR, 20 Structures 提交 2004-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–110（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.3mm 15N labelled GPD, 20mm sodium phosphate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.3mm GPD, 50mm sodium phosphate \| 100% D2O	分辨率未提供
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
5MFD Designed armadillo repeat protein YIIIM''6AII in complex with pD_(KR)5 提交 2016-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 21–110（90 aa）片段：UNP residues 21-110	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；28.0%v/v PEG 400, 0.2M Calcium chloride, 0.1M Na HEPES pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 840 PDB 声明：840-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：70-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 84 PDB 声明：84-meric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VII cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 5.6 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 5.60 Å
7VIK Asymmetric unit of cryoEM structure of bacteriophage lambda capsid at 3.76 Angstrom 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 1–110（110 aa）链 I 1–110（110 aa）链 J 1–110（110 aa）链 K 1–110（110 aa）链 L 1–110（110 aa）链 M 1–110（110 aa）链 N 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.76 Å
8XQB Mature virion portal vertex of bacteriophage lambda 提交 2024-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：71-meric	链 H0 1–110（110 aa）链 H1 1–110（110 aa）链 H2 1–110（110 aa）链 H3 1–110（110 aa）链 H4 1–110（110 aa）链 I0 1–110（110 aa）链 I1 1–110（110 aa）链 I2 1–110（110 aa）链 I3 1–110（110 aa）链 I4 1–110（110 aa）链 J0 1–110（110 aa）链 J1 1–110（110 aa）链 J2 1–110（110 aa）链 J3 1–110（110 aa）链 J4 1–110（110 aa）链 N0 1–110（110 aa）链 N1 1–110（110 aa）链 N2 1–110（110 aa）链 N3 1–110（110 aa）链 N4 1–110（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.07 Å

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VCAD_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 B； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110 作者链 C； PDB构建体 1–95； UniProt 16–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c5e
沉积日期 deposition_date	1999-11-18
结构标题 title	BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D
关键词 keywords	BACTERIOPHAGE LAMBDA, HEAD PROTEIN D, PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE, VIRUS ASSEMBLY, PHAGE DISPLAY, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.41 Å
零角强度 I(0) i0	15542500.00
分子量 molecular_weight	29641.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37080 Å³
包络体积 envelope_volume	42846 Å³
水化壳体积 shell_volume	19279 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.92 Å
包络 Rg envelope_rg	18.53 Å
形状 Rg shape_rg	18.37 Å
总 Rg total_rg	19.48 Å
总原子数 total_atoms	2085
残基数 n_residues	285
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6424
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.157
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4822000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.226; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEAD DECORATION PROTEIN
分子量 formula_weight	9830.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2409

SDPAHTATAPGGLSAKAPAMTPLMLDTSSRKLVAWDGTTDGAAVGILAVAADQTSTTLTFYKSGTFRYEDVLWPEAASDETKKRTAFAGTAISIV

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1c5ea_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family family	b.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)

结构域编号 domain_id	d1c5eb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family family	b.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)

结构域编号 domain_id	d1c5ec_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.85 — beta-clip
超家族 Superfamily superfamily	b.85.2 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)
家族 Family family	b.85.2.1 — Head decoration protein D (gpD, major capsid protein D)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1c5eA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Head decoration protein D

结构域编号 domain_id	1c5eB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Head decoration protein D

结构域编号 domain_id	1c5eC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	300 — Virus Head Decoration Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Head decoration protein D

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.580 Å
晶胞边长 b length_b	69.070 Å
晶胞边长 c length_c	45.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.0986
R_work r_work	—
R_free r_free	0.1328

fit	/app/data/saxs_computation/c5/1c5e/1c5e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c5/1c5e/1c5e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c5/1c5e/1c5e.dat

BACTERIOPHAGE LAMBDA HEAD PROTEIN D

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAD DECORATION PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction