SAXSdb — 1c77

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STAPHYLOKINASE

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–163 链 B； UniProt 28–163	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 1000, pH 8.5, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C77	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C76 STAPHYLOKINASE (SAK) MONOMER 提交 2000-02-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–163（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 8000, pH 8.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.273
1C78 STAPHYLOKINASE (SAK) DIMER 提交 2000-02-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–163（136 aa）链 B 28–163（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 1000, pH 8.5, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1C79 STAPHYLOKINASE (SAK) DIMER 提交 2000-02-01	当前字段一致	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–163（136 aa）链 B 28–163（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 1000, pH 8.5, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
1SSN STAPHYLOKINASE, SAKSTAR VARIANT, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–163（136 aa）	突变：SAKSTAR VARIANT	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K NMR样品组成 WATER	分辨率未提供
2SAK STAPHYLOKINASE (SAKSTAR VARIANT) 提交 1997-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–163（121 aa）	突变：SAKSTAR VARIANT	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2M MGCL2, O.1M TRIS BUFFER PH 8.5 AND 30 % PEG 4K, USING MICROSEEDING TECHNIQUES.	分辨率 1.80 Å R-free 0.237

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAK_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 28–163 作者链 B； PDB构建体 1–136； UniProt 28–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c77
沉积日期 deposition_date	2000-02-01
结构标题 title	STAPHYLOKINASE (SAK) DIMER
关键词 keywords	BETA-GRASP FAMILY, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.82 Å
零角强度 I(0) i0	13579300.00
分子量 molecular_weight	29421.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37653 Å³
包络体积 envelope_volume	48443 Å³
水化壳体积 shell_volume	18903 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.17 Å
包络 Rg envelope_rg	24.08 Å
形状 Rg shape_rg	23.80 Å
总 Rg total_rg	24.56 Å
总原子数 total_atoms	2084
残基数 n_residues	258
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7941
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.654
峰度 Kurtosis kurtosis	0.029
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3537000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.593; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.543; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1c77a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family family	d.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase

结构域编号 domain_id	d1c77b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.5 — Staphylokinase/streptokinase
家族 Family family	d.15.5.1 — Staphylokinase/streptokinase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c77A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

结构域编号 domain_id	1c77B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	130 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.870 Å
晶胞边长 b length_b	59.260 Å
晶胞边长 c length_c	102.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2670

描述 description	STAPHYLOKINASE
分子量 formula_weight	15487.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.29
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2084

STAPHYLOKINASE (SAK) DIMER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

STAPHYLOKINASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c77/1c77.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c77/1c77.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c77/1c77.dat