1c7e

D95E HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FLAVODOXIN

Desulfovibrio vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–148	突变：D95E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；70-73% A.S., 210MM TRIS-HCL, 200MM SODIUM ACETATE PH=8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.297
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–148	突变：D95E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；70-73% A.S., 210MM TRIS-HCL, 200MM SODIUM ACETATE PH=8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C7E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AKQ D95A OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-03-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60-70% A.S., 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
1AKR G61A OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.58 Å
1AKT G61N OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.80 Å
1AKU D95A HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	SO4 SULFATE ION × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 1.90 Å R-free 0.270
1AKV D95A SEMIQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 1997-05-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：D95A	SO4 SULFATE ION × 4 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1AKW G61L OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT 提交 1997-05-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61L	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, pH 7.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.194
1AZL G61V FLAVODOXIN MUTANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS 提交 1997-11-18	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：G61V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 macroseeding；pH 7；PROTEIN SEED CRYSTALS WERE OBTAINED FROM 60-70% AMMONIUM SULFATE, 10MM TRIS PH 7.0, 1-2% ACETONE. MACROSEEDS WERE TRANSFERRED TO THE ABOVE SOLUTION WITH NO ACETONE PRESENT., macroseeding	分辨率 1.80 Å
1BU5 X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DESULFOVIBRIO VULGARIS (HILDENBOROUGH) APOFLAVODOXIN-RIBOFLAVIN COMPLEX 提交 1998-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链未唯一映射参考区间未声明链 A 2–148（147 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 RBF RIBOFLAVIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；CRYSTALS WERE GROWN USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION FROM TRIALS WITH AMMONIUM SULPHATE IN THE CONCENTRATION RANGE 60-80% SATURATION IN 50MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH 8.0 CONTAINING 1MM EDTA WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10-15MG/ML. CRYSTALS APPEAR OVER 1-3 DAYS., pH 7.0	分辨率 1.83 Å R-free 0.202
1C7F D95E OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：YES	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；70-70% A.S. 210MM TRIS-HCL PH=6.5, 200MM SODIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1C7F D95E OXIDIZED FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS 提交 2000-02-11	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–148（147 aa）	突变：YES	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；70-70% A.S. 210MM TRIS-HCL PH=6.5, 200MM SODIUM ACETATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1F4P Y98W FLAVODOXIN MUTANT 1.5A (D. VULGARIS) 提交 2000-06-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；292 K；Ammonium Sulfate, Tris Buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.K	分辨率 1.30 Å R-free 0.169
1FX1 A CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURAL STUDY OF THE OXIDATION STATES OF DESULFOVIBRIO VULGARIS FLAVODOXIN 提交 1984-10-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1I1O ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE FLAVODOXIN D. VULGARIS MUTANT Y98H AT 2.0 ANG. RESOLUTION 提交 2001-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）片段：MAIN CHAIN	突变：Y98H	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；3.2 M Ammonium Sulfate, Tris.buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å
1J8Q Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris Wild-type at 1.35 Angstrom Resolution 提交 2001-05-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Ammonium Sulphate, Tris HCl Buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
1J9E Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris S35C Mutant at 1.44 Angstrom Resolution 提交 2001-05-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S35C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；Ammonium sulphate, tris-HCl buffer, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.44 Å R-free 0.156
1J9G Low Temperature (100K) Crystal Structure of Flavodoxin D. vulgaris S64C Mutant, monomer oxidised, at 2.4 Angstrom Resolution 提交 2001-05-25	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Ammonium Sulphate, Tris HCl Buffer, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
1WSB Flavodoxin mutant- S64C 提交 2004-11-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.249
1WSW Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, dimer, semiquinone state 提交 2004-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.69 Å R-free 0.245
1XT6 S35C Flavodoxin Mutant in the semiquinone state 提交 2004-10-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：S35C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 sitting drop, vapor diffusion；pH 7；298 K；3.2M ammonium sulfate, pH 7, sitting drop, vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.261
1XYV Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, monomer, semiquinone state 提交 2004-11-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.79 Å R-free 0.237
1XYY Low Temperature (100K) Crystal Structure Of Flavodoxin Mutant S64C, homodimer, oxidised state 提交 2004-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	突变：S64C	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Ammonium Sulphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.253
2FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
3FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
4FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
5FX2 COMPARISON OF THE CRYSTAL STRUCTURES OF A FLAVODOXIN IN ITS THREE OXIDATION STATES AT CRYOGENIC TEMPERATURES 提交 1991-10-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
5TGZ Crystal Structure of the Human Cannabinoid Receptor CB1 提交 2016-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 99-306,UNP RESIDUES 2-148,UNP RESIDUES 332-414	突变：T210A, E273K, T283V,P1002A, Y1098W,R340E	ZDG 4-[4-[2-(2,4-dichlorophenyl)-4-methyl-5-(piperidin-1-ylcarbamoyl)pyrazol-3-yl]phenyl]but-3-ynyl nitrate × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 OLA OLEIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.1M HEPES pH 7.0-7.4, 100mM (NH4)2HPO4, 25%-32% PEG 400, 2-20 mM Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dehydrate (EDTA)	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
5V56 2.9A XFEL structure of the multi-domain human smoothened receptor (with E194M mutation) in complex with TC114 提交 2017-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558 链 B 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 53-433,444-558	突变：E194E, P2A, Y98W 突变：E194E, P2A, Y98W	836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG400, 50-200 mM Ammonium nitrate	分辨率 2.90 Å R-free 0.239
5V57 3.0A SYN structure of the multi-domain human smoothened receptor in complex with TC114 提交 2017-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558 链 B 2–148（147 aa）片段：UNP RESIDUES 58-433,444-558	突变：P2A, Y98W 突变：P2A, Y98W	836 N-methyl-N-[1-[4-(2-methylpyrazol-3-yl)phthalazin-1-yl]piperidin-4-yl]-4-nitro-2-(trifluoromethyl)benzamide × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.0, 36% (v/v) PEG 400, 50-200 mM Ammonium nitrate	分辨率 3.00 Å R-free 0.240
5XR8 Crystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM841 提交 2017-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）片段：;UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414,UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414,UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414 ;	突变：T210A,E273K,T283V,Y1098W,R340E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8D0 (6~{a}~{R},9~{R},10~{a}~{R})-9-(hydroxymethyl)-3-(8-isothiocyanato-2-methyl-octan-2-yl)-6,6-dimethyl-6~{a},7,8,9,10,10~{a}-hexahydrobenzo[c]chromen-1-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.2；293 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.2, 120 mM C6H5Na3O7, 30% PEG400 and 100 mM Glycine	分辨率 2.95 Å R-free 0.274
5XRA Crystal structure of the human CB1 in complex with agonist AM11542 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）片段：UNP residues 99-306,UNP residues 3-148,UNP residues 332-414	突变：T210A, E273K, T283V,Y1098W,R340E	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 8D3 (6aR,10aR)-3-(8-bromanyl-2-methyl-octan-2-yl)-6,6,9-trimethyl-6a,7,10,10a-tetrahydrobenzo[c]chromen-1-ol × 1 OLA OLEIC ACID × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.4, 300-350 mM C4H4KNaO6, 30% PEG400	分辨率 2.80 Å R-free 0.252
5YOB Crystal Structure of flavodoxin without engineered disulfide bond 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfate 3.2M	分辨率 1.14 Å R-free 0.177
5YOC Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond C102-R125C 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：R125C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfa 3.1M	分辨率 1.50 Å R-free 0.192
5YOE Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond A43C-L74C 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A43C, L74C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris-HCL 0.1M Ammonium Sulfate 3.2M	分辨率 1.35 Å R-free 0.181
5YOG Crystal Structure of flavodoxin with engineered disulfide bond N14C-C93 提交 2017-10-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：N14C, Y98W	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；Tris-HCL buffer, pH 7.3 Ammonium Sulfate 3.1M	分辨率 1.42 Å R-free 0.180
5ZKP Crystal structure of the human platelet-activating factor receptor in complex with SR 27417 提交 2018-03-25	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	突变：F116Y, N169D,P2A, Y98W,A230D, V234A, D289N	9ER N1,N1-dimethyl-N2-[(pyridin-3-yl)methyl]-N2-{4-[2,4,6-tri(propan-2-yl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}ethane-1,2-diamine × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；HEPES, PEG 400, NaSCN, Na citrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.259
6LI0 Crystal structure of GPR52 in complex with agonist c17 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A130W,Y1098W,A264L,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	EN6 N-(2-hydroxyethyl)-5-(hydroxymethyl)-3-methyl-1-[2-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-1-benzothiophen-7-yl]pyrazole-4-carboxamide × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.13-0.18 M sodium acetate, 0.1 M sodium citrate PH5.0, 32-35% PEG400	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6LI1 Crystal structure of GPR52 ligand free form with flavodoxin fusion 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：A130W,Y1098W,W278Q,C314P,S318A,N321D,V323T	OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5；293 K；0.1 M potassium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, and 30% PEG400	分辨率 2.90 Å R-free 0.267
7DDZ The Crystal Structure of Human Neuropeptide Y Y2 Receptor with JNJ-31020028 提交 2020-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	未记录	H46 ~{N}-[4-[4-[(1~{S})-2-(diethylamino)-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]piperazin-1-yl]-3-fluoranyl-phenyl]-2-pyridin-3-yl-benzamide × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 250-350 mM (NH4)2SO4, and 20-30% PEG500DME, or 0.1 M MES, pH 6.0-6.5, 380-420 mM NH4 tartrate, and 24-26% PEG500DME	分辨率 2.80 Å R-free 0.289
7K15 Crystal structure of the Human Leukotriene B4 Receptor 1 in Complex with Selective Antagonist MK-D-046 提交 2020-09-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–148（147 aa）	未记录	VRJ N-(tert-butylsulfonyl)-4-fluoro-2-{(3S,4R)-4-hydroxy-3-[(pyridin-2-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-7-yl}benzamide × 1 NA SODIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 OLA OLEIC ACID × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.8；293 K；sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.8, sodium acetate trihydrate, benzamidine hydrochloride, PEG-400, MK-D-046, DMSO	分辨率 2.88 Å R-free 0.261
7V3Z Structure of cannabinoid receptor type 1(CB1) 提交 2021-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–148（146 aa）	突变：H154L,T210A,E273K,T283V,Y1098W,R340E	9GF 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.2；293.15 K；30% PEG400, 100 mM HEPES sodium pH 7.2, 80-100mM sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 3.29 Å R-free 0.276

共 39 个其他 PDB 条目、40 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLAV_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–147； UniProt 2–148 作者链 B； PDB构建体 1–147； UniProt 2–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c7e
沉积日期 deposition_date	2000-02-16
结构标题 title	D95E HYDROQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, ELECTRON TRANSFER, FLAVOPROTEIN, FMN, FLAVODOXIN, MUTANT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.70 Å
零角强度 I(0) i0	19074600.00
分子量 molecular_weight	32287.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39588 Å³
包络体积 envelope_volume	49329 Å³
水化壳体积 shell_volume	15902 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.09 Å
包络 Rg envelope_rg	26.11 Å
形状 Rg shape_rg	26.70 Å
总 Rg total_rg	27.35 Å
总原子数 total_atoms	2272
残基数 n_residues	294
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19070000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7588
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.356
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.857
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2655000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.497; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.534; Smooth: 0.834

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FLAVODOXIN
分子量 formula_weight	15718.2 kDa
突变 mutation	D95E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2350

PKALIVYGSTTGNTEYTAETIARELADAGYEVDSRDAASVEAGGLFEGFDLVLLGCSTWGDDSIELQDDFIPLFDSLEETGAQGRKVACFGCGESSYEYFCGAVDAIEEKLKNLGAEIVQDGLRIDGDPRAARDDIVGWAHDVRGAI

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	881
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1c7ea_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.1 — Flavodoxin-related

结构域编号 domain_id	d1c7eb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.23.5 — Flavoproteins
家族 Family family	c.23.5.1 — Flavodoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1c7eA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

结构域编号 domain_id	1c7eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — Flavodoxin domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	93.041 Å
晶胞边长 b length_b	61.508 Å
晶胞边长 c length_c	75.559 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	19.760 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2273
R_free r_free	0.2970

fit	/app/data/saxs_computation/c7/1c7e/1c7e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c7/1c7e/1c7e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c7/1c7e/1c7e.dat