SAXSdb — 1cd3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 60 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 60 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 60 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 5 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 5 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 5 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 6 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 6 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 6 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric（280）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–151 链 2； UniProt 1–151 链 3； UniProt 1–151 链 4； UniProt 1–151	未记录	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 40 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 40 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 40 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric	链 1 1–151（151 aa）链 2 1–151（151 aa）链 3 1–151（151 aa）链 4 1–151（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGD_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–152； UniProt 1–151 作者链 2； PDB构建体 1–152； UniProt 1–151 作者链 3； PDB构建体 1–152； UniProt 1–151 作者链 4； PDB构建体 1–152； UniProt 1–151

PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF)

物种未注明

UniProt P03641

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 240 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 60 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 60 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 20 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 5 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 5 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 24 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 6 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 6 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric（280）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–426	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 160 （P69486） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 40 （P03643） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 40 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric	链 F 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-MERIC	链 A 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 27.00 Å
1KVP STRUCTURAL ANALYSIS OF THE SPIROPLASMA VIRUS, SPV4, IMPLICATIONS FOR EVOLUTIONARY VARIATION TO OBTAIN HOST DIVERSITY AMONG THE MICROVIRIDAE, ELECTRON MICROSCOPY, ALPHA CARBONS ONLY 提交 1997-12-12	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9.2；50 mM Sodium tetraborate cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 27.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 1 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 1 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 1 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 1 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 1 1–426（426 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGF_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–426； UniProt 1–426

PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG)

物种未注明

UniProt P03643

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 240 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 60 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 60 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 20 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 5 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 5 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 24 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 6 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 6 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 1 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric（280）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–175	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 160 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 40 （P03641） PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB) × 40 （P03633）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric	链 G 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：240-MERIC	链 2 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 2 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：eicosameric	链 2 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：24-meric	链 2 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2BPA ATOMIC STRUCTURE OF SINGLE-STRANDED DNA BACTERIOPHAGE PHIX174 AND ITS FUNCTIONAL IMPLICATIONS 提交 1991-12-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 2 1–175（175 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGG_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–175； UniProt 1–175

PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB)

物种未注明

UniProt P03633

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC（420）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 240 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 60 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 60 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric（35）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 20 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 5 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 5 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric（42）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 24 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 6 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 6 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 4 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 1 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 1 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric（280）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–120	未记录	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD) × 160 （P69486） PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF) × 40 （P03641） PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG) × 40 （P03643）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CD3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å
1AL0 PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174 提交 1997-06-06	实验环境不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 280 PDB 声明：280-meric	链 B 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；PROCAPSIDS WERE CRYSTALLIZED BY VAPOUR DIFFUSION FROM 43-37% (OF SATURATION) AMMONIUM SULFATE, 100MM MES PH6.0, vapor diffusion	分辨率 3.50 Å

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGB_BPPHX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cd3
沉积日期 deposition_date	1999-03-05
结构标题 title	PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174
关键词 keywords	COMPLEX (VIRUS CAPSID PROTEINS), BACTERIOPHAGE, PROCAPSID, SCAFFOLDING PROTEIN, CHAPERONE, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.09 Å
零角强度 I(0) i0	292532000.00
分子量 molecular_weight	138320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173230 Å³
包络体积 envelope_volume	235970 Å³
水化壳体积 shell_volume	54525 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.5 Å
壳层 Rg shell_rg	42.59 Å
包络 Rg envelope_rg	35.10 Å
形状 Rg shape_rg	35.06 Å
总 Rg total_rg	35.73 Å
总原子数 total_atoms	9755
残基数 n_residues	1233
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	292600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9060
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.078
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.910

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD)
分子量 formula_weight	16953.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4
原子数 atom_count	9851

MSQVTEQSVRFQTALASIKLIQASAVLDLTEDDFDFLTSNKVWIATDRSRARRCVEACVYGTLDFVGYPRFPAPVEFIAAVIAYYVHPVNIQTACLIMEGAEFTENIINGVERPVKAAELFAFTLRVRAGNTDVLTDAEENVRQKLRAEGVM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF)
分子量 formula_weight	48407.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

SNIQTGAERMPHDLSHLGFLAGQIGRLITISTTPVIAGDSFEMDAVGALRLSPLRRGLAIDSTVDIFTFYVPHRHVYGEQWIKFMKDGVNATPLPTVNTTGYIDHAAFLGTINPDTNKIPKHLFQGYLNIYNNYFKAPWMPDRTEANPNELNQDDARFGFRCCHLKNIWTAPLPPETELSRQMTTSTTSIDIMGLQAAYANLHTDQERDYFMQRYRDVISSFGGKTSYDADNRPLLVMRSNLWASGYDVDGTDQTSLGQFSGRVQQTYKHSVPRFFVPEHGTMFTLALVRFPPTATKEIQYLNAKGALTYTDIAGDPVLYGNLPPREISMKDVFRSGDSSKKFKIAEGQWYRYAPSYVSPAYHLLEGFPFIQEPPSGDLQERVLIRHHDYDQCFQSVQLLQWNSQVKFNVTVYRNLPTTRDSIMTS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG)
分子量 formula_weight	19061.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFQTFISRHNSNFFSDKLVLTSVTPASSAPVLQTPKATSSTLYFDSLTVNAGNGGFLHCIQMDTSVNAANQVVSVGADIAFDADPKFFACLVRFESSSVPTTLPTAYDVYPLNGRHDGGYYTVKDCVTIDVLPRTPGNNVYVGFMVWSNFTATKCRGLVSLNQVIKEIICLQPLK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB)
分子量 formula_weight	13863.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEQLTKNQAVATSQEAVQNQNEPQLRDENAHNDKSVHGVLNPTYQAGLRRDAVQPDIEAERKKRDEIEAGKSYCSRRFGGATCDDKSAQIYARFDKNDWRIQPAEFYRFHDAEVNTFGYF

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1cd31_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1cd32_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1cd33_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1cd34_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.84 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
超家族 Superfamily superfamily	a.84.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid
家族 Family family	a.84.1.1 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	d1cd3f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1cd3g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.1 — Microviridae-like VP

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1cd3100
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1cd3200
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1cd3300
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1cd3400
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1850 — Procapsid Of Bacteriophage Phix174, Chain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffold protein D

结构域编号 domain_id	1cd3B00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1260 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Scaffolding protein gpD of bacteriophage procapsid

结构域编号 domain_id	1cd3F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	169 — Bacteriophage G4 Capsid Proteins Gpf, Gpg, Gpj, subunit 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Microviridae F protein

结构域编号 domain_id	1cd3G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

8. 引用文献 (7)

The role of scaffolding proteins in the assembly of the small, single-stranded DNA virus phiX174.

J.Mol.Biol. (1999)

PMID: 10329166 · DOI: 10.1006/jmbi.1999.2699 PRIMARY

Structure of a viral procapsid with molecular scaffolding.

Nature (1997)

PMID: 9305849 · DOI: 10.1038/38537

DNA packaging intermediates of bacteriophage phi X174.

Structure (1995)

PMID: 7613866 · DOI: 10.1016/s0969-2126(01)00167-8

Analysis of the single-stranded DNA bacteriophage phi X174, refined at a resolution of 3.0 A.

J.Mol.Biol. (1994)

PMID: 8158636 · DOI: 10.1006/jmbi.1994.1253

Atomic structure of single-stranded DNA bacteriophage phi X174 and its functional implications.

Nature (1992)

PMID: 1370343 · DOI: 10.1038/355137a0

The Bacteriophages

The Bacteriophages (The Viruses) (1988)

Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA.

Nature (1977)

PMID: 870828 · DOI: 10.1038/265687a0

▶

晶胞边长 a length_a	774.000 Å
晶胞边长 b length_b	774.000 Å
晶胞边长 c length_c	774.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2750
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cd/1cd3/1cd3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cd/1cd3/1cd3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cd/1cd3/1cd3.dat

PROCAPSID OF BACTERIOPHAGE PHIX174

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPD)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (CAPSID PROTEIN GPF)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (SPIKE PROTEIN GPG)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (SCAFFOLDING PROTEIN GPB)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

8. 引用文献 (7)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)