SAXSdb — 1cde

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 5-DEAZAFOLIC ACID × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 5-DEAZAFOLIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 5-DEAZAFOLIC ACID × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE × 1 5-DEAZAFOLIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUR3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 C； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 D； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cde
沉积日期 deposition_date	1992-05-15
结构标题 title	STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE
关键词 keywords	TRANSFERASE(FORMYL); TRANSFERASE(FORMYL)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1cde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1cde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1cde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.93 Å
Rg（电子密度）	16.64 Å
总 Rg	17.58 Å
原子数	1667
残基数	209
排除体积	29388 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1cde__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1cde__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1cde__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1cde__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE
分子量 formula_weight	23266.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6668

MNIVVLISGNGSNLQAIIDACKTNKIKGTVRAVFSNKADAFGLERARQAGIATHTLIASAFDSREAYDRELIHEIDMYAPDVVVLAGFMRILSPAFVSHYAGRLLNIHPSLLPKYPGLHTHRQALENGDEEHGTSVHFVTDELDGGPVILQAKVPVFAGDSEDDITARVQTQEHAIYPLVISWFADGRLKMHENAAWLDGQRLPPQGYAADE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	284.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5-DEAZAFOLIC ACID
分子量 formula_weight	440.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cdea_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	c.65.1 — Formyltransferase
家族 Family family	c.65.1.1 — Formyltransferase

结构域编号 domain_id	d1cdeb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	c.65.1 — Formyltransferase
家族 Family family	c.65.1.1 — Formyltransferase

结构域编号 domain_id	d1cdec_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	c.65.1 — Formyltransferase
家族 Family family	c.65.1.1 — Formyltransferase

结构域编号 domain_id	d1cded_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.65 — Formyltransferase
超家族 Superfamily superfamily	c.65.1 — Formyltransferase
家族 Family family	c.65.1.1 — Formyltransferase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cdeA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Formyl transferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1cdeB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Formyl transferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1cdeC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Formyl transferase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1cdeD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Formyl transferase, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	76.700 Å
晶胞边长 b length_b	72.600 Å
晶胞边长 c length_c	57.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.50 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	62.60 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	—

STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cde__assembly_1__model_1

1cde__assembly_1__model_1 | I(q)

1cde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)

STRUCTURES OF APO AND COMPLEXED ESCHERICHIA COLI GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE TRANSFORMYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHORIBOSYL-GLYCINAMIDE FORMYLTRANSFERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1cde__assembly_1__model_1

1cde__assembly_1__model_1 | I(q)

1cde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (3)