1chw

CHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA COMPLEXED WITH HEXANOYL-COA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CHALCONE SYNTHASE)

Medicago sativa

UniProt P30074

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–389 链 B; UniProt 1–389 突变:C164S HXC HEXANOYL-COENZYME A × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;THE CRYSTALS WERE OBTAINED OVERNIGHT AT 4 C HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE DROPLET CONSISTED ON 25 MGR/ML (FINAL CONCENTRATION) PROTEIN MIXED WITH THE RESERVOIR WHICH CONTAINED 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM PIPES BUFFER (PH 6.5), IN THE PRESENCE (UP TO 5 MM) OR ABSENCE OF DTT REDUCING AGENT. CRYSTALS WERE STABILIZED IN 40% (V/V) PEG400, 100 MM PIPES AND 20 MM HEXANOYL-COA PRIOR TO FREEZING AT 105 K. 分辨率 1.90 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHS2_MEDSA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389 作者链 B; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1chw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1chw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1chw
沉积日期 deposition_date1999-03-30
结构标题 titleCHALCONE SYNTHASE FROM ALFALFA COMPLEXED WITH HEXANOYL-COA
关键词 keywordsPOLYKETIDE SYNTHASE, CHALCONE BIOSYNTHESIS, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.21
零角强度 I(0) i0115132000.00
分子量 molecular_weight87104.0 kDa
排除体积 excluded_volume109440 ų
包络体积 envelope_volume137660 ų
水化壳体积 shell_volume33347 ų
包络直径 envelope_diameter122.0
壳层 Rg shell_rg40.03
包络 Rg envelope_rg35.86
形状 Rg shape_rg36.19
总 Rg total_rg36.54
总原子数 total_atoms6100
残基数 n_residues778
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.3
Rg (实空间) rg_real36.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real1.1510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7931
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.776
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26700000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.662; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.545; Smooth: 0.777

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1chwa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.2 — Chalcone synthase-like
结构域编号 domain_idd1chwa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.2 — Chalcone synthase-like
结构域编号 domain_idd1chwb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.2 — Chalcone synthase-like
结构域编号 domain_idd1chwb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.95 — Thiolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.95.1 — Thiolase-like
家族 Family familyc.95.1.2 — Chalcone synthase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1chwA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id1chwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id1chwB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase
结构域编号 domain_id1chwB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology47 — Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Thiolase/Chalcone synthase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)