SAXSdb — 1cka

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-CRK N-TERMINAL SH3 DOMAIN

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 134–190	未记录	C3G PEPTIDE (PRO-PRO-PRO-ALA-LEU-PRO-PRO-LYS-LYS-ARG) × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CKA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B07 CRK SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH PEPTOID INHIBITOR 提交 1998-11-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–190（57 aa）片段：SH3 DOMAIN	未记录	PYJ PHENYLETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；29% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, PH 6.0, pH 6.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.354
1CKB STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFIC INTERACTION OF LYSINE-CONTAINING PROLINE-RICH PEPTIDES WITH THE N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF C-CRK 提交 1995-01-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–190（57 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1JU5 Ternary complex of an Crk SH2 domain, Crk-derived phophopeptide, and Abl SH3 domain by NMR spectroscopy 提交 2001-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 217–228（12 aa）片段：Crk phosphopeptide	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 ambient NMR样品组成 0.6-1.5mM Crk SH2 domain U-15N, 13C; 50mM sodium phosphate pH6.8, 0.02% sodium azide \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1M30 Solution structure of N-terminal SH3 domain from oncogene protein c-Crk 提交 2002-06-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–191（58 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN (residues 134-191)	突变：R191G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM SH3 NA, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM SH3 U-15N, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1M3A Solution structure of a circular form of the truncated N-terminal SH3 domain from oncogene protein c-Crk. 提交 2002-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–191（57 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN (residues 135-191)	突变：R191G, E135C, deleted A134	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM SH3 NA, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM SH3 U-15N, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1M3B Solution structure of a circular form of the N-terminal SH3 domain (A134C, E135G, R191G mutant) from oncogene protein c-Crk. 提交 2002-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–191（58 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN (residues 134-191)	突变：R191G, E135G, A134C	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM SH3 NA, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM SH3 U-15N, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1M3C Solution structure of a circular form of the N-terminal SH3 domain (E132C, E133G, R191G mutant) from oncogene protein c-Crk 提交 2002-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–191（60 aa）片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN (residues 132-191)	突变：R191G, added G133, C132	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM SH3 NA, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM SH3 U-15N, 20mM sodium phosphate, 20 mM DTT-d10, 100 mM NaCl, 0.1% (w/v) NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2GGR Solution structure of the C-terminal SH3 domain of c-CrkII 提交 2006-03-24	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–304（75 aa）片段：C-terminal Domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM cSH3 domain U-15N,13C; 10mM phosphate buffer pH7.2; 50mM NaCl; 5mM DTT-d10; 0.1% NaN3; 1mM EDTA; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5IH2 Structure, thermodynamics, and the role of conformational dynamics in the interactions between the N-terminal SH3 domain of CrkII and proline-rich motifs in cAbl 提交 2016-02-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–191（58 aa）片段：UNP residues 134-191	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
5IH2 Structure, thermodynamics, and the role of conformational dynamics in the interactions between the N-terminal SH3 domain of CrkII and proline-rich motifs in cAbl 提交 2016-02-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–191（58 aa）片段：UNP residues 134-191	未记录	NA SODIUM ION × 1 P4G 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
5JN0 CRK-II SH2 domain 提交 2016-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 6–121（116 aa）片段：UNP residues 6-121	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；100 mM MES pH 6.5, 12% PEG 20,000	分辨率 1.68 Å R-free 0.210
5L23 Crystal structure of the complex between the N-terminal SH3 domain of CrkII and a proline-rich ligand 提交 2016-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–191（58 aa）片段：UNP residues 134-191	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286 K；Lithium sulfate monohydrate, PEG 3350	分辨率 1.77 Å R-free 0.210

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRK_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–57； UniProt 134–190

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cka
沉积日期 deposition_date	1995-01-24
结构标题 title	STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFIC INTERACTION OF LYSINE-CONTAINING PROLINE-RICH PEPTIDES WITH THE N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF C-CRK
关键词 keywords	COMPLEX (ONCOGENE PROTEIN-PEPTIDE), COMPLEX (ONCOGENE PROTEIN-PEPTIDE) complex; COMPLEX (ONCOGENE PROTEIN/PEPTIDE)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.86 Å
零角强度 I(0) i0	1277990.00
分子量 molecular_weight	7681.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9693 Å³
包络体积 envelope_volume	10522 Å³
水化壳体积 shell_volume	8380 Å³
包络直径 envelope_diameter	35.7 Å
壳层 Rg shell_rg	16.36 Å
包络 Rg envelope_rg	11.23 Å
形状 Rg shape_rg	10.83 Å
总 Rg total_rg	12.45 Å
总原子数 total_atoms	659
残基数 n_residues	66
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.0 Å
Rg (实空间) rg_real	12.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2780e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2760e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1278000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.089
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.334
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	401800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-CRK N-TERMINAL SH3 DOMAIN
分子量 formula_weight	6814.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1016

AEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKY

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C3G PEPTIDE (PRO-PRO-PRO-ALA-LEU-PRO-PRO-LYS-LYS-ARG)
分子量 formula_weight	1103.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PPPALPPKKR

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ckaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ckaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.200 Å
晶胞边长 b length_b	47.200 Å
晶胞边长 c length_c	29.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1740
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ck/1cka/1cka.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ck/1cka/1cka.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ck/1cka/1cka.dat

STRUCTURAL BASIS FOR THE SPECIFIC INTERACTION OF LYSINE-CONTAINING PROLINE-RICH PEPTIDES WITH THE N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF C-CRK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-CRK N-TERMINAL SH3 DOMAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)