SAXSdb — 1cl7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (constant heavy chain))

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 133–214	片段：FAB	PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (light chain)) × 1 PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (variable heavy chain)) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CL7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
15C8 CATALYTIC ANTIBODY 5C8, FREE FAB 提交 1998-03-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–217（216 aa）片段：FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
1ACY CRYSTAL STRUCTURE OF THE PRINCIPAL NEUTRALIZING SITE OF HIV-1 提交 1994-02-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1AE6 IGG-FAB FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY CTM01 提交 1997-03-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–98（98 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20-25% PEG4000, BUFFERED AT PH 5.6 WITH 20MM BIS-TRIS.	分辨率 3.00 Å R-free 0.311
1CIC IDIOTOPE-ANTI-IDIOTOPE FAB-FAB COMPLEX; D1.3-E225 提交 1999-03-31	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–218（218 aa）片段：FAB IMMUNOGLOBULIN FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.9；12% PEG 800, 75 MILLIMOLAR SODIUM ACETATE PH 4.85 10MGM/ML PROTEIN CONCENTRATION , pH 4.9	分辨率 2.50 Å
1F11 F124 FAB FRAGMENT FROM A MONOCLONAL ANTI-PRES2 ANTIBODY 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–102（101 aa）片段：FAB FRAGMENT (UNP Q65ZR6 residues 18-134, P01869 residues 2-102)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；PEG 400, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.271
1F11 F124 FAB FRAGMENT FROM A MONOCLONAL ANTI-PRES2 ANTIBODY 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–102（101 aa）片段：FAB FRAGMENT (UNP Q65ZR6 residues 18-134, P01869 residues 2-102)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；290 K；PEG 400, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.00 Å R-free 0.271
1JHK Crystal structure of the anti-estradiol antibody 57-2 提交 2001-06-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 12–229（218 aa）片段：residues 1-215	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；277 K；PEG4000, PEG8000, Tris-HCl, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.51 Å R-free 0.262
1KC5 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC287 IN COMPLEX WITH PS1 PEPTIDE 提交 2001-11-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–101（101 aa）片段：heavy chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；300 K；20% PEG 8K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1KCR CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIBODY PC283 IN COMPLEX WITH PS1 PEPTIDE 提交 2001-11-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–102（102 aa）片段：heavy chain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；300 K；18% PEG 3K, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.277
1L7T Crystal Structure Analysis of the anti-testosterone Fab fragment 提交 2002-03-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–103（103 aa）片段：fab77 fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；peg3350, MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1ORS X-ray structure of the KvAP potassium channel voltage sensor in complex with an Fab 提交 2003-03-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.251
1RUQ Crystal Structure (H) of u.v.-irradiated Diels-Alder antibody 13G5 Fab at pH 8.0 with a data set collected in house. 提交 2003-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）片段：fab	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.2 M zinc acetate, 5-7% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.86 Å R-free 0.256
1RUR Crystal Structure (I) of native Diels-Alder antibody 13G5 Fab at pH 8.0 with a data set collected at SSRL beamline 9-1. 提交 2003-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）片段：fab	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M imidazole, pH 8.0, 0.2 M zinc acetate, 5-7% (v/v) isopropanol, 20% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
1S5I Fab (LNKB-2) of monoclonal antibody to Human Interleukin-2, crystal structure 提交 2004-01-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；PEG-8000, ZnAc, NaN3, Na(CH3)2AsO4, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
25C8 CATALYTIC ANTIBODY 5C8, FAB-HAPTEN COMPLEX 提交 1998-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2–217（216 aa）片段：FAB	未记录	GEP N-METHYL-N-(PARA-GLUTARAMIDOPHENYL-ETHYL)-PIPERIDINIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.292

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGH1M_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–82； UniProt 133–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cl7
沉积日期 deposition_date	1999-05-06
结构标题 title	ANTI HIV1 PROTEASE FAB
关键词 keywords	FAB FRAGMENT, CROSS-REACTIVITY, HIV1 PROTEASE, ENZYME INHIBITION, IMMUNOGLOBULIN, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.82 Å
零角强度 I(0) i0	38486600.00
分子量 molecular_weight	47612.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59280 Å³
包络体积 envelope_volume	72893 Å³
水化壳体积 shell_volume	24647 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.99 Å
包络 Rg envelope_rg	24.48 Å
形状 Rg shape_rg	24.79 Å
总 Rg total_rg	25.69 Å
总原子数 total_atoms	3355
残基数 n_residues	433
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9142
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.592
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6477000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.977; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.961

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (light chain))
分子量 formula_weight	23948.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3355

DVLMTQTPLYLPVSLGDQASISCRSSQTIVHNNGNTYLEWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYYCFQGSHFPPTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (variable heavy chain))
分子量 formula_weight	15050.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QIQLQQSGPELKKPGETVKISCKATNYAFTDYSMHWVKQAPGGDLKYVGWINTETDEPTFADDFKGRFAFSLDTSTSTAFLQINNLKNEDTATYFCVRDRHDYGEIFTYWGQGTTVTVSSAKTTPPSVYPLAPGS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (constant heavy chain))
分子量 formula_weight	8661.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

SMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1cl7.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1cl7h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1cl7l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1cl7l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cl7H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1cl7I00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1cl7L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1cl7L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.400 Å
晶胞边长 b length_b	58.800 Å
晶胞边长 c length_c	143.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/cl/1cl7/1cl7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cl/1cl7/1cl7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cl/1cl7/1cl7.dat

ANTI HIV1 PROTEASE FAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (IGG1 ANTIBODY 1696 (constant heavy chain))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)