SAXSdb — 1cmo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 52–178	片段：CORE-BINDING FACTOR ALPHA B SUBUNIT, RUNT DOMAIN 突变：C81S	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM；压力 1 NMR样品组成：96% H2O/4% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CMO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CO1 FOLD OF THE CBFA 提交 1999-05-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–175（115 aa）片段：RUNT DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K	分辨率未提供
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 Q 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1E50 AML1/CBFbeta complex 提交 2000-07-13	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1H9D Aml1/cbf-beta/dna complex 提交 2001-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 50–183（134 aa）片段：RUNT DOMAIN RESIDUES 50-183	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1LJM DNA recognition is mediated by conformational transition and by DNA bending 提交 2002-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–181（131 aa）片段：Runt domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；Ethanol, Sodium Chloride, Tris-HCl, Hepes, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1LJM DNA recognition is mediated by conformational transition and by DNA bending 提交 2002-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 51–181（131 aa）片段：Runt domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；Ethanol, Sodium Chloride, Tris-HCl, Hepes, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1LJM DNA recognition is mediated by conformational transition and by DNA bending 提交 2002-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 51–181（131 aa）片段：Runt domain 链 B 51–181（131 aa）片段：Runt domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；Ethanol, Sodium Chloride, Tris-HCl, Hepes, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249
1LJM DNA recognition is mediated by conformational transition and by DNA bending 提交 2002-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 51–181（131 aa）片段：Runt domain	未记录	CL CHLORIDE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；Ethanol, Sodium Chloride, Tris-HCl, Hepes, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.249

共 4 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUNX1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 52–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cmo
沉积日期 deposition_date	1999-05-11
结构标题 title	IMMUNOGLOBULIN MOTIF DNA-RECOGNITION AND HETERODIMERIZATION FOR THE PEBP2/CBF RUNT-DOMAIN
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR, HEMATOPOIESIS, OSTEOGENESIS, IG-FOLD, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.14 Å
零角强度 I(0) i0	5049600000.00
分子量 molecular_weight	601010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	751240 Å³
包络体积 envelope_volume	51573 Å³
水化壳体积 shell_volume	20887 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.55 Å
包络 Rg envelope_rg	21.73 Å
形状 Rg shape_rg	16.12 Å
总 Rg total_rg	16.32 Å
总原子数 total_atoms	85011
残基数 n_residues	5461
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	43.8 Å
Rg (实空间) rg_real	15.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0420e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5050000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6864
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	19.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.433
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.8160
最高正则化参数 α highest_alpha	258400.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.997; Stabil: 0.978; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cmoa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.6 — RUNT domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cmoA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2
分子量 formula_weight	14008.9 kDa
突变 mutation	C81S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	85011

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

IMMUNOGLOBULIN MOTIF DNA-RECOGNITION AND HETERODIMERIZATION FOR THE PEBP2/CBF RUNT-DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/cm/1cmo/1cmo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/1cmo/1cmo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/1cmo/1cmo.dat