SAXSdb — 1ctm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME F

Brassica rapa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–285	未记录	HEC HEME C × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CTM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HCZ LUMEN-SIDE DOMAIN OF REDUCED CYTOCHROME F AT-35 DEGREES CELSIUS 提交 1996-09-18	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–287（252 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.96 Å R-free 0.250
1TKW The transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR 提交 2004-06-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–287（252 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1 NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）11 mM；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in oxidized state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 \| 94% H2O, 6% D2O NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in reduced state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 + 1 mM sodium ascorbate \| 94% H2O, 6% D2O	分辨率未提供
2PCF THE COMPLEX OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN DETERMINED WITH PARAMAGNETIC NMR. BASED ON THE STRUCTURES OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 36–285（250 aa）片段：SOLUBLE DOMAIN	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYF_BRARA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–250； UniProt 36–285

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ctm
沉积日期 deposition_date	1994-01-02
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF CHLOROPLAST CYTOCHROME F REVEALS A NOVEL CYTOCHROME FOLD AND UNEXPECTED HEME LIGATION
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT(CYTOCHROME); ELECTRON TRANSPORT(CYTOCHROME)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.19 Å
零角强度 I(0) i0	13019800.00
分子量 molecular_weight	27907.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35303 Å³
包络体积 envelope_volume	43319 Å³
水化壳体积 shell_volume	17510 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.87 Å
包络 Rg envelope_rg	23.86 Å
形状 Rg shape_rg	23.16 Å
总 Rg total_rg	23.96 Å
总原子数 total_atoms	1968
残基数 n_residues	250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7853
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.687
峰度 Kurtosis kurtosis	0.001
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2521000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.592; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.528; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYTOCHROME F
分子量 formula_weight	27318.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2081

YPIFAQQNYENPREATGRIVCANCHLASKPVDIEVPQAVLPDTVFEAVVKIPYDMQLKQVLANGKKGALNVGAVLILPEGFELAPPDRISPEMKEKIGNLSFQNYRPNKKNILVIGPVPGQKYSEITFPILAPDPATNKDVHFLKYPIYVGGNRGRGQIYPDGSKSNNTVYNATAGGIISKILRKEKGGYEITIVDASNERQVIDIIPRGLELLVSEGESIKLDQPLTSNPNVGGFGQGDAEIVLQDPLR

来源 Source

来源生物 organism	Brassica rapa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3711

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ctma1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.6 — Cytochrome f, large domain
家族 Family family	b.2.6.1 — Cytochrome f, large domain

结构域编号 domain_id	d1ctma2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.84 — Barrel-sandwich hybrid
超家族 Superfamily superfamily	b.84.2 — Rudiment single hybrid motif
家族 Family family	b.84.2.2 — Cytochrome f, small domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ctmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	1ctmA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	79.200 Å
晶胞边长 b length_b	81.900 Å
晶胞边长 c length_c	46.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2770

fit	/app/data/saxs_computation/ct/1ctm/1ctm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ct/1ctm/1ctm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ct/1ctm/1ctm.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF CHLOROPLAST CYTOCHROME F REVEALS A NOVEL CYTOCHROME FOLD AND UNEXPECTED HEME LIGATION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYTOCHROME F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution