1cub

CUTINASE, N172K, R196D MUTANT, MONOCLINIC CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CUTINASE

Nectria haematococca mpVI

UniProt P00590

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 17–230 突变:N172K, R196E 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:CRYSTAL FORMS OF THIS MUTANT. THE THREE FORMS ARE REFERRED TO AS N172K,R196E_I, N172K,R196E_II, N172K,R196E_III BY THE AUTHORS. FORM I CRYSTALLIZES IN THE SAME SPACE GROUP OF THE NATIVE ENZYME. 分辨率 1.75 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CUTI1_FUSSO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–214; UniProt 17–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cub

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cub
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cub
沉积日期 deposition_date1995-11-16
结构标题 titleCUTINASE, N172K, R196D MUTANT, MONOCLINIC CRYSTAL FORM
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE ESTERASE, GLYCOPROTEIN, HYDROLASE (SERINE ESTERASE); HYDROLASE (SERINE ESTERASE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.38
零角强度 I(0) i08275250.00
分子量 molecular_weight20451.0 kDa
排除体积 excluded_volume25397 ų
包络体积 envelope_volume28671 ų
水化壳体积 shell_volume15467 ų
包络直径 envelope_diameter53.1
壳层 Rg shell_rg21.60
包络 Rg envelope_rg15.62
形状 Rg shape_rg15.35
总 Rg total_rg16.55
总原子数 total_atoms1770
残基数 n_residues197
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.7
Rg (实空间) rg_real16.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.07
I(0) (实空间) i0_real7.9960e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1920e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal8275000.0000
解质量估计 total_estimate0.7267
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary23.2
偏度 Skewness skewness0.078
峰度 Kurtosis kurtosis-0.408
角度范围 angular_range— – 0.4750 −1
当前正则化参数 α current_alpha10.9200
最高正则化参数 α highest_alpha3008000.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 0.927; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.950

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1cuba_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.30 — Cutinase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1cubA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)