SAXSdb — 1cwp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 180 RNA 180 PDB 声明：360-MERIC（360）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 120 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 60	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å
2	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 3 RNA 3 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 2 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å
3	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 15 RNA 15 PDB 声明：30-meric（30）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 10 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å
4	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 18 RNA 18 PDB 声明：36-meric（36）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 12 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å
5	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 3 RNA 3 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 2 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å
6	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 180 RNA 180 PDB 声明：360-meric（360）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–189 链 B； UniProt 1–189 链 C； UniProt 1–189	未记录	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ; × 120 ;RNA (5'-R(APU)-3') ; × 60	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CWP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-MERIC	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
1ZA7 The crystal structure of salt stable cowpea cholorotic mottle virus at 2.7 angstroms resolution. 提交 2005-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 25–189（165 aa）链 B 25–189（165 aa）链 C 25–189（165 aa）	突变：K42R 突变：K42R 突变：K42R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 3.3；298 K；0.3M succinate, 4% PEG 8000, pH 3.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 3.30	分辨率 2.70 Å
8C38 Contracted cowpea chlorotic mottle virus 提交 2022-12-23	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 C 1–190（190 aa）链 D 1–190（190 aa）链 I 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.64 Å
8CPY Extended cowpea chlorotic mottle virus 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 C 1–190（190 aa）链 D 1–190（190 aa）链 I 1–190（190 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 4.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 3 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_CCMV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–190； UniProt 1–189 作者链 B； PDB构建体 1–190； UniProt 1–189 作者链 C； PDB构建体 1–190； UniProt 1–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cwp
沉积日期 deposition_date	1995-05-22
结构标题 title	STRUCTURES OF THE NATIVE AND SWOLLEN FORMS OF COWPEA CHLOROTIC MOTTLE VIRUS DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND CRYO-ELECTRON MICROSCOPY
关键词 keywords	BROMOVIRUS, Icosahedral virus, Virus-RNA COMPLEX; Virus/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.81 Å
零角强度 I(0) i0	49107200.00
分子量 molecular_weight	53907.0 kDa
排除体积 excluded_volume	67352 Å³
包络体积 envelope_volume	99203 Å³
水化壳体积 shell_volume	29800 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.7 Å
壳层 Rg shell_rg	34.57 Å
包络 Rg envelope_rg	29.12 Å
形状 Rg shape_rg	27.77 Å
总 Rg total_rg	28.70 Å
总原子数 total_atoms	3784
残基数 n_residues	487
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8789
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.329
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	9161000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APUPAPU)-3') ;
分子量 formula_weight	1225.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F
原子数 atom_count	3784

AUAU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APU)-3') ;
分子量 formula_weight	590.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Coat protein
分子量 formula_weight	20336.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MSTVGTGKLTRAQRRAAARKNKRNTRVVQPVIVEPIASGQGKAIKAWTGYSVSKWTASCAAAEAKVTSAITISLPNELSSERNKQLKVGRVLLWLGLLPSVSGTVKSCVTETQTTAAASFQVALAVADNSKDVVAAMYPEAFKGITLEQLAADLTIYLYSSAALTEGDVIVHLEVEHVRPTFDDSFTPVY

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1cwpa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.5 — Bromoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1cwpb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.5 — Bromoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d1cwpc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.5 — Bromoviridae-like VP

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1cwpA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	1cwpB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

结构域编号 domain_id	1cwpC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Satellite virus coat domain

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	381.300 Å
晶胞边长 b length_b	381.300 Å
晶胞边长 c length_c	408.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	720

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.3100
R_work r_work	0.3100
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cw/1cwp/1cwp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cw/1cwp/1cwp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cw/1cwp/1cwp.dat

STRUCTURES OF THE NATIVE AND SWOLLEN FORMS OF COWPEA CHLOROTIC MOTTLE VIRUS DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND CRYO-ELECTRON MICROSCOPY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)