1cx9

CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF BACTERIAL TRYPTOPHAN SYNTHASE WITH THE TRANSITION STATE ANALOGUE INHIBITOR 4-(2-AMINOPHENYLTHIO)-BUTYLPHOSPHONIC ACID

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN)

Salmonella typhimurium

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 TRYPTOPHAN SYNTHASE (BETA CHAIN) × 2 (P0A2K1) NHP 4-(2-AMINOPHENYLTHIO)-BUTYLPHOSPHONIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;295 K;12% PEG 4000, 0.75MM SPERMINE, 50MM SODIUM BICINE, 1MM EDTA, 5MM DTT, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.30 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

TRYPTOPHAN SYNTHASE (BETA CHAIN)

Salmonella typhimurium

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–397 未记录 TRYPTOPHAN SYNTHASE (ALPHA CHAIN) × 2 (P00929) NHP 4-(2-AMINOPHENYLTHIO)-BUTYLPHOSPHONIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;295 K;12% PEG 4000, 0.75MM SPERMINE, 50MM SODIUM BICINE, 1MM EDTA, 5MM DTT, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.30 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–397; UniProt 1–397

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cx9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cx9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cx9
沉积日期 deposition_date1999-08-29
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF BACTERIAL TRYPTOPHAN SYNTHASE WITH THE TRANSITION STATE ANALOGUE INHIBITOR 4-(2-AMINOPHENYLTHIO)-BUTYLPHOSPHONIC ACID
关键词 keywords8-FOLD ALPHA-BETA BARREL, ENZYME-INHIBITOR COMPLEX, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.34
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.50
零角强度 I(0) i081948900.00
分子量 molecular_weight70574.0 kDa
排除体积 excluded_volume88136 ų
包络体积 envelope_volume102420 ų
水化壳体积 shell_volume32361 ų
包络直径 envelope_diameter97.9
壳层 Rg shell_rg33.90
包络 Rg envelope_rg26.83
形状 Rg shape_rg26.48
总 Rg total_rg27.26
总原子数 total_atoms4958
残基数 n_residues651
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.4
Rg (实空间) rg_real27.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16
I(0) (实空间) i0_real8.1950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81950000.0000
解质量估计 total_estimate0.6999
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.9
偏度 Skewness skewness0.468
峰度 Kurtosis kurtosis-0.218
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31450000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.445; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.760; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cx9a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family familyc.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes
结构域编号 domain_idd1cx9b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamilyc.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family familyc.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1cx9A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id1cx9B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100
结构域编号 domain_id1cx9B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)