SAXSdb — 1cy8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–597	片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	PO4 PHOSPHATE ION × 1 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.45 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CY8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CY0 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3'-5'-ADENOSINE DIPHOSPHATE 提交 1999-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	未记录	A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 5；287 K；2.14M ammonium sulfate, pH 5.0, MICRODIALYSIS, temperature 287K	分辨率 2.45 Å R-free 0.274
1CY1 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'PTPTPT 提交 1999-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 THP THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.30 Å R-free 0.307
1CY2 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH TPTPTP3' 提交 1999-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.30 Å R-free 0.284
1CY4 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'pTpTpTp3' 提交 1999-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.299
1CY6 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.50 Å R-free 0.309
1CY7 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I	突变：GLY-SER ATTACHED AT N-TERMINUS DUE TO CONSTRUCT	PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.3M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.295
1CY9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM 提交 1999-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III 链 B 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；11-13%(W/V) PEG 3500, 20MM MES PH 6.0, 50MM KCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III 链 B 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.15 Å R-free 0.282
1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III 链 B 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.15 Å R-free 0.282
1CYY CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM 提交 1999-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III 链 B 214–477（264 aa）片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.15 Å R-free 0.282
1ECL AMINO TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI DNA TOPOISOMERASE I (RESIDUES 2-590 OF MATURE PROTEIN) CLONING ARTIFACT ADDS TWO RESIDUES TO THE AMINO-TERMINUS WHICH WERE NOT OBSERVED IN THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY (GLY-2, SER-1). 提交 1995-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–597（597 aa）	突变：GLY SER INSERTION AT N-TERMINUS, INSERTION OF STOP CODON AT 598; ENGINEERED	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1MW8 Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I and 5'-ACTTCGGGATG-3' 提交 2002-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 X 1–592（592 aa）片段：67 kDa N-terminal fragment	突变：H365R	SO4 SULFATE ION × 5 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1MW9 Crystal Structure of H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I 提交 2002-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1–592（592 aa）片段：67 kDa N-terminal fragment	突变：H365R	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 DIALYSIS；pH 8；287 K；ammonium sulfate, pH 8, DIALYSIS, temperature 287K	分辨率 1.67 Å R-free 0.216
1YUA C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I 提交 1995-03-02	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 745–865（121 aa）片段：122 C-TERMINAL RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3PWT Crystal structure of mutant E.coli topoisomerase IA 提交 2010-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–596（596 aa）片段：N-terminal catalytical domain, 67K	突变：D111N	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；288 K；2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
9GDA RNAP-TopoI complex on duplex scaffold 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9GDB RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - consensus reconstruction 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9GDC RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - single-bubble configuration 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9GDD RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - two-bubble configuration 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
9GDE RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 1 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9GDH RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 2 提交 2024-08-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 F 1–865（865 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–599； UniProt 1–597

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cy8
沉积日期 deposition_date	1999-08-31
结构标题 title	COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE
关键词 keywords	DNA TOPOISOMERASE, RELAXING ENZYME, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.05 Å
零角强度 I(0) i0	70592200.00
分子量 molecular_weight	64528.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80285 Å³
包络体积 envelope_volume	107900 Å³
水化壳体积 shell_volume	31383 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.38 Å
包络 Rg envelope_rg	29.99 Å
形状 Rg shape_rg	30.07 Å
总 Rg total_rg	30.52 Å
总原子数 total_atoms	4538
残基数 n_residues	563
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8826
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10210000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.894

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA TOPOISOMERASE I
分子量 formula_weight	67542.5 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4799

GSMGKALVIVESPAKAKTINKYLGSDYVVKSSVGHIRDLPTSGSAAKKSADSTSTKTAKKPKKDERGALVNRMGVDPWHNWEAHYEVLPGKEKVVSELKQLAEKADHIYLATDLDREGEAIAWHLREVIGGDDARYSRVVFNEITKNAIRQAFNKPGELNIDRVNAQQARRFMDRVVGYMVSPLLWKKIARGLSAGRVQSVAVRLVVEREREIKAFVPEEFWEVDASTTTPSGEALALQVTHQNDKPFRPVNKEQTQAAVSLLEKARYSVLEREDKPTTSKPGAPFITSTLQQAASTRLGFGVKKTMMMAQRLYEAGYITYMRTDSTNLSQDAVNMVRGYISDNFGKKYLPESPNQYASKENSQEAHEAIRPSDVNVMAESLKDMEADAQKLYQLIWRQFVACQMTPAKYDSTTLTVGAGDFRLKARGRILRFDGWTKVMPALRKGDEDRILPAVNKGDALTLVELTPAQHFTKPPARFSEASLVKELEKRGIGRPSTYASIISTIQDRGYVRVENRRFYAEKMGEIVTDRLEENFRELMNYDFTAQMENSLDQVANHEAEWKAVLDHFFSDFTQQLDKAEKDPEEGGMRPNQMVLTSI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-3'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	THYMIDINE-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	322.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	261

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cy8a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.10 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
超家族 Superfamily superfamily	e.10.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
家族 Family family	e.10.1.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1cy8A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	1cy8A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	460 — Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	1cy8A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 3

结构域编号 domain_id	1cy8A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I, domain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	63.610 Å
晶胞边长 b length_b	79.270 Å
晶胞边长 c length_c	141.510 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.450 Å
最低分辨率 resolution_low	19.820 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/cy/1cy8/1cy8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/1cy8/1cy8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/1cy8/1cy8.dat

COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction