1cy9

CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

Escherichia coli

UniProt P06612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 214–477 链 B; UniProt 214–477 片段:30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;277 K;11-13%(W/V) PEG 3500, 20MM MES PH 6.0, 50MM KCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP1_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–264; UniProt 214–477 作者链 B; PDB构建体 1–264; UniProt 214–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cy9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cy9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cy9
沉积日期 deposition_date1999-08-31
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM
关键词 keywordsDNA TOPOISOMERASE, DECATENATING ENZYME, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.99
零角强度 I(0) i048690000.00
分子量 molecular_weight54718.0 kDa
排除体积 excluded_volume68382 ų
包络体积 envelope_volume103620 ų
水化壳体积 shell_volume26708 ų
包络直径 envelope_diameter121.9
壳层 Rg shell_rg37.36
包络 Rg envelope_rg36.42
形状 Rg shape_rg37.03
总 Rg total_rg36.90
总原子数 total_atoms3846
残基数 n_residues488
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.1
Rg (实空间) rg_real37.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real4.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal48680000.0000
解质量估计 total_estimate0.7623
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary45.5
偏度 Skewness skewness0.482
峰度 Kurtosis kurtosis-0.520
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2185000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.580; Smooth: 0.006

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cy9a_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.10 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
超家族 Superfamily superfamilye.10.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
家族 Family familye.10.1.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
结构域编号 domain_idd1cy9b_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.10 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
超家族 Superfamily superfamilye.10.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
家族 Family familye.10.1.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1cy9A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 4
结构域编号 domain_id1cy9A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 3
结构域编号 domain_id1cy9B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 4
结构域编号 domain_id1cy9B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 3

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)