SAXSdb — 1cyx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYOA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 111–315	片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315) 突变：N172H, S207C, S209E, Y210I, S211C, F215H	CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1CYX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 111–315（205 aa）片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 111–315（205 aa）片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
1FFT The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli 提交 2000-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–315（315 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 3.50 Å
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 25–315（291 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 25–315（291 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 25–315（291 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 24–283（260 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 24–283（260 aa）链 F 24–283（260 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8GO3 Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent 提交 2022-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–315（315 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 111–315

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1cyx
沉积日期 deposition_date	1995-08-22
结构标题 title	QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II WITH ENGINEERED CU-A BINDING SITE)(CYOA)
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.54 Å
零角强度 I(0) i0	5714890.00
分子量 molecular_weight	17646.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22153 Å³
包络体积 envelope_volume	24220 Å³
水化壳体积 shell_volume	13918 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.61 Å
包络 Rg envelope_rg	14.75 Å
形状 Rg shape_rg	14.50 Å
总 Rg total_rg	15.80 Å
总原子数 total_atoms	1237
残基数 n_residues	158
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.0 Å
Rg (实空间) rg_real	15.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9200e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5715000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9039
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.010
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.509
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	804200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYOA
分子量 formula_weight	22742.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
突变 mutation	N172H, S207C, S209E, Y210I, S211C, F215H
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1405

THALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMHSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGICAEICGPGHSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DINUCLEAR COPPER ION
分子量 formula_weight	127.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	168

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1cyxa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1cyxA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	46.000 Å
晶胞边长 b length_b	98.200 Å
晶胞边长 c length_c	39.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.3160

fit	/app/data/saxs_computation/cy/1cyx/1cyx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/1cyx/1cyx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/1cyx/1cyx.dat

QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II WITH ENGINEERED CU-A BINDING SITE)(CYOA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYOA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction