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1cyy

CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

Escherichia coli

UniProt P06612

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 214–477 链 B； UniProt 214–477 片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.15 Å R-free 0.282
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 214–477 链 B； UniProt 214–477 片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.15 Å R-free 0.282
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 214–477 链 B； UniProt 214–477 片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；296 K；2M AMMONIUM SULFATE, 100MM HEPES PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K 分辨率 2.15 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CYY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CY0 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3'-5'-ADENOSINE DIPHOSPHATE 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICRODIALYSIS；pH 5；287 K；2.14M ammonium sulfate, pH 5.0, MICRODIALYSIS, temperature 287K
分辨率 2.45 Å R-free 0.274
1CY1 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'PTPTPT 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 THP THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 2.30 Å R-free 0.307
1CY2 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH TPTPTP3' 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.3M ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 2.30 Å R-free 0.284
1CY4 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'pTpTpTp3' 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.55 Å R-free 0.299
1CY6 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 3' THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 2.50 Å R-free 0.309
1CY7 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
突变：GLY-SER ATTACHED AT N-TERMINUS DUE TO CONSTRUCT PO4 PHOSPHATE ION × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；2.3M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.295
1CY8 COMPLEX OF E.COLI DNA TOPOISOMERASE I WITH 5'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE AND 3'-THYMIDINE MONOPHOSPHATE 提交 1999-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa） 片段：67 KDA N-TERMINAL FRAGMENT OF E.COLI TOPOISOMERASE I
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 T3P THYMIDINE-3'-PHOSPHATE × 1 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；2.2M AMMONIUM SULFATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 2.45 Å R-free 0.295
1CY9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. MONOCLINIC FORM 提交 1999-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 214–477（264 aa） 片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
链 B 214–477（264 aa） 片段：30 KDA FRAGMENT COMPRISING DOMAINS II AND III
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；11-13%(W/V) PEG 3500, 20MM MES PH 6.0, 50MM KCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1ECL AMINO TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI DNA TOPOISOMERASE I (RESIDUES 2-590 OF MATURE PROTEIN) CLONING ARTIFACT ADDS TWO RESIDUES TO THE AMINO-TERMINUS WHICH WERE NOT OBSERVED IN THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY (GLY-2, SER-1). 提交 1995-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–597（597 aa）
突变：GLY SER INSERTION AT N-TERMINUS, INSERTION OF STOP CODON AT 598; ENGINEERED 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
1MW8 Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I and 5'-ACTTCGGGATG-3' 提交 2002-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 X 1–592（592 aa） 片段：67 kDa N-terminal fragment
突变：H365R SO4 SULFATE ION × 5 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；287 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 1.90 Å R-free 0.273
1MW9 Crystal Structure of H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I 提交 2002-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 1–592（592 aa） 片段：67 kDa N-terminal fragment
突变：H365R SO4 SULFATE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 DIALYSIS；pH 8；287 K；ammonium sulfate, pH 8, DIALYSIS, temperature 287K
分辨率 1.67 Å R-free 0.216
1YUA C-TERMINAL DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I 提交 1995-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 745–865（121 aa） 片段：122 C-TERMINAL RESIDUES
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3PWT Crystal structure of mutant E.coli topoisomerase IA 提交 2010-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–596（596 aa） 片段：N-terminal catalytical domain, 67K
突变：D111N SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；288 K；2M ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K
分辨率 1.90 Å R-free 0.249
9GDA RNAP-TopoI complex on duplex scaffold 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9GDB RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - consensus reconstruction 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9GDC RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - single-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDD RNAP-TopoI complex on bubble scaffold - two-bubble configuration 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
9GDE RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 1 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9GDH RNAP-TopoI complex on long-overhang scaffold - orientation 2 提交 2024-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 F 1–865（865 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOP1_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 214–477 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 214–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1cyy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1cyy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1cyy
沉积日期 deposition_date1999-08-31
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE 30 KDA FRAGMENT OF E. COLI DNA TOPOISOMERASE I. HEXAGONAL FORM
关键词 keywordsDNA TOPOISOMERASE, DECATENATING ENZYME, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.67 Å
零角强度 I(0) i053409600.00
分子量 molecular_weight56106.0 kDa
排除体积 excluded_volume70056 ų
包络体积 envelope_volume89060 ų
水化壳体积 shell_volume29126 ų
包络直径 envelope_diameter83.5 Å
壳层 Rg shell_rg32.74 Å
包络 Rg envelope_rg25.23 Å
形状 Rg shape_rg25.64 Å
总 Rg total_rg26.56 Å
总原子数 total_atoms3940
残基数 n_residues501
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.0 Å
Rg (实空间) rg_real26.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.4160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53410000.0000
解质量估计 total_estimate0.9165
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary77.7 Å
偏度 Skewness skewness0.077
峰度 Kurtosis kurtosis-0.650
角度范围 angular_range— – 0.2950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7966000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.987; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1cyya_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.10 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
超家族 Superfamily superfamilye.10.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
家族 Family familye.10.1.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
结构域编号 domain_idd1cyyb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.10 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
超家族 Superfamily superfamilye.10.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase
家族 Family familye.10.1.1 — Prokaryotic type I DNA topoisomerase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1cyyA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 4
结构域编号 domain_id1cyyA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 3
结构域编号 domain_id1cyyB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology290 — Topoisomerase I; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 4
结构域编号 domain_id1cyyB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Topoisomerase I, domain 3
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)