1d1s

WILD-TYPE HUMAN SIGMA (CLASS IV) ALCOHOL DEHYDROGENASE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 147.8 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–374 链 B； UniProt 2–374 链 C； UniProt 2–374 链 D； UniProt 2–374	未记录	ZN ZINC ION × 19 ACT ACETATE ION × 13 CAC CACODYLATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–374 链 D； UniProt 2–374	未记录	ZN ZINC ION × 10 ACT ACETATE ION × 7 CAC CACODYLATE ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–374 链 B； UniProt 2–374	未记录	ZN ZINC ION × 11 ACT ACETATE ION × 6 CAC CACODYLATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–374 链 D； UniProt 2–374	未记录	ZN ZINC ION × 8 ACT ACETATE ION × 7 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM CACODYLATE, 100 MM ZINC ACETATE, 7.5 MM NAD+, 18% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, 8 MG/ML ENZYME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D1S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AGN X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE 提交 1996-06-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 ACT ACETATE ION × 7 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1AGN X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE 提交 1996-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 ACT ACETATE ION × 3 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1AGN X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE 提交 1996-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 ACT ACETATE ION × 10 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1AGN X-RAY STRUCTURE OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE 提交 1996-06-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 16 ACT ACETATE ION × 10 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1D1T MUTANT OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE WITH LEUCINE AT POSITION 141 提交 1999-09-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	突变：M141L 突变：M141L 突变：M141L 突变：M141L	ZN ZINC ION × 19 ACT ACETATE ION × 13 CAC CACODYLATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Cacodylate, pH 6.5, 100 mM Zinc Acetate, 7.5 mM NAD+, 18% PEG 6000, 8 mg/ml enzyme, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1D1T MUTANT OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE WITH LEUCINE AT POSITION 141 提交 1999-09-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	突变：M141L 突变：M141L	ZN ZINC ION × 10 ACT ACETATE ION × 7 CAC CACODYLATE ION × 4 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Cacodylate, pH 6.5, 100 mM Zinc Acetate, 7.5 mM NAD+, 18% PEG 6000, 8 mg/ml enzyme, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1D1T MUTANT OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE WITH LEUCINE AT POSITION 141 提交 1999-09-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–374（373 aa）链 B 2–374（373 aa）	突变：M141L 突变：M141L	ZN ZINC ION × 11 ACT ACETATE ION × 6 CAC CACODYLATE ION × 5 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Cacodylate, pH 6.5, 100 mM Zinc Acetate, 7.5 mM NAD+, 18% PEG 6000, 8 mg/ml enzyme, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1D1T MUTANT OF HUMAN SIGMA ALCOHOL DEHYDROGENASE WITH LEUCINE AT POSITION 141 提交 1999-09-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–374（373 aa）链 D 2–374（373 aa）	突变：M141L 突变：M141L	ZN ZINC ION × 8 ACT ACETATE ION × 7 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM Cacodylate, pH 6.5, 100 mM Zinc Acetate, 7.5 mM NAD+, 18% PEG 6000, 8 mg/ml enzyme, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274

共 2 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADH7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–373； UniProt 2–374 作者链 B； PDB构建体 2–373； UniProt 2–374 作者链 C； PDB构建体 2–373； UniProt 2–374 作者链 D； PDB构建体 2–373； UniProt 2–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d1s
沉积日期 deposition_date	1999-09-21
结构标题 title	WILD-TYPE HUMAN SIGMA (CLASS IV) ALCOHOL DEHYDROGENASE
关键词 keywords	ROSSMAN OR DINUCLEOTIDE FOLD, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.82 Å
零角强度 I(0) i0	408255000.00
分子量 molecular_weight	164860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	205980 Å³
包络体积 envelope_volume	262500 Å³
水化壳体积 shell_volume	53010 Å³
包络直径 envelope_diameter	159.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.70 Å
包络 Rg envelope_rg	43.76 Å
形状 Rg shape_rg	43.84 Å
总 Rg total_rg	43.78 Å
总原子数 total_atoms	11428
残基数 n_residues	1492
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	147.8 Å
Rg (实空间) rg_real	43.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.5850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	408100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6127
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.526
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.292
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.831; Smooth: 0.503

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALCOHOL DEHYDROGENASE CLASS IV SIGMA CHAIN
分子量 formula_weight	39924.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11836

GTAGKVIKCKAAVLWEQKQPFSIEEIEVAPPKTKEVRIKILATGICRTDDHVIKGTMVSKFPVIVGHEATGIVESIGEGVTTVKPGDKVIPLFLPQCRECNACRNPDGNLCIRSDITGRGVLADGTTRFTCKGKPVHHFMNTSTFTEYTVVDESSVAKIDDAAPPEKVCLIGCGFSTGYGAAVKTGKVKPGSTCVVFGLGGVGLSVIMGCKSAGASRIIGIDLNKDKFEKAMAVGATECISPKDSTKPISEVLSEMTGNNVGYTFEVIGHLETMIDALASCHMNYGTSVVVGVPPSAKMLTYDPMLLFTGRTWKGCVFGGLKSRDDVPKLVTEFLAKKFDLDQLITHVLPFKKISEGFELLNSGQSIRTVLTF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	408

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1d1sa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.35 — GroES-like
超家族 Superfamily superfamily	b.35.1 — GroES-like
家族 Family family	b.35.1.2 — Alcohol dehydrogenase-like, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d1sd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.1 — Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1d1sA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1d1sA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d1sB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1d1sB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d1sC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1d1sC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	1d1sD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1d1sD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	86.400 Å
晶胞边长 b length_b	90.900 Å
晶胞边长 c length_c	121.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2680

fit	/app/data/saxs_computation/d1/1d1s/1d1s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d1/1d1s/1d1s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d1/1d1s/1d1s.dat