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1d2p

CRYSTAL STRUCTURE OF TWO B REPEAT UNITS (B1B2) OF THE COLLAGEN BINDING PROTEIN (CNA) OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 102.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLLAGEN ADHESIN

Staphylococcus aureus

UniProt Q53654

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 533–905 片段：B REPEAT REGIONS 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；PEG6000, Calcium chloride, sodium cacodylate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D2P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AMX COLLAGEN-BINDING DOMAIN FROM A STAPHYLOCOCCUS AUREUS ADHESIN 提交 1997-06-19 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–318（168 aa） 片段：CBD (151 - 318)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.7；pH 6.7
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1D2O CRYSTAL STRUCTURE OF A SINGLE B REPEAT UNIT (B1) OF COLLAGEN BINDING SURFACE PROTEIN (CNA) OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS. 提交 1999-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 533–719（187 aa） 片段：SINGLE B REPEAT UNIT
链 B 533–719（187 aa） 片段：SINGLE B REPEAT UNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；Ammonium sulfate, Succinic acid buffer, BOG , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.256
2F68 Crystal structure of collagen adhesin (CNA) from S. aureus 提交 2005-11-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 30–334（305 aa） 片段：Extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；3.2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M NaCl, 0.05 M Hepes, PH. 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.253
2F6A Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure 提交 2005-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
链 C 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.29 Å R-free 0.308
2F6A Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure 提交 2005-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
链 D 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.29 Å R-free 0.308
2F6A Collagen Adhesin and Collagen Complex Structure 提交 2005-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 A 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
链 B 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
链 C 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
链 D 30–330（301 aa） 片段：extracellular domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.35；295 K；0.8 M ammonium sulfate, 0.5 M sodium acetate, PH 6.5, pH 7.35, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.29 Å R-free 0.308

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNA_STAAU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–373； UniProt 533–905

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d2p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d2p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d2p
沉积日期 deposition_date1999-09-25
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF TWO B REPEAT UNITS (B1B2) OF THE COLLAGEN BINDING PROTEIN (CNA) OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS
关键词 keywordsCOLLAGEN, IGG, IGSF, MSCRAMM, CNA, STAPHYLOCOCCUS AUREUS, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.47 Å
零角强度 I(0) i031715600.00
分子量 molecular_weight42341.0 kDa
排除体积 excluded_volume52298 ų
包络体积 envelope_volume69723 ų
水化壳体积 shell_volume21022 ų
包络直径 envelope_diameter107.0 Å
壳层 Rg shell_rg34.08 Å
包络 Rg envelope_rg30.23 Å
形状 Rg shape_rg30.45 Å
总 Rg total_rg30.89 Å
总原子数 total_atoms2986
残基数 n_residues373
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.1 Å
Rg (实空间) rg_real30.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31710000.0000
解质量估计 total_estimate0.7721
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.495
峰度 Kurtosis kurtosis-0.616
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3874000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.658; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.398; Smooth: 0.660
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1d2pa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.5 — Cna protein B-type domain
家族 Family familyb.3.5.1 — Cna protein B-type domain
结构域编号 domain_idd1d2pa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.5 — Cna protein B-type domain
家族 Family familyb.3.5.1 — Cna protein B-type domain
结构域编号 domain_idd1d2pa3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.5 — Cna protein B-type domain
家族 Family familyb.3.5.1 — Cna protein B-type domain
结构域编号 domain_idd1d2pa4
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.3.5 — Cna protein B-type domain
家族 Family familyb.3.5.1 — Cna protein B-type domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1d2pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1140 — Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain
结构域编号 domain_id1d2pA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1140 — Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain
结构域编号 domain_id1d2pA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1140 — Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain
结构域编号 domain_id1d2pA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1140 — Collagen-binding surface protein Cna, B-type domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)