1d3b

CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 4 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 2 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 1 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B) × 1 （P14678） GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 C； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 E； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 G； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 I； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75 作者链 K； PDB构建体 1–75； UniProt 1–75

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)

物种未注明

UniProt P14678

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 4 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 4 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 2 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 1 CITRIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3) × 1 （P62318） GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RSMB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 F； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 H； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 J； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 L； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d3b
沉积日期 deposition_date	1998-12-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION
关键词 keywords	SNRNP, SPLICING, SM, CORE SNRNP DOMAIN, SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS, SLE, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1d3b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1d3b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1d3b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.11 Å
Rg（电子密度）	16.11 Å
总 Rg	17.14 Å
原子数	1263
残基数	153
排除体积	22648 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1d3b__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1d3b__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1d3b__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1d3b__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1d3b__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1d3b__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)
分子量 formula_weight	8491.8 kDa
突变 mutation	S66C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	8248

MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGCKIRFLILPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)
分子量 formula_weight	10471.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MTVGKSSKMLQHIDYRMRCILQDGRIFIGTFKAFDKHMNLILCDCDEFRKIKPKNSKQAEREEKRVLGLVLLRGENLVSMTVEGPPPKDTG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	554

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1d3ba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3be_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

结构域编号 domain_id	d1d3bl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.38 — Sm-like fold
超家族 Superfamily superfamily	b.38.1 — Sm-like ribonucleoproteins
家族 Family family	b.38.1.1 — Sm motif of small nuclear ribonucleoproteins, SNRNP

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1d3bA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	1d3bL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

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晶胞边长 a length_a	107.350 Å
晶胞边长 b length_b	108.450 Å
晶胞边长 c length_c	110.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2650

CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d3b__assembly_1__model_1

1d3b__assembly_1__model_1 | I(q)

1d3b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE D3B SUBCOMPLEX OF THE HUMAN CORE SNRNP DOMAIN AT 2.0A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN SM D3)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN ASSOCIATED PROTEIN B)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1d3b__assembly_1__model_1

1d3b__assembly_1__model_1 | I(q)

1d3b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)