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1d3z

UBIQUITIN NMR STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 44.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (UBIQUITIN)

Homo sapiens

UniProt P62988

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 136–211 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：UBIQUITIN HUMAN SEQUENCE 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D3Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C3T ROTAMER STRAIN AS A DETERMINANT OF PROTEIN STRUCTURAL SPECIFICITY 提交 1999-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–162（76 aa）
突变：I3L,I13L,L15V,V17L,I23V,V26L,I61L,L67I 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1
NMR样品组成 2 MM 13C/15N 1D8 UBIQUITIN, 25 MM SODIUM PHOSPHATE, 25 MM SODIUM ACETATE (D3), 0.02% SODIUM AZIDE, PH 5.8
分辨率未提供
1F9J STRUCTURE OF A NEW CRYSTAL FORM OF TETRAUBIQUITIN 提交 2000-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.70 Å R-free 0.292
1FXT STRUCTURE OF A CONJUGATING ENZYME-UBIQUITIN THIOLESTER COMPLEX 提交 2000-09-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；30 K；离子强度（mmCIF原始值）450mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 Yeast Ubc1 | 0.8 mM Ubc1 10uM E1 0.8 mM Ub 10mM ATP, 5 mM MgCl, 40 mM Hepes, 450 mM NaCl,, 1 mM EDTA in water
NMR样品组成 Human Ub | 0.8 mM Ubc1 10uM E1 0.8 mM Ub 10mM ATP, 5 mM MgCl, 40 mM Hepes, 450 mM NaCl,, 1 mM EDTA in water
分辨率未提供
1G6J STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN UBIQUITIN IN AOT REVERSE MICELLES 提交 2000-11-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 293 K；压力 ambient
NMR测量条件 293 K；压力 50
NMR样品组成 4 mg c13/n15 ubiquitin in 13.5 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) and 1 ml D12-pentane | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in d-pentane
NMR样品组成 8 mg 13/n15 ubiquitin in 27 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in butane
NMR样品组成 4 mg n15 ubiquitin in 13.5 ul of buffer (50mM Sodium acetate, 250mM Sodium Chloride, pH 5.0) | 75mM bis(2-ethyl hexyl) sulfosuccinate in d-pentane
分辨率未提供
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1NBF Crystal structure of a UBP-family deubiquitinating enzyme in isolation and in complex with ubiquitin aldehyde 提交 2002-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；PEG3000, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.30 Å R-free 0.262
1Q5W Ubiquitin Recognition by Npl4 Zinc-Fingers 提交 2003-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；291 K；离子强度（mmCIF原始值）70mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM Npl4 NZF U-15N,13C; 2mM unlabeled-Ubiquitin; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C; 2mM unlabeled-Npl4 NZF; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N; 2mM unlabeled-Npl4 NZF; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM Npl4 NZF U-15N; 2mM unlabeled-Ubiquitin; 20mM phosphate buffer pH 5.5, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1S1Q TSG101(UEV) domain in complex with Ubiquitin 提交 2004-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CU COPPER (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；1.4M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1SIF Crystal structure of a multiple hydrophobic core mutant of ubiquitin 提交 2004-02-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：M1L, I3L, V5I, I13F, L15V, V17M, V26L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；288 K；31% Peg 4K, 0.05M citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.18 Å R-free 0.248
1TBE STRUCTURE OF TETRAUBIQUITIN SHOWS HOW MULTIUBIQUITIN CHAINS CAN BE FORMED 提交 1993-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1UBI SYNTHETIC STRUCTURAL AND BIOLOGICAL STUDIES OF THE UBIQUITIN SYSTEM. PART 1 提交 1994-02-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1UBQ STRUCTURE OF UBIQUITIN REFINED AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1987-01-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1XD3 Crystal structure of UCHL3-UbVME complex 提交 2004-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–303（75 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.192
1XD3 Crystal structure of UCHL3-UbVME complex 提交 2004-09-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 229–303（75 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 7 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.45 Å R-free 0.192
1YX5 Solution Structure of S5a UIM-1/Ubiquitin Complex 提交 2005-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Sequence Database Residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H 2.0 mM ubiquitin U-13C | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-13C 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
分辨率未提供
1YX6 Solution Structure of S5a UIM-2/Ubiquitin Complex 提交 2005-02-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Sequence Database Residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H; 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-15N, 2H; 2.0 mM ubiquitin U-13C | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM S5a U-13C; 2.0 mM ubiquitin unlabeled | 20 mM Phosphate buffer, 100 mM NaCl, 10% D2O
分辨率未提供
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.50 Å R-free 0.330
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 3.50 Å R-free 0.330
2BGF NMR structure of Lys48-linked di-ubiquitin using chemical shift perturbation data together with RDCs and 15N-relaxation data 提交 2004-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1.0
NMR样品组成 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2FUH Solution Structure of the UbcH5c/Ub Non-covalent Complex 提交 2006-01-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：Ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 1mM Ubiquitin 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 1mM UbcH5c 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 90% H20 10% D20
NMR样品组成 1mM UbcH5c U-15N,13C 1mM Ubiquitin 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 100% D20
NMR样品组成 1mM Ubiquitin U-15N,13C 1mM UbcH5c 25mM sodium phosphate 150mM NaCl | 100% D20
分辨率未提供
2G45 Co-crystal structure of znf ubp domain from the deubiquitinating enzyme isopeptidase T (isot) in complex with ubiquitin 提交 2006-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；300 K；16% polyethylene glycol 8000, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM magenesium or calcium acetate, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 6.50
分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2G45 Co-crystal structure of znf ubp domain from the deubiquitinating enzyme isopeptidase T (isot) in complex with ubiquitin 提交 2006-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；300 K；16% polyethylene glycol 8000, 80 mM sodium cacodylate pH 6.5, 160 mM magenesium or calcium acetate, 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K, pH 6.50
分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2GBJ Crystal Structure of the 9-10 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin. 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；279.15 K；27-32% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.35 Å R-free 0.226
2GBJ Crystal Structure of the 9-10 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin. 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；279.15 K；27-32% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.35 Å R-free 0.226
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBK Crystal Structure of the 9-10 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；27-32% PEG 6000, 4-12% Acetone, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 1.99 Å R-free 0.287
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBM Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ARS ARSENIC × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；293.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K, pH 5.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.227
2GBN Crystal Structure of the 35-36 8 Glycine Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；279.15 K；25-30% PEG 4000, 50 mM Sodium Cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K
分辨率 1.60 Å R-free 0.265
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2GBR Crystal Structure of the 35-36 MoaD Insertion Mutant of Ubiquitin 提交 2006-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.9；293.15 K；24-30% PEG 4000, 50-80 mM Cadmium Chloride, 100 mM Sodium Acetate, pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.00 Å R-free 0.290
2HTH Structural basis for ubiquitin recognition by the human EAP45/ESCRT-II GLUE domain 提交 2006-07-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10% PEG8000; 10% Ethylene glycol; 100mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.289
2IBI Covalent Ubiquitin-USP2 Complex 提交 2006-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；298 K；22% PEG1500, 0.1 M Bicine, 0.2 M NaCl, 1 mM DTT, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 9.00
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2J7Q Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate 提交 2006-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：UBIQUITIN FUSED TO VINYLMETHYLESTER, UBVME, RESIDUES 1-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MAGNESIUM FORMATE, 14% PEG 3350, pH 7.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2J7Q Crystal structure of the ubiquitin-specific protease encoded by murine cytomegalovirus tegument protein M48 in complex with a ubquitin-based suicide substrate 提交 2006-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：UBIQUITIN FUSED TO VINYLMETHYLESTER, UBVME, RESIDUES 1-75
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MAGNESIUM FORMATE, 14% PEG 3350, pH 7.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.214
2JF5 crystal structure of Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2007-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；12 % (W/V) PEG 3350, 5 MM NICKEL CHLORIDE, 5 MM COBALT CHLORIDE, 5 MM CADMIUM CHLORIDE, 5 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES [PH 7.5]
分辨率 1.95 Å R-free 0.250
2JZZ Solid-State NMR Structure of Microcrystalline Ubiquitin 提交 2008-01-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLID-STATE NMR
NMR测量条件 270 K；压力 ambient
NMR样品组成 5.5 mg/mL [U-99% 13C; U-98% 15N] Ubiquitin, 20 mM ammonium acetate, 20 mM citric acid, 60 v/v 2-methyl-2,4-pentandiol, 0.05 % sodium azide, 100 % H2O | 100 % H2O
分辨率未提供
2K6D CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin 提交 2008-07-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：ubiquitin
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient
NMR样品组成 0.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K8B Solution structure of PLAA family ubiquitin binding domain (PFUC) cis isomer in complex with ubiquitin 提交 2008-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.2 mM Ubiquitin, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM PFUC_cis, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K8C Solution structure of PLAA family ubiquitin binding domain (PFUC) trans isomer in complex with ubiquitin 提交 2008-09-04 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] Ubiquitin, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 15N] PFUC_trans, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KDF NMR structure of minor S5a (196-306):K48 linked diubiquitin species 提交 2009-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaPO4; 100 mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaPO4; 50 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 15N; U-50% 2H] S5a (196-306)-1, 1.2 mM K48 linked diubiquitin-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-3, 1.5 mM K48 linked diubiquitin-4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] K48 linked diubiquitin-5, 1.0 mM S5a (196-306)-6, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C of the distal subunit; natural abundance of the proximal Ub] K48 linked diubiquitin-7, 1.0 mM S5a (196-306)-8, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C] S5a (196-306)-9, 1.2 mM [U-100% 2H of the proximal Ub; natural abundance of the distal subunit] K48 linked diubiquitin-10, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KHW Solution Structure of the human Polymerase iota UBM2-Ubiquitin Complex 提交 2009-04-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] entity_1-1, 4 mM entity_2-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 15N] entity_1-3, 3 mM [U-100% 15N] entity_2-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-5, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_2-6, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity_1-7, 4 mM entity_2-8, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2KJH NMR based structural model of the UBCH8-UBIQUITIN complex 提交 2009-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：G76C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 ambient
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UbcH8-1, 0.35 mM Ubiquitin-2, 20 mM sodium phosphate-3, 1 mM EDTA-4, 250 mM sodium chloride-5, 50 mM Arginine-6, 50 mM Glutamic Acid-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-8, 0.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-9, 20 mM sodium phosphate-10, 1 mM EDTA-11, 250 mM sodium chloride-12, 50 mM Arginine-13, 50 mM Glutamic Acid-14, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] UbcH8-15, 0.35 mM Ubiquitin-16, 20 mM sodium phosphate-17, 1 mM EDTA-18, 250 mM sodium chloride-19, 50 mM Arginine-20, 50 mM Glutamic Acid-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.35 mM UbcH8-22, 0.35 mM [U-100% 15N; U-99% 2H] Ubiquitin-23, 20 mM sodium phosphate-24, 1 mM EDTA-25, 250 mM sodium chloride-26, 50 mM Arginine-27, 50 mM Glutamic Acid-28, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KLG PERE NMR structure of ubiquitin 提交 2009-07-02 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 50mM potassium phosphate-1, 3mM sodium azide-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KN5 A Correspondence Between Solution-State Dynamics of an Individual Protein and the Sequence and Conformational Diversity of its Family 提交 2009-08-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] human ubiquitin, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KOX NMR residual dipolar couplings identify long range correlated motions in the backbone of the protein ubiquitin 提交 2009-10-02 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 压力 ambient
NMR样品组成 [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KTF Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 in complex with ubiquitin 提交 2010-02-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.08；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 3.5 mM peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.5 mM protein, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 0.001 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KWU Solution Structure of UBM2 of murine Polymerase iota in Complex with Ubiquitin 提交 2010-04-19 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.189；压力 ambient
NMR样品组成 1-2 mM [U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM2, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM2, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM2, 1-2 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM2, 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.7 mM DNA polymerase iota UBM2, 6.8 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KWV Solution Structure of UBM1 of murine Polymerase iota in Complex with Ubiquitin 提交 2010-04-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.189；压力 ambient
NMR样品组成 1-2 mM [U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] DNA polymerase iota UBM1, 4-8 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4-8 mM DNA polymerase iota UBM1, 1-2 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM DNA polymerase iota UBM1, 4 mM [U-95% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100 mM potassium chloride, 2 mM CHAPS, 0.15 mM PMSF, 0.2 % w/v sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2L0F Solution NMR structure of human polymerase iota UBM2 (P692A mutant) in complex with ubiquitin 提交 2010-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：P692A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.18；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBM2, 3 mM ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 5 mM UBM2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin, 20 mM sodium phosphate, 30 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2L0T Solution structure of the complex of ubiquitin and the VHS domain of Stam2 提交 2010-07-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient
NMR样品组成 250 uM [U-99% 15N] Ubiquitin protein, 250 uM [U-99% 15N] VHS domain of Stam2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NR2 The MUMO (minimal under-restraining minimal over-restraining) method for the determination of native states ensembles of proteins 提交 2006-11-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2O6V Crystal structure and solution NMR studies of Lys48-linked tetraubiquitin at neutral pH 提交 2006-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
突变：K63R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；2M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2OJR Structure of ubiquitin solved by SAD using the Lanthanide-Binding Tag 提交 2007-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 TB TERBIUM(III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；298 K；0.1M HEPES pH 7.5, 3.7 M NaCl, 33% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
2PE9 NMR Based Structure of the Open Conformation of LYS48-Linked Di-UBiquitin Using Experimental Global Rotational Diffusion Tensor from NMR Relaxation Measurements 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 DI-UBIQUITIN, 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2PEA NMR Based Structure of the Closed Conformation of LYS48-Linked Di-Ubiquitin Using Experimental Global Rotational Diffusion Tensor from NMR Relaxation Measurements 提交 2007-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 DI-UBIQUITIN, 90% WATER/10% D20
分辨率未提供
2W9N crystal structure of linear di-ubiquitin 提交 2009-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；22% PEG 3350 AND 200 MM ZNOAC, pH 7
分辨率 2.25 Å R-free 0.276
2WDT Crystal structure of Plasmodium falciparum UCHL3 in complex with the suicide inhibitor UbVME 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa） 片段：RESIDUES 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM NACL, 25 % PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
2WDT Crystal structure of Plasmodium falciparum UCHL3 in complex with the suicide inhibitor UbVME 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa） 片段：RESIDUES 1-75
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM NACL, 25 % PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.235
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FLC CITRATE ANION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XEW Crystal structure of K11-linked diubiquitin 提交 2010-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
链 K 1–76（76 aa）
链 L 1–76（76 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；3M SODIUM CHLORIDE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH3.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
2XK5 Crystal structure of K6-linked diubiquitin 提交 2010-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19-20 % PEG 3350, 0.2 M ZINC ACETATE, pH 7
分辨率 3.00 Å R-free 0.248
2Z59 Complex Structures of Mouse Rpn13 (22-130aa) and ubiquitin 提交 2007-07-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N; U-50% 2H; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6mM MmRpn13 U-15N, 13C; U-70% 2H; 0.6mM ubiquitin; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM MmRpn13 U-15N; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM ubiquitin U-15N; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.4mM MmRpn13 U-13C; 20mM phosphate buffer; 30mM NaCl; 3mM DTT; 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
2ZCB Crystal Structure of ubiquitin P37A/P38A 提交 2007-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
突变：P37A, P38A 突变：P37A, P38A 突变：P37A, P38A ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；0.2M Zinc Acetate dehydrate, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.224
3A33 UbcH5b~Ubiquitin Conjugate 提交 2009-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；2.0M NaCl, 0.1M Potassium acetate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.280
3BY4 Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Bis-Tris, Magnesium Chloride, PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.55 Å R-free 0.211
3C0R Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；MES, ammonium acetate, PEG3350, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.243
3C0R Structure of Ovarian Tumor (OTU) domain in complex with Ubiquitin 提交 2008-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 3CN 3-AMINOPROPANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；277 K；MES, ammonium acetate, PEG3350, pH 6.5, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.243
3DVG Crystal structure of K63-specific fab Apu.3A8 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–76（76 aa）
链 Y 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 17.0 mg/mL in 20 mM Tris-HCl pH 7.3, 150 mM NaCl well solution: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1.6M LiS04 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.261
3DVN Crystal structure of K63-specific fab Apu2.16 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–76（76 aa）
链 Y 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 12.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 75 mM NaCl well: 0.2M Na Cl, 0.1 M Tris pH 8.2, 0.1 M citrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3DVN Crystal structure of K63-specific fab Apu2.16 bound to K63-linked di-ubiquitin 提交 2008-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 U 1–76（76 aa）
链 V 1–76（76 aa）
突变：D77 突变：K63R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；291 K；protein: 12.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 75 mM NaCl well: 0.2M Na Cl, 0.1 M Tris pH 8.2, 0.1 M citrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EEC X-ray structure of human ubiquitin Cd(II) adduct 提交 2008-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 200mM cadmium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.300
3EFU X-ray structure of human ubiquitin-Hg(II) adduct 提交 2008-09-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 HG MERCURY (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% PEG 1450, 50mM HEPES, 2.92mM mercurium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.84 Å R-free 0.293
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3EHV X-ray structure of human ubiquitin Zn(II) adduct 提交 2008-09-15 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25% (w/v) PEG 1450, 50mM HEPES pH 7.0, 25mM zinc acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.271
3H7P Crystal structure of K63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R CD CADMIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Cadmium sulfate, 5% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3H7S Crystal structures of K63-linked di- and tri-ubiquitin reveal a highly extended chain architecture 提交 2009-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH UNDER OIL；pH 5.2；291 K；0.2 M Zinc acetate, 6% w/v PEG 8000 and 0.1 M Imidazole-Cl pH 6.5, Al's oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3HM3 The Structure and conformation of Lys-63 linked tetra-ubiquitin 提交 2009-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 5% PEG 3000, 50 mM Zinc acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.96 Å R-free 0.236
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3I3T Crystal structure of covalent ubiquitin-USP21 complex 提交 2009-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M Ammonium sulfate, 5 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.59 Å R-free 0.218
3IFW Crystal structure of the S18Y variant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester. 提交 2009-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M BICINE, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
3IHP Covalent Ubiquitin-Usp5 Complex 提交 2009-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；Crystals of the covalent ubiquitin complex of Usp5 were grown at 298 K using the hanging drop method by mixing equal volumes of protein solution (25 mg/ml) and Crystallization Buffer (1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 5% ethyleneglycol and 1 mM dithiothreitol). The crystals were cryoprotected by immersion in Paratone N in paraffin oil 30% (v/v) and placed in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3IHP Covalent Ubiquitin-Usp5 Complex 提交 2009-07-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–75（75 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 NEH ETHANAMINE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；298 K；Crystals of the covalent ubiquitin complex of Usp5 were grown at 298 K using the hanging drop method by mixing equal volumes of protein solution (25 mg/ml) and Crystallization Buffer (1.45 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M sodium acetate, 5% ethyleneglycol and 1 mM dithiothreitol). The crystals were cryoprotected by immersion in Paratone N in paraffin oil 30% (v/v) and placed in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
3JSV Crystal structure of mouse NEMO CoZi in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
突变：K63R 突变：X77D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.294
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 1–76（76 aa）
突变：Ubiquitin G76 ester linked to UbcH5B S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JVZ E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–76（76 aa）
突变：Ubiquitin G76 ester linked to UbcH5B S85 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.1-5.2, 2.4-2.5 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3JW0 E2~Ubiquitin-HECT 提交 2009-09-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；277 K；0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.287
3K9P The crystal structure of E2-25K and ubiquitin complex 提交 2009-10-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 50mM Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3K9P The crystal structure of E2-25K and ubiquitin complex 提交 2009-10-16 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES-NaOH (pH 7.5), 25% (w/v) PEG 3350, 50mM Sodium Fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3KVF Crystal structure of the I93M mutant of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
3KW5 Crystal structure of ubiquitin carboxy terminal hydrolase L1 bound to ubiquitin vinylmethylester 提交 2009-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–75（75 aa）
未记录 GVE METHYL 4-AMINOBUTANOATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1M BICINE, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.83 Å R-free 0.286
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3LDZ Crystal structure of human STAM1 VHS domain in complex with ubiquitin 提交 2010-01-13 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–73（73 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.2M Na thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1M imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3MHS Structure of the SAGA Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 DUB module bound to ubiquitin aldehyde 提交 2010-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Hepes pH 6.5, 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.208
3MTN Usp21 in complex with a ubiquitin-based, USP21-specific inhibitor 提交 2010-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；11% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 5 MM TCEP, PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3MTN Usp21 in complex with a ubiquitin-based, USP21-specific inhibitor 提交 2010-04-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；11% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 5 MM TCEP, PH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
3N30 Crystal Structure of cubic Zn3-hUb (human ubiquitin) adduct 提交 2010-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25 mg/ml milliQ water protein solution, 25% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 200 mM Zn acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3N30 Crystal Structure of cubic Zn3-hUb (human ubiquitin) adduct 提交 2010-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；25 mg/ml milliQ water protein solution, 25% (w/v) PEG 1450, 50 mM HEPES, 200 mM Zn acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.318
3N32 The crystal structure of human Ubiquitin adduct with Zeise's salt 提交 2010-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；30% PEG 1450, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.258
3N3K The catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor 提交 2010-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
突变：Q2R, F4V, T9M, K11R, T14I, Q62H, K63N, E64H, T66A, H68Y, V70L, R72K ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；291 K；24% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1 MM DTT, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.242
3NHE High Resolution Structure (1.26A) of USP2a in Complex with Ubiquitin 提交 2010-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；5% PEG4000, 0.1M Hepes, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.26 Å R-free 0.189
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NOB Structure of K11-linked di-ubiquitin 提交 2010-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；292 K；25 mg/mL protein in 50 mM Tris 7.5 and 75 mM NaCl were grown in 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350. Seeds from this were further microseeded into 0.17 M Ammonium sulfate, 15% glycerol, 20% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.19 Å R-free 0.281
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3NS8 Crystal structure of an open conformation of Lys48-linked diubiquitin at pH 7.5 提交 2010-07-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, PEG 8000, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.71 Å R-free 0.237
3PHD Crystal structure of human HDAC6 in complex with ubiquitin 提交 2010-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–76（76 aa）
链 F 1–76（76 aa）
链 G 1–76（76 aa）
链 H 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；297 K；15% PEG 3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.6, temperature 297K
分辨率 3.00 Å R-free 0.265

共 83 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBIQ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 136–211

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d3z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d3z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d3z
沉积日期 deposition_date1999-10-01
结构标题 titleUBIQUITIN NMR STRUCTURE
关键词 keywordsUBIQUITIN NMR LIQUID CRYSTAL DIPOLAR COUPLING, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.90 Å
零角强度 I(0) i0102087000.00
分子量 molecular_weight85649.0 kDa
排除体积 excluded_volume108170 ų
包络体积 envelope_volume17612 ų
水化壳体积 shell_volume11338 ų
包络直径 envelope_diameter50.6 Å
壳层 Rg shell_rg19.09 Å
包络 Rg envelope_rg13.94 Å
形状 Rg shape_rg11.88 Å
总 Rg total_rg12.28 Å
总原子数 total_atoms12310
残基数 n_residues760
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax44.6 Å
Rg (实空间) rg_real12.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102100000.0000
解质量估计 total_estimate0.5767
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary16.4 Å
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis0.208
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha175500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.471; Stabil: 0.992; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1d3za_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1d3zA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)