1d5n

CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MNSOD AT 100K

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–205 链 B； UniProt 1–205	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.50	分辨率 1.55 Å R-free 0.233
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–205 链 D； UniProt 1–205	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；pH 8.50	分辨率 1.55 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D5N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EN4 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Q146H MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Q146H 突变：Q146H	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.05 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.192
1EN4 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Q146H MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	突变：Q146H 突变：Q146H	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.05 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.192
1EN5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Y34F MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Y34F 突变：Y34F	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.1 M bicine, 25 mM sodium azide, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.195
1EN5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Y34F MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	突变：Y34F 突变：Y34F	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.1 M bicine, 25 mM sodium azide, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.195
1EN6 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Q146L MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Q146L 突变：Q146L	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.05 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
1EN6 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE Q146L MUTANT 提交 2000-03-20	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	突变：Q146L 突变：Q146L	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；20% w/v PEG 6000, 0.05 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
1I08 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE H30A MUTANT OF MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE FROM E. COLI 提交 2001-01-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：H30A 突变：H30A	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；16-20% PEG 6000, 0.1 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1I08 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE H30A MUTANT OF MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE FROM E. COLI 提交 2001-01-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	突变：H30A 突变：H30A	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；16-20% PEG 6000, 0.1 M bicine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1I0H CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT Y174F AT 1.35 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 2001-01-29	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Y174F 突变：Y174F	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；16-20% PEG 6000, 0.1M bicine ph 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.196
1IX9 Crystal Structure of the E. coli Manganase(III) superoxide dismutase mutant Y174F at 0.90 angstroms resolution. 提交 2002-06-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Y174F 突变：Y174F	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；16-20% PEG6000, 0.1M BICINE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 0.90 Å R-free 0.127
1IXB CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI MANGANESE(II) SUPEROXIDE DISMUTASE MUTANT Y174F AT 0.90 ANGSTROMS RESOLUTION. 提交 2002-06-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Y174F 突变：Y174F	MH2 MANGANESE ION, 1 HYDROXYL COORDINATED × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；16-20% PEG6000, 0.1M BICINE. CRYSTALS WERE REDUCED JUST PRIOR TO FREEZING BY ADDITION OF 10% H2O2 (1 PART to 40 PARTS MOTHER LIQUOR), pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 0.90 Å R-free 0.126
1MMM DISTINCT METAL ENVIRONMENT IN IRON-SUBSTITUTED MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE PROVIDES A STRUCTURAL BASIS OF METAL SPECIFICITY 提交 1998-08-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	未记录	OH HYDROXIDE ION × 3 FE FE (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.75；pH 8.75	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1VEW MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE USING THE HANGING DROP METHOD. THE HANGING DROPS WERE SUSPENDED OVER 0.75ML OF WELL SOLUTION (16-30% PEG6000 AND 0.05M BICINE TITRATED TO PH8.5) AND CONSISTED OF 2UL OF WELL SOLUTION AND 2UL OF PROTEIN SOLUTION (MNSOD AT 12MG/ML IN WATER)., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.210
1VEW MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 OH HYDROXIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE USING THE HANGING DROP METHOD. THE HANGING DROPS WERE SUSPENDED OVER 0.75ML OF WELL SOLUTION (16-30% PEG6000 AND 0.05M BICINE TITRATED TO PH8.5) AND CONSISTED OF 2UL OF WELL SOLUTION AND 2UL OF PROTEIN SOLUTION (MNSOD AT 12MG/ML IN WATER)., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.210
1ZLZ Re-Evaluation of the Low-Temperature Azide in Mn-Dependent Superoxide Dismutase 提交 2005-05-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）	突变：Y174F 突变：Y174F	AZI AZIDE ION × 2 MH2 MANGANESE ION, 1 HYDROXYL COORDINATED × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, MPD, TRIS buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.222
3K9S Crystal structure of the peroxide-bound manganese superoxide dismutase. 提交 2009-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–206（205 aa）链 B 2–206（205 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM Bicine pH 8.5, 25% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.270
3K9S Crystal structure of the peroxide-bound manganese superoxide dismutase. 提交 2009-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–206（205 aa）链 D 2–206（205 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；50 mM Bicine pH 8.5, 25% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.270
3OT7 Escherichia coli apo-manganese superoxide dismutase 提交 2010-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–206（205 aa）链 B 2–206（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；20% PEG 6000, 0.1M Bicine, 1mM EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
3OT7 Escherichia coli apo-manganese superoxide dismutase 提交 2010-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–206（205 aa）链 D 2–206（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；20% PEG 6000, 0.1M Bicine, 1mM EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236

共 12 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SODM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205 作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205 作者链 C； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205 作者链 D； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d5n
沉积日期 deposition_date	1999-10-08
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MNSOD AT 100K
关键词 keywords	MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.99 Å
零角强度 I(0) i0	130440000.00
分子量 molecular_weight	92076.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115420 Å³
包络体积 envelope_volume	146900 Å³
水化壳体积 shell_volume	38102 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.87 Å
包络 Rg envelope_rg	32.24 Å
形状 Rg shape_rg	32.99 Å
总 Rg total_rg	33.47 Å
总原子数 total_atoms	6516
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.6 Å
Rg (实空间) rg_real	33.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8747
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.374
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.439
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.907; Smooth: 0.865

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1d5na1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5na2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.11 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain
家族 Family family	a.2.11.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1d5nd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.44 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.44.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain
家族 Family family	d.44.1.1 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD), C-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1d5nA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1d5nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1d5nB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1d5nB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1d5nC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1d5nC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1d5nD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 — Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain

结构域编号 domain_id	1d5nD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — minor pseudopilin epsh fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.110 Å
晶胞边长 b length_b	107.300 Å
晶胞边长 c length_c	179.110 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2330

描述 description	PROTEIN (MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE)
分子量 formula_weight	22996.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7672

CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MNSOD AT 100K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (MANGANESE SUPEROXIDE DISMUTASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1085

fit	/app/data/saxs_computation/d5/1d5n/1d5n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/1d5n/1d5n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/1d5n/1d5n.dat