1d7l

STRUCTURE-FUNCTION CORRELATIONS OF THE REACTION OF REDUCED NICOTINAMIDE ANALOGS WITH P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE SUBSTITUTED WITH A SERIES OF 8-SUBSTITUTED FLAVINS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P20586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RFL 8-DEMETHYL-8-DIMETHYLAMINO-FLAVIN-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 PHB P-HYDROXYBENZOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.235
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RFL 8-DEMETHYL-8-DIMETHYLAMINO-FLAVIN-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 PHB P-HYDROXYBENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHHY_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d7l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d7l
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d7l
沉积日期 deposition_date1999-10-18
结构标题 titleSTRUCTURE-FUNCTION CORRELATIONS OF THE REACTION OF REDUCED NICOTINAMIDE ANALOGS WITH P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE SUBSTITUTED WITH A SERIES OF 8-SUBSTITUTED FLAVINS
关键词 keywordsPHBH, FLAVIN, SUBSTITUTED FLAVINS, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.44
零角强度 I(0) i036354800.00
分子量 molecular_weight45562.0 kDa
排除体积 excluded_volume56622 ų
包络体积 envelope_volume65310 ų
水化壳体积 shell_volume25038 ų
包络直径 envelope_diameter74.0
壳层 Rg shell_rg28.56
包络 Rg envelope_rg21.73
形状 Rg shape_rg21.45
总 Rg total_rg22.25
总原子数 total_atoms3205
残基数 n_residues394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5
Rg (实空间) rg_real22.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real3.6350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36360000.0000
解质量估计 total_estimate0.7630
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13930000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.646; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1d7la1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.2 — FAD-linked reductases, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd1d7la2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.16 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamilyd.16.1 — FAD-linked reductases, C-terminal domain
家族 Family familyd.16.1.2 — PHBH-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d7lA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1d7lA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)