SAXSdb — 1d9q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE

Pisum sativum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 51–407 链 B； UniProt 51–407 链 C； UniProt 51–407 链 D； UniProt 51–407	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；290 K；25% PEG 400, 50MM NA ACETATE (PH 5.5), 50MM MGCL2, 5MM F6P, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.40 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D9Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DBZ C153S MUTANT OF PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE 提交 1999-11-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 51–407（357 aa）链 B 51–407（357 aa）链 C 51–407（357 aa）链 D 51–407（357 aa）	突变：C153S 突变：C153S 突变：C153S 突变：C153S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；20% PEG 1000, 50MM NA ACETATE (PH 5), 50 MM MGCL2, 5MM F6P, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.291
1DCU REDOX SIGNALING IN THE CHLOROPLAST: STRUCTURE OF OXIDIZED PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE PHOSPHATASE 提交 1999-11-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 51–407（357 aa）链 B 51–407（357 aa）链 C 51–407（357 aa）链 D 51–407（357 aa）	突变：A197I, E232K 突变：A197I, E232K 突变：A197I, E232K 突变：A197I, E232K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG 400, Na acetate, magnesium chloride, fructose-6-phosphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F16P_PEA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–357； UniProt 51–407 作者链 B； PDB构建体 1–357； UniProt 51–407 作者链 C； PDB构建体 1–357； UniProt 51–407 作者链 D； PDB构建体 1–357； UniProt 51–407

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d9q
沉积日期 deposition_date	1999-10-29
结构标题 title	OXIDIZED PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE FORM 1
关键词 keywords	CHLOROPLAST, PHOTOSYNTHESIS, REDOX REGULATION, THIOREDOXIN, ALLOSTERY, DISULFIDE BRIDGE, CALVIN CYCLE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.91 Å
零角强度 I(0) i0	293233000.00
分子量 molecular_weight	139830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	175500 Å³
包络体积 envelope_volume	217780 Å³
水化壳体积 shell_volume	52099 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.85 Å
包络 Rg envelope_rg	33.82 Å
形状 Rg shape_rg	33.94 Å
总 Rg total_rg	34.38 Å
总原子数 total_atoms	9850
残基数 n_residues	1308
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	293200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8950
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	268200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1d9qa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamily	e.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family family	e.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

结构域编号 domain_id	d1d9qb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamily	e.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family family	e.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

结构域编号 domain_id	d1d9qc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamily	e.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family family	e.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

结构域编号 domain_id	d1d9qd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.7 — Carbohydrate phosphatase
超家族 Superfamily superfamily	e.7.1 — Carbohydrate phosphatase
家族 Family family	e.7.1.1 — Inositol monophosphatase/fructose-1,6-bisphosphatase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1d9qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1d9qA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1d9qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1d9qB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1d9qC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1d9qC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	1d9qD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1d9qD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.940 Å
晶胞边长 b length_b	113.990 Å
晶胞边长 c length_c	94.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	114.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2360

描述 description	FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE
分子量 formula_weight	39242.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10184

OXIDIZED PEA FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE FORM 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Pisum sativum
通用名 common_name	pea
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3888
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	334

fit	/app/data/saxs_computation/d9/1d9q/1d9q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d9/1d9q/1d9q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d9/1d9q/1d9q.dat