SAXSdb — 1d9x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB

Bacillus caldotenax

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–657	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；8 mg/ml UvrB, 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.324

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1D9X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D9Z CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB IN COMPLEX WITH ATP 提交 1999-10-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；295 K；8 mg/ml UvrB, 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K X-ray结晶条件 Soaking；pH 9；295 K；5 mM ATP 5 mM MgCl2 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, Soaking, temperature 295K	分辨率 3.15 Å R-free 0.335
1T5L Crystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96A revealing a novel fold for domain 2 提交 2004-05-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–657（657 aa）	突变：Y96A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, Tris, ZnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1T5L Crystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96A revealing a novel fold for domain 2 提交 2004-05-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–657（657 aa）	突变：Y96A	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, Tris, ZnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.287
2FDC Structural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB: crystal structure of a UvrB/DNA complex 提交 2005-12-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–657（657 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；20mM MgCl2, 14% PEG3000, 80mM sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
2FDC Structural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB: crystal structure of a UvrB/DNA complex 提交 2005-12-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 1–657（657 aa）	未记录	FLQ N-[6-(ACETYLAMINO)HEXYL]-3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-6-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；20mM MgCl2, 14% PEG3000, 80mM sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
6O8E Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–593（592 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000	分辨率 2.61 Å R-free 0.270
6O8E Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 2–593（592 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000	分辨率 2.61 Å R-free 0.270
6O8F Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–593（592 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000	分辨率 2.81 Å R-free 0.264
6O8F Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 2–593（592 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000	分辨率 2.81 Å R-free 0.264
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–593（592 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 2–593（592 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 2–593（592 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100	分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8H Crystal structure of UvrB mutant bound to duplex DNA 提交 2019-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 2–593（592 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium sulfate, 18-20% PEG3350, 2 mM ADP, 5 mM magnesium chloride	分辨率 2.39 Å R-free 0.277

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UVRB_BACCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–658； UniProt 1–657

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1d9x
沉积日期 deposition_date	1999-10-30
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB
关键词 keywords	apo protein, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.18 Å
零角强度 I(0) i0	71897600.00
分子量 molecular_weight	65818.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82261 Å³
包络体积 envelope_volume	106780 Å³
水化壳体积 shell_volume	32181 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.09 Å
包络 Rg envelope_rg	28.02 Å
形状 Rg shape_rg	28.16 Å
总 Rg total_rg	28.96 Å
总原子数 total_atoms	4634
残基数 n_residues	590
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.1900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	71900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9062
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.560
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB
分子量 formula_weight	75501.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4717

VEGRFQLVAPYEPQGDQPQAIAKLVDGLRRGVKHQTLLGATGTGKTFTISNVIAQVNKPTLVIAHNKTLAGQLYSELKEFFPHNAVEYFVSYYDYYQPEAYVPQTDTYIEKDAKINDEIDKLRHSATSALFERRDVIIVASVSCIYGLGSPEEYRELVVSLRVGMEIERNALLRRLVDIQYDRNDIDFRGTFRVRGDVVEIFPASRDEHCIRVEFFGDEIERIRAEVDALTGKVLGEREHVAIFPASHFVTREEKMRLAIQNIEQELEERLAELRAQGKLLEAQRLEQRTRYDLEMMREMGFCSGIENYSRHLALRPPGSTPYTLLDYFPDDFLIIVDESHVTLPQLRGMYNGDRARKQVLVDHGFRLPSALDNRPLTFEEFEQKINQIIYVSATPGPYELEHSPGVVEQIIRPTGLLDPTIDVRPTKGQIDDLIGEIRERVERNERTLVTTLTKKMAEDLTDYLKEAGIKVAYLHSEIKTLERIEIIRDLRLGKYDVLVGINLLREGLDIPEVSLVAILDADKEGFLRSERSLIQTIGRAARNANGHVIMYADTITKSMEIAIQETKRRRAIQEEYNRKHGIVPRTVKKEIRDVIRATYAAEETEMYEAKPAAAMTKQEREELIRTLEAEMKEAAKALDFERAAQLRDIIFELKAEG

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus caldotenax
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1395
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1d9xa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1d9xa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1d9xA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1d9xA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2060 — Penicillin-binding protein 1b fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Penicillin-binding protein 1b domain

结构域编号 domain_id	1d9xA03
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	240 —

结构域编号 domain_id	1d9xA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	150.207 Å
晶胞边长 b length_b	150.207 Å
晶胞边长 c length_c	79.516 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2560
R_free r_free	0.3240

fit	/app/data/saxs_computation/d9/1d9x/1d9x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d9/1d9x/1d9x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d9/1d9x/1d9x.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EXCINUCLEASE UVRABC COMPONENT UVRB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction