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1dai

DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DETHIOBIOTIN SYNTHETASE

Escherichia coli

UniProt P13000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–224 未记录 DSD 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DAI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A82 DETHIOBIOTIN SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI, COMPLEX WITH SUBSTRATES ATP AND DIAMINOPELARGONIC ACID 提交 1998-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DNN 7,8-DIAMINO-NONANOIC ACID × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.246
1BS1 DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP , INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM 提交 1998-08-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 DAA 8-AMINO-7-CARBOXYAMINO-NONANOIC ACID WITH ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
1BS1 DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP , INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM 提交 1998-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 DAA 8-AMINO-7-CARBOXYAMINO-NONANOIC ACID WITH ALUMINUM FLUORIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
1BYI STRUCTURE OF APO-DETHIOBIOTIN SYNTHASE AT 0.97 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1998-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 0.97 Å
1DAD DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH ADP 提交 1995-05-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1DAE DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 3-(1-AMINOETHYL) NONANEDIOIC ACID 提交 1995-05-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 IKT 3-(1-AMINOETHYL)NONANEDIOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1DAF DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID, ADP, AND CALCIUM 提交 1995-05-08 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 DSD 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1DAG DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID AND 5'-ADENOSYL-METHYLENE-TRIPHOSPHATE 提交 1995-05-08 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 DSD 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.64 Å
1DAH DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7,8-DIAMINO-NONANOIC ACID, 5'-ADENOSYL-METHYLENE-TRIPHOSPHATE, AND MANGANESE 提交 1995-05-08 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 DNN 7,8-DIAMINO-NONANOIC ACID × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.64 Å
1DAK DETHIOBIOTIN SYNTHETASE FROM ESCHERICHIA COLI, COMPLEX REACTION INTERMEDIATE ADP AND MIXED ANHYDRIDE 提交 1998-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 DPU MIXED CARBAMIC PHOSPHORIC ACID ANHYDRIDE OF 7,8-DIAMINONONANIC ACID × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
1DAM DETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH DETHIOBIOTIN, ADP, INORGANIC PHOSPHATE AND MAGNESIUM 提交 1998-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 DTB 6-(5-METHYL-2-OXO-IMIDAZOLIDIN-4-YL)-HEXANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.233
1DBS MECHANISTIC IMPLICATIONS AND FAMILY RELATIONSHIPS FROM THE STRUCTURE OF DETHIOBIOTIN SYNTHETASE 提交 1994-11-29 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–224（224 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1DTS CRYSTAL STRUCTURE OF AN ATP DEPENDENT CARBOXYLASE, DETHIOBIOTIN SYNTHASE, AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-03-28 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–223（223 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.65 Å R-free 0.230

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BIOD_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dai

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dai
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dai
沉积日期 deposition_date1995-05-08
结构标题 titleDETHIOBIOTIN SYNTHETASE COMPLEXED WITH 7-(CARBOXYAMINO)-8-AMINO-NONANOIC ACID
关键词 keywordsLIGASE, BIOTIN BIOSYNTHESIS, MAGNESIUM, ATP-BINDING; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.93 Å
零角强度 I(0) i09788570.00
分子量 molecular_weight23655.0 kDa
排除体积 excluded_volume29872 ų
包络体积 envelope_volume34183 ų
水化壳体积 shell_volume16888 ų
包络直径 envelope_diameter58.2 Å
壳层 Rg shell_rg23.11 Å
包络 Rg envelope_rg17.23 Å
形状 Rg shape_rg16.91 Å
总 Rg total_rg18.02 Å
总原子数 total_atoms1667
残基数 n_residues219
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.0 Å
Rg (实空间) rg_real18.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real9.7890e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9789000.0000
解质量估计 total_estimate0.8863
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9 Å
偏度 Skewness skewness0.164
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2715000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1daia_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1daiA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)