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1dbd

E2 DNA-BINDING DOMAIN FROM PAPILLOMAVIRUS BPV-1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REGULATORY PROTEIN E2

Bovine papillomavirus type 1

UniProt P03122

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 311–410 链 B； UniProt 311–410 片段：DNA-BINDING DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.75；308.3 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DBD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1JJH E2 DNA-binding Domain from Bovine Papillomavirus Type 1 提交 2001-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 326–410（85 aa） 片段：DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；ammonium sulfate, imidazole, magnesium chloride, glycerol, DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1JJH E2 DNA-binding Domain from Bovine Papillomavirus Type 1 提交 2001-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 326–410（85 aa） 片段：DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；ammonium sulfate, imidazole, magnesium chloride, glycerol, DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1JJH E2 DNA-binding Domain from Bovine Papillomavirus Type 1 提交 2001-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 326–410（85 aa） 片段：DNA-binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；ammonium sulfate, imidazole, magnesium chloride, glycerol, DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.50 Å R-free 0.266
2BOP CRYSTAL STRUCTURE AT 1.7 ANGSTROMS OF THE BOVINE PAPILLOMAVIRUS-1 E2 DNA-BINDING DOMAIN BOUND TO ITS DNA TARGET 提交 1994-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 326–410（85 aa）
未记录 YB YTTERBIUM (III) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.70 Å
2JEU Transcription activator structure reveals redox control of a replication initiation reaction 提交 2007-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–209（209 aa） 片段：N-TERMINAL TRANS-ACTIVATION DOMAIN (TAD), RESIDUES 1-209
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.3 M NACL AND 18-22% TERTIARY BUTANOL, USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION.
分辨率 2.80 Å R-free 0.281
2JEX Transcription activator structure reveals redox control of a replication initiation reaction 提交 2007-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–209（209 aa） 片段：N-TERMINAL TRANS-ACTIVATION DOMAIN (TAD), RESIDUES 1-209
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.3 M NACL, 2MM DTT AND 18-22% TERTIARY BUTANOL, USING THE HANGING DROP METHOD OF VAPOUR DIFFUSION.
分辨率 2.35 Å R-free 0.241
6BUS Extended E2 DNA-binding domain of the Bovine Papillomavirus-1 提交 2017-12-11 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 1 310–410（101 aa） 片段：UNP Residues 310-410
链 2 310–410（101 aa） 片段：UNP Residues 310-410
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；sodium citrate, PEG 4000 and ammonium acetate
分辨率 1.90 Å R-free 0.261
6BUS Extended E2 DNA-binding domain of the Bovine Papillomavirus-1 提交 2017-12-11 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 3 310–410（101 aa） 片段：UNP Residues 310-410
链 4 310–410（101 aa） 片段：UNP Residues 310-410
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；sodium citrate, PEG 4000 and ammonium acetate
分辨率 1.90 Å R-free 0.261

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VE2_BPV1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–100； UniProt 311–410 作者链 B； PDB构建体 1–100； UniProt 311–410

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dbd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dbd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dbd
沉积日期 deposition_date1999-05-21
结构标题 titleE2 DNA-BINDING DOMAIN FROM PAPILLOMAVIRUS BPV-1
关键词 keywordsDNA-BINDING DOMAIN, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.82 Å
零角强度 I(0) i010087300.00
分子量 molecular_weight22480.0 kDa
排除体积 excluded_volume27807 ų
包络体积 envelope_volume35639 ų
水化壳体积 shell_volume17052 ų
包络直径 envelope_diameter65.9 Å
壳层 Rg shell_rg23.63 Å
包络 Rg envelope_rg18.17 Å
形状 Rg shape_rg17.78 Å
总 Rg total_rg18.90 Å
总原子数 total_atoms1584
残基数 n_residues200
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10090000.0000
解质量估计 total_estimate0.8657
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.242
峰度 Kurtosis kurtosis-0.277
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1563000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dbda_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family familyd.58.8.1 — Viral DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd1dbdb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family familyd.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1dbdA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id1dbdB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)