SAXSdb — 1dfm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDONUCLEASE BGLII

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–223 链 B； UniProt 1–223	片段：BGLII 突变：SELENOMETHIONYL (MSE FOR MET) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(TPAPTPTPAPTPAPGPAPTPCPTPAPTPAPA)-3') ; × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；15- 20% PEG 4000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES PH 5.2. CRYSTALS WERE LATER SOAKED WITH 5MM CACL2., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.50 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DFM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D2I CRYSTAL STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII COMPLEXED WITH DNA 16-MER 提交 1999-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–223（223 aa）链 B 1–223（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.2；293 K；15- 20% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES PH 5.2, MICROBATCH, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
1ES8 Crystal structure of free BglII 提交 2000-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–223（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；30% isopropanol, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2B2_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223 作者链 B； PDB构建体 1–223； UniProt 1–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dfm
沉积日期 deposition_date	1999-12-06
结构标题 title	Crystal structure of restriction endonuclease BGLII complexed with DNA 16-mer
关键词 keywords	RESTRICTION ENDONUCLEASE, RESTRICTION ENZYME, PROTEIN-DNA COMPLEX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.58 Å
零角强度 I(0) i0	72870500.00
分子量 molecular_weight	61236.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73927 Å³
包络体积 envelope_volume	86397 Å³
水化壳体积 shell_volume	30563 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.88 Å
包络 Rg envelope_rg	22.87 Å
形状 Rg shape_rg	22.58 Å
总 Rg total_rg	23.39 Å
总原子数 total_atoms	4242
残基数 n_residues	463
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8931
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.402
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPTPTPAPTPAPGPAPTPCPTPAPTPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	4895.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4850

TATTATAGATCTATAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ENDONUCLEASE BGLII
分子量 formula_weight	26031.8 kDa
突变 mutation	SELENOMETHIONYL (MSE FOR MET)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MKIDITDYNHADEILNPQLWKEIEETLLKMPLHVKASDQASKVGSLIFDPVGTNQYIKDELVPKHWKNNIPIPKRFDFLGTDIDFGKRDTLVEVQFSNYPFLLNNTVRSELFHKSNMDIDEEGMKVAIIITKGHMFPASNSSLYYEQAQNQLNSLAEYNVFDVPIRLVGLIEDFETDIDIVSTTYADKRYSRTITKRDTVKGKVIDTNTPNTRRRKRGTIVTY

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	608

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dfma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.5 — Restriction endonuclease BglII

结构域编号 domain_id	d1dfmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.5 — Restriction endonuclease BglII

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dfmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1dfmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.700 Å
晶胞边长 b length_b	101.800 Å
晶胞边长 c length_c	116.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2240

fit	/app/data/saxs_computation/df/1dfm/1dfm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/1dfm/1dfm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/1dfm/1dfm.dat

Crystal structure of restriction endonuclease BGLII complexed with DNA 16-mer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDONUCLEASE BGLII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)