SAXSdb — 1dg3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (INTERFERON-INDUCED GUANYLATE-BINDING PROTEIN 1)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–592	片段：FULL LENGTH PROTEIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100MM MES-NAOH, 7.5% PEG6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DG3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F5N HUMAN GUANYLATE BINDING PROTEIN-1 IN COMPLEX WITH THE GTP ANALOGUE, GMPPNP. 提交 2000-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–592（592 aa）	突变：Q507H	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；15-20% PEG3350, 150-200mM MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 1.70 Å R-free 0.255
2B8W Crystal-structure of the N-terminal Large GTPase Domain of human Guanylate Binding protein 1 (hGBP1) in complex with GMP/AlF4 提交 2005-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain 链 B 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；5% PEG3350, 150 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.22 Å R-free 0.233
2B92 Crystal-structure of the N-terminal Large GTPase Domain of human Guanylate Binding protein 1 (hGBP1) in complex with GDP/AlF3 提交 2005-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain 链 B 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；12.5% Peg3350, 125mM Na2HPO4 (from Hampton Research peg/ion screen supplied at pH9.1), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
2BC9 Crystal-structure of the N-terminal large GTPase Domain of human Guanylate Binding protein 1 (hGBP1) in complex with non-hydrolysable GTP analogue GppNHp 提交 2005-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase doamin	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；10 % Peg 3350, 100 mM NaSCN, 40 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2D4H Crystal-structure of the N-terminal large GTPase Domain of human Guanylate Binding protein 1 (hGBP1) in complex with GMP 提交 2005-10-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；20% Peg 3350, 130 mM NH4NO3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
2D4H Crystal-structure of the N-terminal large GTPase Domain of human Guanylate Binding protein 1 (hGBP1) in complex with GMP 提交 2005-10-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–317（317 aa）片段：N-terminal Large GTPase domain	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；20% Peg 3350, 130 mM NH4NO3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.275
6K1Z Crystal structure of farnesylated hGBP1 提交 2019-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–592（592 aa）	未记录	FAR FARNESYL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.02M Citric acid/0.08M BIS-TRIS propane (pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.31 Å R-free 0.267
6K2D The crystal structure of GBP1 with LRR domain of IpaH9.8 提交 2019-05-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–479（479 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.6M Sodium/potassium phosphate pH 6.5	分辨率 3.60 Å R-free 0.287
6LOJ The complex structure of IpaH9.8-LRR and hGBP1 提交 2020-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–592（592 aa）	突变：Q507H	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；2.5M NaCl, 0.1M K/Na phosphate buffer, pH 6	分辨率 3.72 Å R-free 0.256
8CQB Cryo-EM structure of the human GBP1 dimer bound to GDP-AlF3 提交 2023-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–592（592 aa）链 B 1–592（592 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；5u mM HEPES pH7.4, 150 mM NaCl, 1 mM DTT, 200 uM GDP, 10 mM NaF, 300 uM AlCl3, 5 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8Q4L GBP1 bound by 14-3-3sigma 提交 2023-08-07	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–583（577 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；150 mM KCl, 20 mM HEPES-KOH pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.12 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–592； UniProt 1–592

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dg3
沉积日期 deposition_date	1999-11-23
结构标题 title	STRUCTURE OF HUMAN GUANYLATE BINDING PROTEIN-1 IN NUCLEOTIDE FREE FORM
关键词 keywords	GBP, GTP HYDROLYSIS, GDP, GMP, INTERFERON INDUCED, DYNAMIN RELATED, LARGE GTPASE FAMILY, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.95 Å
零角强度 I(0) i0	59591400.00
分子量 molecular_weight	62069.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77957 Å³
包络体积 envelope_volume	104860 Å³
水化壳体积 shell_volume	26165 Å³
包络直径 envelope_diameter	137.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.54 Å
包络 Rg envelope_rg	39.80 Å
形状 Rg shape_rg	38.96 Å
总 Rg total_rg	38.79 Å
总原子数 total_atoms	4357
残基数 n_residues	540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6494
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.722
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5441000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.360; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.270; Smooth: 0.093

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (INTERFERON-INDUCED GUANYLATE-BINDING PROTEIN 1)
分子量 formula_weight	68003.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4698

MASEIHMTGPMCLIENTNGRLMANPEALKILSAITQPMVVVAIVGLYRTGKSYLMNKLAGKKKGFSLGSTVQSHTKGIWMWCVPHPKKPGHILVLLDTEGLGDVEKGDNQNDSWIFALAVLLSSTFVYNSIGTINQQAMDQLYYVTELTHRIRSKSSPDENENEVEDSADFVSFFPDFVWTLRDFSLDLEADGQPLTPDEYLTYSLKLKKGTSQKDETFNLPRLCIRKFFPKKKCFVFDRPVHRRKLAQLEKLQDEELDPEFVQQVADFCSYIFSNSKTKTLSGGIQVNGPRLESLVLTYVNAISSGDLPCMENAVLALAQIENSAAVQKAIAHYEQQMGQKVQLPTESLQELLDLHRDSEREAIEVFIRSSFKDVDHLFQKELAAQLEKKRDDFCKQNQEASSDRCSGLLQVIFSPLEEEVKAGIYSKPGGYRLFVQKLQDLKKKYYEEPRKGIQAEEILQTYLKSKESMTDAILQTDQTLTEKEKEIEVERVKAESAQASAKMLHEMQRKNEQMMEQKERSYQEHLKQLTEKMENDRVQLLKEQERTLALKLQEQEQLLKEGFQKESRIMKNEIQDLQTKMRRRKACTIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dg3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.114 — Interferon-induced guanylate-binding protein 1 (GBP1), C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	a.114.1 — Interferon-induced guanylate-binding protein 1 (GBP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.114.1.1 — Interferon-induced guanylate-binding protein 1 (GBP1), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1dg3a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dg3A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1000 — Signaling Protein - Interferon-induced Guanylate-binding Protein 1; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Guanylate-binding protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1dg3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	155.470 Å
晶胞边长 b length_b	41.030 Å
晶胞边长 c length_c	121.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.940 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2420
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/dg/1dg3/1dg3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/1dg3/1dg3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/1dg3/1dg3.dat

STRUCTURE OF HUMAN GUANYLATE BINDING PROTEIN-1 IN NUCLEOTIDE FREE FORM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (INTERFERON-INDUCED GUANYLATE-BINDING PROTEIN 1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction