SAXSdb — 1dg6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APO2L/TNF-RELATED APOPOTIS INDUCING LIGAND (TRAIL)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 91–281	片段：TRIMERIC JELLY-ROLL DOMAIN OF APO2L 突变：D218A	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；WELL SOLUTION 32% MPD; DROP 1.2MG/ML APO2L, 20MM TRIS HCL PH 7.5, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.197

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DG6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281 链 B 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281 链 D 114–281（168 aa）片段：RESIDUES 114-281	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D2Q CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL 提交 1999-09-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 114–281（168 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1D4V Crystal structure of trail-DR5 complex 提交 1999-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 119–281（163 aa）片段：SINGLE SUBUNIT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1% N-OCTYL-BETA-GLUCOSIDE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 114–281（168 aa）链 E 114–281（168 aa）链 F 114–281（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 114–281（168 aa）链 K 114–281（168 aa）链 L 114–281（168 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 114–281（168 aa）片段：UNP residues 114-281	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 114–281（168 aa）片段：UNP residues 114-281	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 114–281（168 aa）片段：UNP residues 114-281	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5CIR Crystal structure of death receptor 4 (DR4; TNFFRSF10A) bound to TRAIL (TNFSF10) 提交 2015-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281 链 B 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281 链 D 114–281（168 aa）片段：Residues 114-281	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM MMT (1:2:2 ratio of DL-malic acid, MES, Tris base), pH 5.0, 22.2%(W/V) PEG 2000MME	分辨率 3.00 Å R-free 0.216

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNF10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–191； UniProt 91–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dg6
沉积日期 deposition_date	1999-11-23
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF APO2L/TRAIL
关键词 keywords	CYTOKINE, TNF, TRIMER, ZINC-BINDING SITE, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.00 Å
零角强度 I(0) i0	5924500.00
分子量 molecular_weight	17515.0 kDa
排除体积 excluded_volume	21839 Å³
包络体积 envelope_volume	25932 Å³
水化壳体积 shell_volume	13563 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.33 Å
包络 Rg envelope_rg	17.83 Å
形状 Rg shape_rg	16.92 Å
总 Rg total_rg	18.16 Å
总原子数 total_atoms	1234
残基数 n_residues	149
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.1810e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5924000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8019
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.536
峰度 Kurtosis kurtosis	0.014
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1802000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.554; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.760; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	APO2L/TNF-RELATED APOPOTIS INDUCING LIGAND (TRAIL)
分子量 formula_weight	22106.8 kDa
突变 mutation	D218A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1477

MILRTSEETISTVQEKQQNISPLVRERGPQRVAAHITGTRGRSNTLSSPNSKNEKALGRKINSWESSRSGHSFLSNLHLRNGELVIHEKGFYYIYSQTYFRFQEEIKENTKNDKQMVQYIYKYTSYPAPILLMKSARNSCWSKDAEYGLYSIYQGGIFELKENDRIFVSVTNEHLIDMDHEASFFGAFLVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	226

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1dg6a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1dg6A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.435 Å
晶胞边长 b length_b	66.435 Å
晶胞边长 c length_c	197.727 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1410
R_work r_work	0.1410
R_free r_free	0.1970

fit	/app/data/saxs_computation/dg/1dg6/1dg6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/1dg6/1dg6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/1dg6/1dg6.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF APO2L/TRAIL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APO2L/TNF-RELATED APOPOTIS INDUCING LIGAND (TRAIL)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction