SAXSdb — 1dgv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APO CIB

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–191	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DGV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DGU HOMOLOGY-BASED MODEL OF CALCIUM-SATURATED CIB (CALCIUM-AND INTEGRIN-BINDING PROTEIN) 提交 1999-11-25	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–191（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1XO5 Crystal structure of CIB1, an EF-hand, integrin and kinase-binding protein 提交 2004-10-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–190（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；20 mM Bis-Tris-propane (BTP), 300 mM calcium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.257
1XO5 Crystal structure of CIB1, an EF-hand, integrin and kinase-binding protein 提交 2004-10-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 8–190（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；20 mM Bis-Tris-propane (BTP), 300 mM calcium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.257
1Y1A CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN 提交 2004-11-17	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–191（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1Y1A CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN 提交 2004-11-17	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 9–191（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1Y1A CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN 提交 2004-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 9–191（183 aa）链 B 9–191（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 12 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1Y1A CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN 提交 2004-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 9–191（183 aa）链 B 9–191（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 GSH Glutathione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
1Y1A CRYSTAL STRUCTURE OF CALCIUM AND INTEGRIN BINDING PROTEIN 提交 2004-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 9–191（183 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；20 MG/ML PROTEIN, 50MM HEPES, 3M FORMATE, 300MM NaCl, 1% DMSO, 0.25MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2L4H The Solution Structure of Calcium Bound CIB1 提交 2010-10-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 50 mM HEPES, 100 mM potassium chloride, 4 mM calcium cloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM I/L/V methyl 13C and 1H, [U,2H] CIB1, 50 mM HEPES, 100 mM potassium chloride, 4 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2L4I The Solution Structure of Magnesium bound CIB1 提交 2010-10-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM MAGNESIUM ION, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM I/L/V methyl labeled [U, 2H] CIB1, 5 mM MAGNESIUM ION, 100 mM potassium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LM5 Solution structure of Ca2+-CIB1 in complex with the cytoplasmic domain of the integrin aIIb subunit 提交 2011-11-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-2H], I/L/V methyl [1H,13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-10% 13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-2H], I/L/V methyl [1H,13C] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 14 mg/mL pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIB1, 5 mM [U-2H] DTT, 2 mM CALCIUM ION, 100 mM sodium chloride, 50 mM HEPES, 0.6 mM aIIb peptide, 5 % C12E5/glycerol (0.96/1), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6OCX Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
6OCX Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
6OCX Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
6OCX Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245109 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES: NaOH, pH 7.5 20 % (w/v) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
6OD0 Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245092 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；294 K；137.5 mM calcium acetate, 16 % PEG 3350, 20 mM Bis-Tris propane (pH 6.8)	分辨率 2.15 Å R-free 0.229
6OD0 Structure of human CIB1 in complex with peptide inhibitor UNC10245092 提交 2019-03-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–191（191 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；294 K；137.5 mM calcium acetate, 16 % PEG 3350, 20 mM Bis-Tris propane (pH 6.8)	分辨率 2.15 Å R-free 0.229

共 8 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 9–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dgv
沉积日期 deposition_date	1999-11-25
结构标题 title	HOMOLOGY-BASED MODEL OF APO CIB (CALCIUM-AND INTEGRIN-BINDING PROTEIN)
关键词 keywords	HELICAL, EF-HAND, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.77 Å
零角强度 I(0) i0	8308260.00
分子量 molecular_weight	20943.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26152 Å³
包络体积 envelope_volume	33566 Å³
水化壳体积 shell_volume	15705 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.3 Å
壳层 Rg shell_rg	23.90 Å
包络 Rg envelope_rg	19.02 Å
形状 Rg shape_rg	18.72 Å
总 Rg total_rg	19.78 Å
总原子数 total_atoms	2937
残基数 n_residues	183
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.4 Å
Rg (实空间) rg_real	19.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3080e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8308000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1249000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1dgva_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1dgvA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	APO CIB
分子量 formula_weight	20980.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2937

fit	/app/data/saxs_computation/dg/1dgv/1dgv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dg/1dgv/1dgv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dg/1dgv/1dgv.dat

HOMOLOGY-BASED MODEL OF APO CIB (CALCIUM-AND INTEGRIN-BINDING PROTEIN)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

APO CIB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)